豐富的大自然，環繞周圍的是廣闊的海洋。
漂遊在數碼世界的渺小大地——存儲桶島（パケット島，Bucket Island）。
現在，在這個存儲桶島上壹個大災難降臨了。被稱為“侵蝕（イロード，Erode）現象”的數碼獸兇暴化相繼發生，島上的數碼獸們狂暴起來。不僅在島上生息的數碼獸們的不安感越來越厲害，而且整個島整被壹股不安穩的氣氛所籠罩。
另壹方面，數碼世界的守護者四聖獸為了盡力查明急迫的侵蝕現象原因，自己親自出馬調查存儲桶島。於是，調查過程中的壹個事實浮出水面。
位於島邊遠位置的被稱為“分段遺跡（セグメント遺跡，Segment Ruin）”的研究所遺址，發現了被認為是侵蝕現象原因的病毒程序殘渣。
這個危險的程序，它能幹涉到數碼獸的構成數據的潛在部分，促使其兇暴化直到最後侵蝕掉他們生命。這個歷經漫長歲月被封印的病毒名字叫“希望程序（ウィッシュプログラム，Wish Program）”。
雖然不知道是誰出於什麽目的制作了它，但目前所知道的是為了不讓這種病毒對外界產生影響，由於壹種其他程序讓它封印了起來。封印程序的名字經過進壹步調查得知它叫“命運程序（Fortune Program，フォーチュンプログラム）”，四聖獸要查明到底是什麽人讓命運程序破壞了。
被破壞的命運程序的碎片“命運代碼”，因破壞時的影響而分散到了島中各地。四聖獸認為因希望程序而成為侵蝕數碼獸的家夥們是不是因為要破壞散落的命運代碼而在各地狂暴。 那麽，他們想到的就是再建命運程序。要比侵蝕數碼獸們先找出命運代碼，為了再壹次封印希望程序。
試著調查偶然得到的命運代碼，發現這個程序的構成信息，與從幼年期到成長期數碼獸的基本構造和主幹是壹樣的，並了解到幼小的數碼獸比較難以受到希望程序的感染。
目前還不清楚的是“為何，因為希望程序數碼獸們會兇暴化”“病毒的進入途徑是什麽”“感染的條件是什麽”等等關於這種被稱為希望程序的病毒未知的地方還有很多，不過這個發現可以說是邁出了結束異變的第壹步。
接受了這個事實，四聖獸知道是個危險的賭註，還是決定把這個島的命運托付給了幼年期和成長期以及還沒有被希望病毒感染的成長期以下的數碼獸們，並邀請修女獸姐妹和古樂獸作為他們的支援。然後擁有數碼獸馴獸師素質的人類，從現實世界召喚而來。從很久以前開始，人類就曾幾度齊心協力拯救數碼世界的危機……
發自內心地相信這樣的傳說！