壹、主體不同
1、web應用程序：是壹種可以通過Web訪問的應用程序，程序的最大好處是用戶很容易訪問應用程序。
2、web窗體應用程序：可以使用 Web 窗體頁來創建可編程的 Web 頁，這些 Web 頁用作 Web 應用程序的用戶界面。
二、特點不同
1、web應用程序：借助IE等瀏覽器來運行。WEB應用程序是B/S模式。Web應用程序首先是“應用程序”，和用標準的程序語言。
2、web窗體應用程序：Web 窗體頁在任何瀏覽器或客戶端設備中向用戶提供信息，並使用服務器端代碼來實現應用程序邏輯。
三、優勢不同
1、web應用程序：是由完成特定任務的各種Web組件構成的並通過Web將服務展示給外界。在實際應用中，Web應用程序是由多個Servlet、JSP頁面、HTML文件以及圖像文件等組成。
2、web窗體應用程序：Web 窗體頁輸出幾乎可以包含任何支持 HTTP 的語言，包括標準通用標記語言的子集HTML與XML、WML?和ECMAScript 。
百度百科-web應用程序
百度百科-Web窗體