1、豐富的功能：Pymol支持多種分子可視化和分析，包括快速和高保真度的三維渲染、表面和輪廓繪制、距離、角度和蛋白質配體相互作用表達式的測量等。
2、明確簡單的界面：Pymol易於安裝和使用，同時提供了直觀的菜單、工具欄和命令行交互接口，方便用戶進行三維結構可視化和分析。
3、應用廣泛：Pymol在生物醫學、生物信息學、藥物發現、化學以及計算機輔助設計（CAD）等領域廣泛應用，在教學中可用於很多不同的課程，如生物化學、生物物理、藥物化學等。
4、開放源代碼：Pymol是壹個開放源代碼軟件，用戶可以對其進行免費的下載和使用，可以進行二次開發和自定義功能，方便教師和學生們根據課程需求進行優化和改進。