壹、特點不同
1、放線菌：大多數有發達的分枝菌絲。菌絲纖細，寬度近於桿狀細菌。
2、黴菌：其特點是菌絲體較發達，無較大的子實體。同其他真菌壹樣，也有細胞壁，寄生或腐生方式生存。
二、性質不同
1、放線菌：放線菌屬於細菌。
2、黴菌：黴菌屬於真菌。
三、繁殖方式不同
1、放線菌：放線菌主要通過形成無性孢子的方式進行繁殖，也可借菌體分裂片段繁殖。放線菌長到壹定階段，壹部分氣生菌絲形成孢子絲，孢子絲成熟便分化形成許多孢子，稱為分生孢子。
2、黴菌：黴菌以無性或有性孢子進行繁殖，也可借助菌絲片斷裂，長成新的菌絲體。
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