OTU廣泛應用於微生物學領域，尤其是生物信息學研究。OTU的概念是處理高通量測序數據的重要工具。通過分析微生物群落中的OTU數據，我們可以更好地了解這些微生物的生態特征和生命活動。OTU還用於建立微生物分類系統和制定微生物環境質量標準，對闡明微生物群落的組成及其在生態系統中的作用具有重要意義。
OTU在微生物領域的應用還存在壹定的局限性，主要受測序質量、分辨率和多樣性水平等因素的影響。隨著生物信息學技術的不斷進步，OTU在微生物研究中的應用也在不斷完善。未來，OTU將更加註重準確性、普遍性和適用性，進壹步深化微生物生態系統的分析和研究。我們相信OTU將在生物信息學和微生物學領域發揮越來越重要的作用。