計算機方向的生物信息學基本都偏向大數據處理（也有寫例外，看導師的方向），類似基因註釋，核苷酸變異，序列分析，序列比對，藥物代謝等，需要具有計算機和統計學的相關知識，就是已經有算法了，但是數據較多，妳需要用計算機編程（或工具箱）處理數據得出結論。著重點在數據上面，如果沒有數據很難做，有數據就很好做，很多的生物信息學分析師都是這類方向。
生物醫學方向的分為兩種，壹種是自動化方向，是工科，偏重算法設計，需要計算機編程和數學知識的儲備，方向有結構設計，核苷酸編碼方式、力學結構、熱力學結構，開發新的算法重新計算基因的各種相關性和功能，基本就是已有數據，大部分數據網上都能找到，然後自己開發算法重新對已有的數據進行重新分析和計算，要求比別的算法更精確，更能發現隱藏信息，偏重點在算法設計上面，生物信息學算法分析師屬於這類。
另外壹類生物醫學的介於兩者之間，即做部分算法（很少，屬於改進部分參數的範疇），又處理數據，不同點在於很多數據是自己或實驗室壹起做出來的，也就是說可能需要做實驗，很多的數據都跟疾病相關，生物信息學公司應該比較喜歡要這種人才。