區別：AT89C52需要專門的編程器和專用軟件才能下載程序，而且必須是先編程後才能焊到板子上。現在幾乎沒有人再用這款產品了，因為編程麻煩。
而AT89S52是可以在線編程的，就是將單片機先焊到板子上，只要留出編程接口就可以在板子上編程了，這樣很適合對產品隨時升級軟件。編程時可以制作壹條編程線，ATMEL公司提供下載軟件，而且在網上也有這類的下載軟件。但這個下載線需要插到電腦的並行口上，（並不是串口，只有很少數的賣串口的下載線），就是老式的打印機接口，而現在都在用筆記本電腦了，只有USB口，這就需要在網上購買壹條USB的下載線才能編程。這樣看來，還是比較麻煩的。
而AT89S52的替代產品是國產的單片機STC公司的系列產品，非常好用，使用RS232串口就可以下載程序了，所以，現在很多人都已經轉向使用STC單片機了。