國務院***有社科院中科院等直屬事業單位14個，有國資委、科技部等相關部委29個，稅務總局、工商局等直屬機構18個。以及部委管理的國際局10 個。在這些機構下面，基本上都有數目不等的相關事業單位。這些種類繁多，人員規模龐大的事業單位的工資改革成為此次改革的難點。
事實上，中科院和社科院在2008年被選為進行工資改革的試點。兩年已過，這兩個先行先試的事業單位推進的工資改革依然困難重重。
社科院人士說，院裏工資改革基本已經停止，沒辦法再推進了。該人士透露，停止的原因在於社科院向人保部爭取的壹級以上研究員崗位比例達到60%以上這壹要求至今沒有得到批復。他稱，定崗定薪都不是關鍵，關鍵是最上面的人員級別定不下來，下面都不好做。
即便是在中科院，推進的工資改革也僅僅停留在定崗定薪的層面，而對於績效究竟該如何考核，相關的薪津補貼參考標準如何壹直沒有明確的說法。
由於體制遺留原因，科技部掌管著包括國家發改委、工信部、財政部等眾多部委下屬的科研型事業單位的工資費用。這壹權利，由前國家科委承襲而來。每年，科技部都要對幾乎全部部委所屬的科研事業單位的支出費用統壹匡算，然後上報財政部撥款。
科技部人士稱，最近幾年來的局面是，國務院部委設置瘦身，但是相應事業單位卻在逐年擴編。僅以科技部為例，1998年國務院機構改革之後，科技部下屬事業單位只有兩三家，單現在已經發展至近10家。每年科技部匡算出來的國務院部委相關事業單位的工資等費用支出已經近500億。而十年前，才不過幾十億的規模。
科技部人士說，事業單位工資改革應該推進，否則都吃財政，只會包袱越來越重。對於那些盈利能力強，能掙錢的事業單位應該剝離出去，推向市場。但他也表示，壹步到位推向市場根本做不到。
事實上，多數部委事業單位都不看好此輪工資改革，某部委的壹家事業單位負責人預測，這壹輪改革依舊會胎死腹中。
事業單位改革受到三大阻力的影響：
事業單位養老金改革方案受到工人、農民的歡迎。但壹如既往地，受到以教職工為代表的事業單位從業 者的堅決抵制。
2008年底，廣東起草了《廣東省事業單位分類改革實施意見（征求意見稿）》，擬為其後的養老制度改革鋪路。然而，此方案剛壹提交各事業單位內部征求意見，“就引起混亂和不穩定，壹些人直接寫信給省委領導，大批人申請提前退休或買斷工齡。”
廣東省人力資源和社會保障廳壹位不願公開姓名的官員告訴記者，分類改革本身就困難重重。
盡管從單位性質上看，要進行分類劃分並不困難，但由於所有事業單位都與政府行政機關有著密切的關系，為平衡和照顧各方利益，要進行公平有效的劃分爭議極大。
按照此征求意見稿，廣東擬將全省所有事業單位分為三類：行政類事業單位、經營服務類事業單位及公益類事業單位。後者是養老制度改革對象。第壹類事業單位要與國家機關合並，他們對改革雙手贊成；第二類擬通過改制成為企業，這類單位絕大部分自成立之日起就按企業模式納入養老保險序列，在養老保險改革方面爭議不大，但對自己要被直接改成企業的做法，反應激烈。很多列入轉制計劃的事業單位人員，紛紛打報告要求回到公務員系統工作。這是第壹重阻力。
第二重阻力是，征求意見稿在以高校教職工為代表的公益類事業單位內，掀起了壹股提前退休潮。
華南農業大學壹位已退休的教師告訴本刊記者，當時有教師測算過，按老辦法退休，退休金在3500元/月以上；若不申請提前退休，退休金則可能只有1600元/月左右。
按照廣東省的征求意見稿，在2008年12月31日前，凡工作年限滿30年的；或個別工作年限滿20年，因身體或其他特殊原因不能堅持正常工作的，經報同級政府人事部門批準亦可辦理提前退休手續。對這部分職工，可按“老人老辦法”實行退休養老待遇。
據廣東當地媒體報道，2008年12月20日前後，各大高校的人事處辦公室門前，前來詢問退休政策的教職工川流不息，“不少符合條件的高校教授打算先退休，然後等著學校返聘自己”。
廣東省社保系統壹位官員稱：“當時提出要退休的大概有上千人，嚴重影響了高校的教學秩序，還有壹些老師公開抨擊改革方案，認為公務員不改，只改事業單位，不公平。”
在改革方案執行者眼中，還有第三重阻力，就是財政支付難題。
上述廣東省人力資源和社會保障廳官員告訴本刊記者，如此龐大的公益類事業單位人群壹下子進入社保，財政必須按其工齡為其補繳工資額28%的養老保險費。“當時勞動、人事及財政部門坐在壹起測算了壹下，就算每個職工平均補繳十年，那至少也要幾十億元，更何況平均工齡可能不止十年”。
如果再算上按工資額的16%繳納職業年金，“那更是不得了，沒人敢提”。
據悉，2009年廣東省財政對社保養老基金補助3.3億元，壓力原本已相當巨大。
“各部門壹看情況這麽復雜，改革對象都鬧得這麽厲害，全都像得了心肌梗塞，誰都不敢動了。”這位官員說。就這樣，廣東的事業單位分類改革辦法不了了之，養老制度改革方案也隨之擱淺。
作為最早啟動改革的省份，廣東的經歷被其他省（市）視為教訓。據本刊記者了解，目前上海、重慶及浙江均未出臺相關改革方案；山西正在進行事業單位分類改革的前期工作，目前已撤並事業單位74個，核減事業編制2827名，其中全額352名，差額1046名，收回政法專項編制72名，核減處級領導職數182名。但是，山西的改革能進行到何種程度，業界並不看好。