對目標設備進行編程後，J-Link不再能夠建立連接，這可能涉及許多不同的因素，例如：應用程序確實禁用了調試接口，重新配置了調試引腳進入了某種低功耗模式或激活了設備的安全防護功能。為了防止在開發過程中出現此類情況，建議在執行實際的應用程序代碼之前，增加壹秒的延遲，這允許調試仿真器在MCU執行將阻止J-Link成功建立連接的“錯誤代碼”之前，重置MCU並使其停止運行。或者選擇正確的設備，這允許J-Link DLL執行（例如：在引導加載程序中暫停，重置下連接或檢查是否是不安全的設備）特殊處理。