1987年 3月：神戶大學醫學院畢業
1987年7月：國立大阪病院臨床研修醫
1993年 3月：大阪市立大學醫學研究科博士畢業
1993年4月：格拉斯通研究所（Gladstone Institute）博士研究員
1996年 1月：日本學術振興會特別研究員
1996年10月：大阪市立大學醫學部助手（藥理學教室）
1999年12月：奈良先端科學技術大學院大學遺傳因子教育研究中心助理教授
2003年 9月：升任奈良先端科學技術大學院大學遺傳因子教育研究中心教授
2004年10月：京都大學再生醫科學研究所(Institute for Frontier Medical Sciences)教授（再生誘導研究分野）2008年 1月：京都大學物質-細胞統合系統據點iPS細胞研究中心長 2007年 Meyenburg Award（Meyenburg基金會 [Meyenburg Foundation]/德國癌癥研究中心 [German Cancer Research Center, DKFZ]）（德國）
2008年 《時代》雜誌“世界百大影響力人物”（The World's Most Influential People）（美國）
2008年 羅伯特·科赫獎（德國）
2008年 科學技術特別獎（日本）
2008年邵逸夫生命科學與醫學獎
2009年拉斯克基礎醫學獎
2011年獲得國際最高學術大獎之壹的沃爾夫醫學獎，與其壹起獲獎的還有美國懷特黑德研究所的Rudolf Jaenisch。
2012年，山中伸彌與美國軟件工程師利努斯·托瓦茲獲得芬蘭“千年技術獎”，二人分別獲得60萬歐元的獎金。 2012年10月：與英國發育生物學家約翰·格登（John Gurdon）因在細胞核重新編程研究領域的傑出貢獻而獲得諾貝爾生理學或醫學獎。