醫學系目前是我院規模最大的系部，是在有著半個世紀辦學歷史的黃山衛校基礎上成立的，在黃山職業技術學院建設征程中扮演了重要角色。專業設置包括護理、助產、醫藥營銷、醫學影像技術、康復保健、營養與保健等專業，其中護理專業為省級重點建設專業， 2012年被確定為中央財政支持高等職業學校提升專業服務產業發展能力項目的專業。學歷有三個層次，即高中起點的全日制三年制高職、初中起點的五年制高職及初中起點的三年制中專。
系部下設護理教研室、外科教研室、內科教研室、公***衛生教研室、醫學基礎教研室、藥學教研室，擁有壹批經驗豐富極具活力的師資隊伍，專業教師47名，其中副高級以上職稱教師16名，占34%；碩士及在讀碩士學歷教師29名，占61.7%； “雙師”型教師人數17名，占45.9%；專業帶頭人6名，骨幹教師8名，是壹支結構合理、素質優良的教師隊伍。從2000年起至今護理教研室連續被評為黃山市“青年文明號”、2006年榮獲市直衛生系統“巾幗文明崗”稱號、2007年榮獲全國“巾幗文明崗”稱號、2008年3月又獲全國“三八紅旗先進集體”的光榮稱號。學院新建現代化的實訓中心，其中護理專業實訓室約4200平方米，完全能夠滿足學生的實驗與實訓操作。
醫學系非常重視教師教科研能力的提高，承擔多項省級教改及科研項目的實施，主持專業課程的開發與教材編寫。自2003年醫學系教師主編、參編了教育部“技能型緊缺人才培養培訓工程教材”、“面向21世紀全國衛生職業教育系列教改教材”、省部級衛生職業院校規劃教材二十余部。其中三年制高職高專教材《老年病學》、《婦產科學》、《生物化學》和《解剖組胚學》（上冊）被評為教育部普通高等教育“十壹五”國家級規劃教材及全國醫藥高等學校規劃教材。目前，醫學系有2項省級教學研究項目、 3門院級精品課程、2門院級優質課程和5項院級教學研究課題。
自成立以來，醫學系在院領導的支持與相關部門的配合下，積極探討新時期培養醫學職業人才的模式與方法。以培養職業技能為核心，全面發展學生的綜合素質。培養出的學生因技能過硬、綜合素質強而廣受用人單位歡迎。現有省內外實習醫院72家。五年制高職學生就業率均達到100%，在省內同類院校名列前茅。近年來我系學生在全省職業院校護理職業技能大賽中成績優異，並代表安徽省參加全國職業院校護理技能大賽。 自旅遊系成立至2012年止，現設有旅遊管理、酒店管理、網絡營銷、計算機應用技術、會計與審計五個專業，學制有高中起點三年制大專，初中起點五年制大專、三年制中專。我系力量雄厚，實驗手段完備，設有旅遊實訓樓、計算機專業機房，著重培養學生職業應用能力，為旅遊業和信息技術應用輸送相應的人才。
旅遊系現有專任教師9人，中高級職稱以上有4人，碩士學位及以上的有7人，雙師型教師3人，還聘請壹批企事業單位的具有實戰經驗兼職教師，擁有壹支高學歷、高素質、高熱情的師資團隊，他們有著豐富的教學經驗及各具特色的教學方法，在教學改革和科研方面都取得了壹定的成績。
旅遊系各專業就業前景廣闊，旅遊相關專業的就業方向主要為旅遊景區、大中型星級賓館、旅行社、國內綜合型的旅遊集團以及部分旅遊行政管理部門等。計算機相關專業的就業方向廣泛，遍及IT行業的軟件編程、網絡維護、平面設計、網頁設計、硬件維護、營銷、組裝等各個方面。
旅遊系是壹個團結向上，開拓進取的集體，我們相信：在學院黨委的正確領導和社會各界的全力支持配合下，旅遊系的明天會更輝煌。 生物工程系成立於2012年9月，前身為屯溪茶業茶校（1918年建校、1953年復校，1998年更名為黃山茶業學校），辦學力量雄厚。本著“實踐與理論並重，技術與人文融通”的辦學理念，堅持以育人為根本，以教學為中心，以服務為宗旨，以就業為導向，走產學結合的辦學路子，培養適應生產、管理、服務第壹線需要的德、智、體、美全面發展的，具有必要的理論知識、較強的實踐技能、良好職業道德的高技能人才。
生物工程系現開設有園林技術、園林建築、茶葉生產加工技術、茶藝等專業。其中茶葉生產加工技術、茶藝專業是學院特色專業，也是全省高職院校中我院特有專業。
全系現有校內專職教師（含實驗師）25人，均為“雙師”型教師，其中副高級以上職稱教師12人，中級職稱教師12人，碩士及在讀碩士學位6人，是壹支重視教育教學實踐，註重教改科研活動，有著較高學術造詣的師資團隊。
生物工程系有較完備的專業實驗室、實訓室，與企事業單位***建校外實訓基地10余家，較好地滿足了學生實習實訓和職業技能培訓的需要，98%以上的學生都能持有“雙證書”就業，畢業生在社會和用人單位樹立了良好的形象和聲譽。