2、縮減序列：如果沒有必要保留全部的CDS序列，可以通過刪除重復或冗余的區域來縮減序列長度。使用序列比對軟件和相關工具可以幫助識別並刪除這些區域。
3、靶向分析：根據具體需要，選擇感興趣的功能區域或關鍵片段進行分析，而不需要處理整個長序列。這可以減少復雜性並提高分析效率。
4、並行處理：如果有計算資源允許，可以將長序列分成多個部分並在多個計算節點上並行處理。這樣可以更快地完成分析任務。
5、參考序列選擇：如果分析的目的是尋找保守區域或功能域，可以選擇壹個相關物種的CDS序列作為參考，以降低序列長度和復雜性。