我是壹名本科生，我以我的視角給妳解釋壹下：
嵌入式：主要涉及基於ARM芯片和51單片機芯片上的編程，例如我們熟知的安卓開發，然後大學裏開展的電子設計競賽也是此類的。更專註於底層，也就是芯片中寄存器的使用之類的，要求會熟練使用匯編語言（概念不懂找度娘）。
應用軟件：就是搞程序開發了，主要使用java語言和C++語言進行開發，不關心底層的實現，只關心程序的結構和運行，也就是說應用軟件開發人員可以不懂計算機CPU內部到底是怎樣運行的。例如360安全衛士的軟件開發就是這個方向。
至於難度和前景，個人感覺都差不多，關鍵是看自己喜歡哪個方向就選哪個。