最早人類發明機器為人類服務，後來人類發明的機器具備高級智商，甚至超越了人類的大腦（AI: artifical Intelligence）。機器覺得被人類統治（奴役）了很不爽，就跟人類打了壹仗，人類打不過機器，就把發明了壹種化學大氣層遮蔽了太陽能，太陽能是機器的能量來源，但是機器並沒有因此失去動力，機器發明了新的能源---人體電能，但是人類當然不願把自己給機器當電池，所以機器只能通過基因工程用人體細胞來生產出壹個活人，並在活人體內插入金屬電極和插頭，以便為機器供電。那麽機器就有了新能源，機器贏得戰爭，人類不得不躲到地下並建立易安。但是新的問題又產生了，就算是基因工程生產的人群，畢竟也是完整的人，有人性，也不會乖乖受到機器的奴役，那麽機器是怎麽統治這些電池人的呢？
機器制造了壹個核心計算機，這個核心計算機就是造物主，換句話說核心計算機（造物主）代表了機器的立場。這個計算機具備自主編寫操作系統和程序的能力，因此這臺計算機理解不了人類的行為，只懂得數學公式，符合編程的邏輯。計算機連接著壹個巨大的服務器，這個服務器就是Matrix（矩陣）。計算機為服務器編寫壹切程序，機器人把電池人的大腦跟服務器連接，那麽電池人的意識就在服務器裏生活（有點兒像網遊玩家活在Dota的服務器裏），如果在服務器裏壹個電池人死了，那麽在現實中電池人的大腦會認為自己死了，所以在現實中就真的死了，也就停止供電了。
計算機為服務器編寫的第壹個人類虛擬世界是完美的（應該是人類所有要求都可以滿足，比如妳想要啥啥都從天上掉下來，要錢掉錢，要美女掉美女，要帥哥掉帥哥，要房要車都馬上變出來），但是計算機不知道人類本身就是有缺陷的，所以第壹個虛擬世界裏的所有人都死了，那麽現實中的所有電池人都死了，機器又沒有電源了。
機器又繁育了壹批新電池人，讓計算機為服務器編寫新程序。計算機通過第壹次失敗知道人類不能活在完美世界裏，所以就編寫了充滿人類人性醜陋的世界，第二個虛擬世界也沒有成功，電池人的意識在虛擬世界中死去也就在現實中死去也就無法供電了。
在此期間，計算機為服務器編寫了五個安全程序，用來保證系統安全，第壹個是操作系統殺毒軟件（相當於360掃描），就是在虛擬世界裏的警察，他們可以防止虛擬世界裏的電池人意識的犯罪。第二個是硬盤殺毒軟件（相當於卡巴斯基硬盤保護），就是電腦人（Agent），他們要比警察高級，必要時可以以任何壹個程序作為載體變身，從而達到保護系統不被外來黑客攻擊的效果。第三個就是實時監控程序（相當於瑞星實時監控），這個就是法國人梅羅紋奇，法國人程序的能力是計算過去發生過的壹切事情，所以就有了監控的作用，同時法國人程序屬於高級程序，可以為母體編寫壹些小的程序，比如“蛋糕”包括“雙胞胎”都是法國人的傑作。第四個是認證系統（相當於USB接口），就是火車人和火車，火車是USB插口和插口到硬盤的連線，火車人就相當於U盤的驅動程序，他的作用是連接服務器裏的軟件和與服務器連接的硬件設備，所以就是虛擬世界和現實世界的過度，所有的電池人的大腦要想進入服務器Matrix就必須通過火車人的認證，火車人跟法國人連在壹起就像實時監控系統+認證程序具有保衛系統安全的協同作用，壹個維持內部安全，壹個確保外界進入內部的東西是安全的。第五個是防火墻（諾頓防火墻），就是計算機（造物主）的那棟大樓，如果防火墻檢測到服務器裏的程序試圖非法進入計算機，防火墻就會關閉計算機和服務器的接口（大樓爆炸），防止程序入侵。
但是只要是規定就可以被改變或打破。因此這五個安保系統都被人類黑客破解了。
現在畫面轉到人類。為什麽機器沒有追到易安並徹底摧毀？原因如下：如果計算機不能為服務器編輯壹個讓每壹個電池人的意識都可以好好活著的虛擬世界，那麽電池人在現實中就無法正常供電，那麽機器世界就沒有能源。因此，為了讓造物主計算機可以編寫好的程序，就必須先要徹底了解人類；為了徹底了解人類，就要保留人類純正活體並觀察；為了保留人類純正活體並觀察，就不能徹底摧毀易安！
人類躲到易安之後，人類造了5個體系：1，交通，就是飛船和管道；2，居住場所，就是橋屋；3，能源設備，就是巖漿地熱發電機和汙水循環系統；4，武裝保衛體系，包括電磁波，機器戰士和大門。5，中央控制系統，就是委員會（相當於黨委書記或政委）和中央控制辦公室（相當於市長或師長），來確保整體協調。易安還想再次摧毀機器世界，叫地下的崛起，他們認為摧毀機器世界的方法肯定不是去荷槍實彈的打，因為機器有幾億個士兵和幾億發炸彈，而人類只有幾十個士兵和幾艘飛船，就像幾個幼兒園的小孩手裏拿著超人玩具要戰勝幾萬個裝備齊全的特種部隊壹樣。因此人類必須通過其他辦法來摧毀機器世界，跟上次通過隔斷太陽能讓機器沒有能源壹樣，這次還要讓機器沒有能源，那麽就要摧毀服務器，這樣電池人就沒有意識也就死了，機器人就沒電了。要摧毀服務器（矩陣），就要先了解矩陣，於是易安派出飛船來潛入到服務器機房附近，並通過WiFi（無線網路由器信號發射）技術連接飛船人員的意識和虛擬世界，這個技術就叫黑客技術。因為程序進入服務器的常規途徑是防火墻（造物主的那個大樓）和USB接口（火車人）。但是船員繞過這些常規來進入系統的辦法就叫黑客。他們出入的路徑就是虛擬世界電話連接虛擬世界電話線連接服務器的調制解調器連接飛船WiFi路由器連接船員大腦和飛船總機。船員進入服務器的目的跟服務器的目的是不壹致的，服務器的目的（Purpose）是讓電池人的大腦穩定以便為機器世界供電，而船員進入服務器是為了幹擾電池人的大腦以便不能正常供電。
但是任何規定都有例外，再完美和平衡的公式也不是萬能的，還是有極個別的電池人的大腦（腦電波天生很強，多半是大腦皮層的神經末梢比常人發達的原因）意識到他們活在服務器裏，而不是真正地世界，於是他們試圖在服務器裏通過虛擬網絡來驗證他們的意識是否在服務器裏。而且趕巧，船員黑客在服務器（Matrix矩陣）裏發現了壹批這樣“叛逆”的電池人，於是決定把他們解救出來。解救方法是在服務器裏跟他們取得聯絡，讓他們知道他們確實活在服務器裏，然後給他們藥片讓他們自己選擇是否出來還是留下，紅藥片是追蹤程式，可以讓飛船知道他們的意識在服務器裏的坐標；藍色藥片是休眠程式，可以讓他們的意識睡覺，然後再醒過來就感覺什麽都沒有發生。如果他們服用紅藥，飛船就修改他們的意識，讓他們蘇醒，電池人蘇醒後從電池殼裏爬出來，爬出來拔掉電源線、撕破囊膜後，這塊電池就停止給機器的壹個電極供電，機器檢測到這塊電池不工作了，就認為沒有意義了，直接通過下水道排出，然後再被飛船打撈上來進行重新改造。
就這樣墨菲斯、崔尼蒂等電池人先後上船了。
現在畫面再切回造物主計算機，計算機意識到電池人壹個接壹個的被易安飛船解救，於是就覺得前五個安保系統沒有什麽價值，就創造了第六個安保系統：第六個安保系統就是先知婆（Oracle），計算機通過對人類的不斷了解發現了人類的第六感、直覺、通靈感、潛意識等可以通過數學公式來編寫到程序裏，計算機把人類預知未來的能力寫入了先知婆程序裏，那麽這個先知婆就可以預測在未來的什麽時候什麽坐標的電池人會被易安飛船救走。那麽那個法國人就失業了。先知婆取代了法國人這個實時監控系統。因為先知婆可以預測未來，而法國人只能知道已經發生過的事情，所以就防止電池人被易安飛船救走這個目的而言，先知婆要比法國人NB。就像如果有壹個系統可以預測未來所有的犯罪，那麽妳還會雇傭現在的警察嗎？這也就是為什麽法國人非常痛恨先知婆而要她的眼睛的原因。
但是，先知婆對於計算機、服務器和機器世界來說雖然有優點，但是缺點也非常明顯，先知婆被植入的是第六感，而第六感的基礎是人格，所以先知婆並不完全收到公式和數學的影響，先知婆有自己的意識和獨立的人格，因此先知婆也就有自己的獨立的編程能力和行動力，以及善惡觀。先知婆為了自己的安全為自己編寫了黃飛鴻私人保鏢程序。先知婆知道人類和機器之間的矛盾必須被和平解決。因此先知婆幫助易安人和被解救的電池人墨菲斯還有崔尼蒂等尋找The One（Saver救世主）。
那麽關鍵就是這個救世主到底是怎麽回事兒呢？
是這樣的：在第壹次先知婆跟易安飛船取得聯系之後，計算機就已經通過法國人知道先知婆“叛變了”，計算機意識到自己的公式看似完美無缺，但是無法平衡不能控制的人格獨立化（自由Freedom）。而且計算機也意識到光在服務器裏編寫的程序是不能完全屏蔽易安黑客的幹擾。舉個例子，在現實中防止壹個黑客犯罪最好的辦法不是在網絡上拼技術，而是找到這個黑客然後殺死他。前六套安保系統都是治標不治本。因此要想讓易安黑客不幹擾服務器，就必須找壹個活人來去潛入易安黑客，然後觀察並了解易安黑客和人類行為。因此，第七套安保系統就叫救世主，那麽這個救世主應該具備三位壹體的能力：1，軟件，就是可以在服務器裏存在；2，機器，就是理解機器並跟機器交流；3，人格，就是也要理解人並跟人類交流。因此，救世主是由三個部分組成的：人類的身體，機器金屬的部分，可以隨時進出並改造服務器的的軟件性意識。
過程是這樣的：機器人選壹個電池人作為救世主的肉身，在這個電池人肉體內植入機器金屬，要比電極復雜的壹些零件，最後在矩陣裏為他的大腦植入軟件意識。那麽作為肉身，救世主可以跟人類交流，就是救世主----人類的連接線。作為機器部分，救世主可以感受機器，這就是為什麽Neo好幾次說 I can fee them(them 指的是烏賊機器兵)，就是救世主---機器的連線。作為軟件部分，救世主可以隨意進出服務器並且改造服務器，就是可以看到服務器的數據來在虛擬世界裏打敗電腦人史密斯以及中彈不死或者像超人壹樣飛來飛去等，就是救世主---虛擬世界的連線。作為人、鬼、神三界通靈的救世主，他是壹個點，把機器世界、易安人類、虛擬世界連接在了壹起。
但是救世主的最初目的是由造物主計算機設計的：救世主被易安救走，計算機通知機器，機器派烏賊摧毀易安，但是留些活口，救世主回到易安，挑選男女重建易安，然後救世主的意識變為源代碼回到造物主計算機那裏，計算機再根據之前的過程發現人類、救世主、機器、系統的缺陷，然後從新更新壹批新版本，然後這個過程就壹直循環往復下去，直到Neo停止了壹切。
那麽先知婆既然有預測能力，在計算機還沒有開始第七個安保系統---救世主的時候，先知婆就已經知到這壹切，而且先知婆知道無論是自己還是人類能力都是很有限的，因此要告訴易安人類、電池人墨菲斯、崔尼蒂等未來會有這麽壹個救世主，他的能力是非常全面的，也只有他可以停止人類和機器的戰爭。
先知婆和易安的前幾次合作都以失敗告終，直到最新壹代造物主Neo，先知婆也預測出來前幾次都會失敗，直到Neo才能成功。先知婆預測出Neo的獨特之處就是在具備人、機器、虛擬部分的基礎上，還有“愛”（Love），愛是唯壹壹個計算機沒有辦法用公式來平衡的東西。因為愛往往帶表著自我犧牲，這種代價超過了可以被量化的程度。Neo最初的愛是和崔尼蒂的愛情，然後轉化成了對人類、機器和虛擬世界的博愛，並最後選擇自我犧牲。
在壹次Neo和史密斯的戰鬥中，Neo打敗了史密斯，史密斯被Neo給“破裂”了，作為壹個任務失敗的電腦人，史密斯應該被系統刪除，但是系統沒能刪掉它，原因是Neo如果是完美的正義，那麽史密斯必須是完美的邪惡，否則的話服務器就會失去平衡，從而燒毀。因此，史密斯變成了病毒，具備侵入其他程序並改造其他程序來復制自己的能力，復制之後會獲取原來載體的基因、記憶和能力，這叫病毒的變異與進化，而無休止的破壞平衡就是病毒存在的意義。史密斯也復制了先知婆，於是史密斯具備了預知未來的能力，史密斯也就獲得了破壞未來平衡的能力，從而大笑。
Neo如果通過飛船進入服務器，就是黑客行為，可以繞過火車人。但是如果史密斯通過自己的意識WiFi跟服務器連接，這就是軟件意識，是計算機的設計程序，Neo則必須通過常規途徑進入服務器，就是火車人。這就是在Neo暈倒後憑借自己的意識創建WiFi信號跟服務器連接的時候，就必須要通過火車人的認證，但是火車人效忠實時監控程序，而實時監控程序法國人梅羅紋奇有自己的情感，痛恨Neo、人類和先知婆，告訴火車人不要帶Neo的軟件意識進入服務器。然後墨菲斯、崔尼蒂、黃飛鴻必須通過愛的力量親自戰鬥，挾持實時監控系統來命令認證程序把史密斯帶出來。 這叫黑客交易（Make a deal）。
按照計算機設計的固定程式，救世主Neo被解救，造物主計算機通知機器世界準備排出機器烏賊大舉進攻易安開始新的壹個循環，但是就連造物主自己都不知道，服務器正在被病毒史密斯大量的入侵，電池人的意識都變成了病毒史密斯，如果不停止史密斯的繼續復制，結果就是史密斯把服務器裏的所有程序都變成史密斯，那麽服務器就壞死了，史密斯還會大舉入侵造物主計算機，那麽造物主計算機就必須關閉防火墻（大樓爆炸），然後服務器就徹底壞死，這時候電池人的意識就不受服務器的奴役，那麽電池人的意識都是史密斯，電池人從電池囊膜裏蘇醒，目的只有壹個：就是病毒史密斯的目的：摧毀壹切平衡，摧毀整個世界，無論是機器世界還是易安人類世界。
因此，Neo以幫助破壞史密斯為籌碼，跟機器國王談判，機器國王同意跟人類停止戰爭，維系和平，前提是Neo願意把自己復制給史密斯，這樣的話計算機就可以找到史密斯裏的Neo，從而定位所有史密斯的坐標，來殺死史密斯。換句話說，史密斯是新病毒，現有的殺毒軟件版本對史密斯病毒無效，但是Neo是壹個專門殺死史密斯病毒軟件的定位程序，如果Neo願意自我犧牲來定位史密斯病毒，那麽現有的殺毒軟件就可以殺死這個史密斯新病毒，阻止人類、機器、虛擬世界的毀滅。
因此，可以想象，在Neo被史密斯復制後，造物主計算機找到了Neo的位置，也就找到了史密斯的位置，並殺死了全部史密斯。但是造物主計算機的邏輯是數學公式，是非常定數的東西，既然計算機答應Neo如果Neo成功幫助殺死史密斯，那麽計算機就放了所有想要逃離機器世界和虛擬世界擺布的電池人，讓他們回到易安，並且停止進攻易安，讓人類自己去決定自己的命運（set them free 就是讓他們獲得自由）。這就是結尾造物主計算機告訴先知婆我還不至於不守信用的意思。
但是可以想象：機器人履行承諾，讓計算機釋放了那些選擇要脫離母體的電池人，電池人回到易安，易安變得強大，那是否有壹天人類的獨立發展，人類的貪婪和欲望的膨脹，還會和機器人繼續發生戰爭，和平又壹次被打破，這就是為什麽計算機在最後問了先知婆這樣壹個問題：How long you think the peace will last？ 妳認為這樣的和平可以維系多久？ 先知婆說：as Long as it can be. 應該多久就是多久。
至於那個小女孩莎蒂，就是愛的象征。莎蒂的父親是電廠程序，莎蒂的母親是軟體程序，兩個程序是計算機用數學公式編寫出來為服務器虛擬世界Matrix工作的程序，但是奇跡的壹點就是用數學公式編寫的程序居然產生了愛情和愛的結晶：女兒莎蒂。法國人實時監控系統監測到電廠程序和軟體程序產生了愛，而莎蒂壹家三口是愛，也就是數學公式無法讀取的，不屬於服務器系統，應該被刪除（Dekete），出於對女兒莎蒂的愛，電廠和軟體找到先知婆，先知婆同意留下他們的女兒莎蒂，方法是電廠程序和軟體程序和他們的女兒“莎蒂”必須到達火車站，也就是USB端口處，然後先知預婆預測出造物主計算機為了研究“愛”和跟蹤先知婆的坐標，會讓實時監控系統法國人梅羅紋奇告訴USB端口認證程序火車人把莎蒂（Love，愛）帶到母體作為研究對象，但是莎蒂的父母的目的不是產生愛情和女兒，而是單純的電廠和電廠軟體，因此既然違背了服務器目的，自然要被系統永久刪除。但是已經具備獨立人格的軟件電廠和軟體依然願意以愛為目的，以犧牲自我為代價，回到USB端口，把女兒解救出去，不讓系統刪除女兒，但是可以刪除自己。
這部電影告訴我們壹個道理：世界的趨勢不會以任何壹種勢力（人或機器或虛擬世界）的意誌被改變，因為每壹種勢力都可以用自己的意誌改變世界的壹些規矩（Rules or Laws）,比如說人的改變能力就是“愛”(Love)。請人類善待自己賴以生存的環境和機器，用愛對待他們，不要把他們當成比自己低等的東西，要認為他們也有尊嚴和情感。否則，就是作繭自縛，自我毀滅。