1、應用不同
數字貨幣：快捷、經濟和安全的支付結算；票據金融和供應鏈金融；抵押品物權數字化。
電子貨幣：賣方將買方的支付指令通過支付網關送往賣方的收單行；收單行通過銀行卡網絡從發卡行獲得授權許可，並將授權信息再通過支付網關送回賣方；賣方取得授權後，向買方發出購物完成信息。如果支付獲取與支付授權不能同時完成，賣方還要通過支付網關向收單行發送支付獲取請求，把該筆交易的資金由買方轉賬到賣方的賬戶中。銀行與銀行之間通過支付系統完成最後的行間結算。
2、特點不同
數字貨幣特點是交易成本低、交易速度快、高度匿名性
電子貨幣特點是匿名性、節省交易費用、節省傳輸費用、持有風險小、支付靈活方便、防偽造及防重復性、不可跟蹤性。
3、種類不同
數字貨幣分為三類：完全封閉的、與實體經濟毫無關系且只能在特定虛擬社區內使用，如魔獸世界黃金；可以用真實貨幣購買但不能兌換回真實貨幣，可用於購買虛擬商品和服務，如 Facebook 信貸；可以按照壹定的比率與真實貨幣進行兌換、贖回，既可以購買虛擬的商品服務，也可以購買真實的商品服務，如比特幣。
電子貨幣：基於互聯網環境使用的且將代表貨幣價值的二進制數據保管在微機終端硬盤內的電子現金；將貨幣價值保存在IC卡內並可脫離銀行支付系統流通的電子錢包。
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