生物菌降解馬桶的弊端：整套設備價格貴壹些，所以很多客戶在無水有電的環境下，因為它的造價偏高而選擇泡沫封堵型的處理方式了。這也是微生物降解型使用率沒有泡沫封堵型使用率高的原因。
微生物降解是利用高效復合微生物對糞便進行生態化降解處理，利用微生物把汙物吸收於自身體內，通過微生物的代謝活動使其降解的壹種過程。無需水沖，被降解後的汙物會變成有機肥再次使用，起到環保作用。
主要優勢有以下幾點：
1、微生物分解徹底，速度快無異味，無二次汙染，不用水資源。
2、糞汙分解為有機肥料，可循環利用，符合國家改廁要求。
3、生物發酵，有效消菌，消滅糞汙中的病原菌，阻斷糞口傳播。
4、特點：無耗水、無汙染、無異味、無管網、自降解。
裝置結構
包括蹲便器、排氣管、排氣扇、發酵降解槽、機械傳動裝置及電器PLC恒溫恒濕控制裝置。
蹲便器安裝在降解槽的上部，蹲便器可以選用電控活動檔門式或者直落式，電控活動檔門式安裝有電控裝置，由PLC進行控制，發酵降解槽後上部安裝有排氣管、強制通風裝置，發酵槽對應於蹲便器，排氣管與發酵槽相通。
發酵槽內設置有微生物菌種及載體，其發酵槽外底部安裝有加熱裝置（約800w），發酵槽外端部安裝有機械傳動裝置，機械傳動裝置聯接發酵槽內的攪拌器，均由PLC進行控制。
將大小便及配有微生物菌種的載體通過機械間隔正反向傳動、進行將排泄物和含有菌種的填料攪拌混合，使排泄物在微生物菌種作用下消化降解處理成達標氣體排放。