其優點是：①當組織的各種活動比較復雜但又互為依存時，矩陣結構有助於各種活動之間的協調。②矩陣結構可以減少“官僚主義現象”——因為雙重權威可以避免組織成員只忙於保護本部門利益而忽視組織整體目標的現象。③有利於對專業人員進行高效配置，實現規模經濟的優勢。
其劣勢是：會帶來混亂，使組織增加爭權奪利的傾向，並給員工帶來較大壓力。消除了統壹指揮後，模糊性會大大增強，這樣就容易導致沖突。
(2)當為了實現職能部門化和產品部門化的互補時管理層可以采用這種方式。
職能部門化的主要優勢在於把同類專業人員組織在壹起，從而最大程度地降低了所需人員數目，在生產不同產品時可以實現具體資源的集中和***享。其主要不足在於，需要協調好不同專業人員之間的工作任務，使他們在預算範圍內按時完成任務，而這是壹件很困難的事。產品部門化的優勢與劣勢和職能部門化的優、劣勢正好相反，它有利於專業人員之間的協調，使他們在預算範圍內按時完成任務。另外，與產品有關的各種活動都有著清晰的職責範圍。但是，它以活動和費用的重復為代價。此時，管理層采取矩陣結構可以揚二者之長，避二者之短。