考試形式：完全采取上機考試形式，各科上機考試時間均為120分鐘，滿分100分。總分達到60分，可以獲得合格證書，沒有獲得合格證書的考生，不再安排補考，需以新考生身份報名參加考試。參加2013年3月全國計算機等級考試二級7個科目補考的老考生，仍按照傳統模式參加補考。
考核內容：二級定位為程序員，考核內容包括公***基礎知識和程序設計。所有科目對基礎知識作統壹要求，使用統壹的公***基礎知識考試大綱和教程。二級公***基礎知識在各科考試選擇題中體現。程序設計部分，主要考查考生對程序設計語言使用和編程調試等基本能力，在選擇題和操作題中加以體現。
題型及分值比例：①選擇題40題，40%；②程序設計題3題，60%。
上機考試環境及使用的軟件：全國計算機等級考試二級上機考試環境為Windows XP簡體中文版。各科目使用的軟件如下：
二級C語言程序設計 Visual C++ 6.0
二級C++語言程序設計 Visual C++ 6.0
二級Visual Basic語言程序設計 Visual Basic 6.0簡體中文專業版
二級Java語言程序設計 NetBeans中國教育考試版2007
二級Access數據庫程序設計 Microsoft Access 2003簡體中文專業版
二級Visual Foxpro數據庫程序設計 Visual Foxpro 6.0簡體中文專業版
二級證書表明持有人具有計算機基礎知識和基本應用能力，能夠使用計算機高級語言編寫程序和調試程序，可以從事計算機程序的編制工作、初級計算機教學培訓工作以及計算機企業的業務和營銷工作。