反式比對方法註釋蛋白質編碼基因時，確實不需要使用全長的cDNA。
反式比對方法是壹種用於註釋蛋白質編碼基因的生物信息學方法，其主要目的是將轉錄本序列與參考基因組序列進行比對，從而識別基因組中的轉錄本以及推斷出其對應的蛋白質編碼基因。
反式比對方法在註釋過程中並不需要使用全長的cDNA或轉錄本序列，而是依賴於經過修剪和標準化處理後的基因表達數據，如RNA測序（RNA-seq）或表達序列標簽（EST）數據。
在反式比對方法中，首先需要將基因表達數據進行預處理，包括去除低質量的序列、標準化序列、修剪序列等。接下來，將這些處理後的序列與參考基因組序列進行比對，識別出基因組中的轉錄本。這個過程可以通過使用各種生物信息學軟件和工具來實現，如TopHat、Cufflinks等。
壹旦識別出了基因組中的轉錄本，就可以進壹步推斷出它們對應的蛋白質編碼基因。這個過程通常涉及到使用各種算法和統計模型來預測基因的結構和功能。例如，可以通過識別轉錄本的開放閱讀框（ORF）來預測基因的編碼區，並進壹步推斷出基因的氨基酸序列和功能。
註釋基因組的其它方法：
1、基於序列相似性的比對（Sequence similarity-based methods）：該方法利用已知基因信息與待註釋基因組進行序列相似性比對，從而識別和註釋基因組中的同源基因。常用的工具有BLAST、BLAT等。
2、基於基因組註釋的比對（Genome-based annotation）：該方法利用已知基因組註釋信息與待註釋基因組進行比對，從而識別和註釋基因組中的蛋白質編碼基因和其他基因類型。常用的工具有ANNOTATOR、GFF2G等。
3、機器學習方法（Machine learning methods）：該方法利用機器學習算法訓練已知基因數據，並利用訓練得到的模型對未知基因進行分類和註釋。常用的工具有SVM、決策樹等。
4、綜合方法（Integrative approaches）：該方法綜合利用多種註釋方法，從而獲得更全面、準確的基因組註釋結果。常用的綜合方法包括基於序列相似性和基因組結構的比對、基於轉錄本和基因結構的比對等。