壹、證書組織機構不同
1、計算機職業技能鑒定證書：由勞動和社會保障部職業技能鑒定中心統壹組織的計算機及信息技術領域新職業國家考試。
2、軟考的證書：是由人力資源和社會保障部和工業和信息化部領導下的國家級考試，其目的是，科學、公正地對全國計算機與軟件專業技術人員進行職業資格、專業技術資格認定和專業技術水平測試。
二、證書目的不同
1、計算機職業技能鑒定證書：該證書作為反映計算機操作技能水平的基礎性職業資格證書，在要求計算機操作能力並實行崗位準入控制的相應職業作為上崗證；在其它就業和職業評聘領域作為計算機相應操作能力的證明。
2、軟考的證書：通過考試並獲得相應級別計算機技術與軟件專業技術資格（水平）證書的人員，表明其已具備從事相應專業崗位工作的水平和能力，用人單位可根據《工程技術人員職務試行條例》有關規定和工作需要，從獲得資格（水平）證書的人員中擇優聘任相應專業技術職務。
三、證書職能不同
1、計算機職業技能鑒定證書：通過計算機信息高新技術考試，獲得操作員、高級操作員資格者，分別視同於中華人民***和國中級、高級技術等級，其使用及待遇參照國家相應規定執行；獲得操作師、高級操作師資格者，參加技師、高級技師技術職務評聘時分別作為其專業技能的依據。
2、軟考的證書：取得初級資格可聘任技術員或助理工程師職務；取得中級資格可聘任工程師職務；取得高級資格，可聘任高級工程師職務。
百度百科-軟件水平考試
百度百科-全國計算機信息高新技術考試