日本東城學院，放學後主角與其戀人、甲兒走在壹起，正在討論考試等事情，此時突然傳來警報聲，阿修羅男爵帶著機械獸來襲。甲兒匆忙去取自己的飛行機，主角和戀人正待躲避時，壹架軍用運輸機被阿修羅男爵擊落，正落在他們身邊。在這場飛來橫禍中，主角失去了戀人的身影，此時腦海中感應到墜落的運輸機內有什麽在呼喚著他，便上前查看。原來是壹臺藍色的巨大機器人，於是主角便鉆入駕駛艙內迎戰敵人。（此時選擇第二項，不要查看基本戰鬥方法，便可提升熟練度。另外，如果先前選擇去找戀人的話，就不能在壹開始出場了。） 作為第壹關並不難（事實上本作的難度偏低），敵人的運動性很低，基本上無法命中主角的格倫加斯特貳式，再加上主角機擁有念動防護盾，運氣好的話可以無傷過版。第三回合時，甲兒駕駛飛行機增援，阿修羅男爵會以他為攻擊目標。此時主角應將幾個嘍羅收拾得差不多了，攢足了氣力值便可用大技來收拾阿修羅男爵。
★第二話 マジンガ－Z絕體絕命/鐵甲萬能俠陷入危機
失去了戀人的下落，又帶著格倫加斯特貳式，主角不知該如何是好，便與甲兒壹同返回光子力研究所。此時，普洛肯男爵瞅準甲兒不在的機會攻打研究所，於是弓清華的愛美神及波士的大鐵牛出擊迎敵。當然無法指望這兩人能擊退敵人，只要讓他們守住研究所即可。到了第三回，主角和甲兒登場負責對付敵主力。期間，甲兒是可以回研究所與鐵甲萬能俠合體的。不過，若以飛機狀態過關是可以增加熟練度的。所以大家不妨先合體，等只剩下壹個敵人時再分離。
★第三話 ゲッタ－チ－ム出擊せよ/蓋塔隊出擊
主角突然感應到遠處有敵人存在，便與甲兒他們壹同趕往早乙女研究所。戰鬥壹開始，蓋塔隊三機以分離狀態迎擊敵人，正好每個人消滅壹個方向的敵人。然後等敵人的三個援軍出現後，再合體分別以不同形態擊倒敵人就能提升熟練度：蓋塔1號VS空中的敵人，蓋塔2號VS地上的敵人，蓋塔3號VS水中的敵人。將這些機械獸打倒後，再度出現敵機，此時主角們亦趕到，只要在不讓敵人接近研究所的前提下逐步消滅即可。
★第四話 ジオン再臨/基奧再現
眾人來到聯邦軍的極東支部見過岡長官，從他口中得知主角的格倫拜斯特貳式乃ETO開發的新機體，但壹直沒有找到合適的駕駛員。如今基奧軍再度擡頭、地球圈形勢惡化的情況下，岡長官便讓主角成為格倫拜斯特的測試駕駛員，其關系屬於光子力研究所。主角正在猶豫間，突然傳來基奧軍來襲的消息，於是眾人出擊迎戰（如果先前選擇了“もう少し考える”的話，主角不會馬上出擊）。此時如果熟練度為3以上的話，主角會遭到黑色三連星的挑戰，在三回合內擊倒任何壹架黑色三連星，熟練度就會提升。接著出現壹大堆機械獸，這種笨拙的敵人應該不是對手。
★第五話 シ－クレット·ナンバ－ズ/秘密號碼
返回極東支部的途中，主角再度感應到敵人（比雷達還管用），於是趕過去壹看，發現勇者雷丁的兩名成員正遭到化石獸的圍攻。這壹關敵人挺多的，會不斷地在北、東、東南出現增援。我方的增援會在第四回合於東北方的小島出現，那就是隸屬ETO“SRX計劃”的R-1（伊達隆聖）、R-2（萊）、R-GUN（英格拉姆）。主角見到R-GUN，立刻產生壹種奇怪的感覺，而英格拉姆似乎亦早就知曉主角的事情。（事先提醒壹下，這位《SUPER HERO大作戰》的主角是千萬不能培養的！否則後果自負！）戰鬥結束後，還沒怎麽聊（雖然隆聖這個機器人迷看到鐵甲萬能俠與蓋塔等非常激動，甚至還拿照相機要留影），英格拉姆就帶著兩個手下離開了。
★第六話 ア－ガマ擊墜命令/擊墜亞加瑪的命令
回到極東支部，眾人獲悉基奧軍大量降落地球，而且集中在南亞塔利亞島，還接到泰坦斯的指令，說有壹支敵軍靠近這裏，要主角他們去殲滅。此時應選“敵だと思う”，才能提升熟練度。於是，趕到現場的主角們與亞加瑪打了起來，迪奧率先沖出來。此時應不要還擊，兩回合後，基奧的馬修曼率軍殺到，亞加瑪成為味方壹同抗敵。
戰鬥結束後大家相聚壹起，察覺到泰坦斯有意讓極東支部與艾幹互相殘殺。另壹方面在機庫裏，甲兒看到死神高達居然說很象機械獸，迪奧聽了立刻很生氣，甲兒連忙道歉。這時，蓋塔隊三人走過來：“噢！看啊！那個很象機械獸的高達！”“真的呢！還拿著大鐮刀！”迪奧差點氣瘋了。
★第七話 レッツ！コンバイン/合體！電磁俠
又是非常熟悉的壹話，在南原研究所，豹馬他們前來報到，接著開始訓練並遭到敵人攻擊。因為敵人相距甚遠，最初根本無須動彈，等到了第五回合合體成電磁俠後再行動也不遲。此時，亞加瑪前來增援，正好離大將軍加魯達不遠，可以壹鼓作氣收拾他。
★第八話 出擊！その名はジャオアント·ロボ/出擊！它的名字叫大鐵人
在戰鬥開始前，主角可選擇與甲兒同行，這樣能提升熟練度。初始與原作很相似，銀鈴他們帶著安西博士逃脫BF團的追擊，然後草間大作開著大鐵人出現迎戰維新龍·曉。這次大鐵人被設定的很強，再加上武器不太耗費EN及彈藥，雖然被圍攻但也能取勝。在第二回合時，主角及甲兒登場援護，然後待亞加瑪也趕到時，合力收拾伊汪的烏拉艾尼斯。
★第九話 嵐を呼ぶ者/呼喚暴風的人
這壹話其實超級系與真實系並無多大分別，只有敵人出現場所略有些不同而已。且說眾人回到極東支部，主角獲知SRX計劃是為了對抗外星人而設立的，且該計劃的負責人乃是白河愁！接著，壹股奇怪的沖擊波傳來，眾人趕過去壹看，原來是安藤正樹的CYBASTER。當然此時的亞加瑪眾人並不認識正樹，雖然是至今為止從未見過的機體類型，但主角察覺到對方並非敵人，而且緊接著外星人監察者的無人機及機械獸亦陸續過來搜集資料，於是主角們就要壹邊保護CYBASTER，壹邊擊退敵人了。途中，英格拉姆也會駕駛著R-GUN跑來湊熱鬧，他似乎早已從白河愁處知曉魔裝機神的事情。
戰鬥結束後，正樹向眾人打聽白河愁的事情，然後馬上就離去。亞加瑪則要選擇是前往南亞塔利亞島阻止基奧軍（分支A1），還是去查布羅阻止泰坦斯奪取聯邦總部（分支A2）。
★第十話 目覺めよ、勇者/覺醒吧！勇者
眾人決定往南亞塔利亞島去後，極東支部接到SOS。此時如選“こっそり出擊する”便可提升熟練度。原來是夏京率兵攻打姆研究所，而勇者雷丁還在沈睡中。壹開始，只能以麗與神宮寺兩人迎擊，所幸敵人並不很強，基本上壹槍壹個。到了第二回合，SRX小隊前來增援，第四回合時雷丁就能覺醒，擊退夏京便告結束。
★第十話 アムロ再び/阿姆羅再來
在前往查布羅的途中，柯瓦特洛、卡繆和主角前去壹基地解救被軟禁在那裏的阿姆羅。如果熟練度至6，先前又選擇了“ブリ－フィングルへ行く”，阿姆羅就會駕駛G3登場，否則他只能開略差的RX-78。將首批敵人消滅或踏入基地後，敵方便有增援出現，其中亦有強化人露莎美，不過此時並不能說得她，大可放心地將其擊墜。
★第十壹話 ガンダム強奪/高達強奪
這壹話的初期基本上是高達0083的劇情再現，“所羅門的惡夢”賈圖襲擊聯邦軍在澳洲的基地，奪取了攜帶核彈的GP-02，考則駕駛著GP-01上前追趕，不同的是還有獸戰機隊的四人在場協助考。首要任務是不能讓GP-02逃走（他會往左方逃），必須讓獸戰機隊和GP-01將之團團圍住，然後將其HP扣至壹半以下時，賈圖便與GP-02退卻。接著在東北方出現敵增援，亞加瑪亦隨之趕到。消滅了敵軍後，考和GP-01歸於亞加瑪旗下，首要任務就是奪回GP-02。獸戰機隊亦與之同行，那個討厭的夏比羅亦不例外，他還對主角產生了興趣，千方百計地想調查主角及其機體的資料。
★第十二話 野望の男（分支1A）
追擊途中眾人與茜瑪遭遇，在第二回合時賈圖出現並欲與茜瑪匯合，此時擊倒GP-02可提升熟練度（原本擊倒茜瑪亦可，但她壹敗退，敵人跟著全部撤去。）。然後外星人出現，夏比羅見狀竟帶著紗羅投靠外星人，所幸紗羅的機器出了故障留下來。
★第十三話 少女が見た流星/少女所見的流星
兩分支的這壹話在劇情上是壹樣的，也就是GUNDAM W的劇情。希羅駕駛著WING GUNDAM降落地球，正撞上OZ的塞克斯以及亞加瑪，因為不能認同塞克斯，於是三方面的混戰就此展開。
不同的是分支A1的情況下，敵軍增援於第二回合由諾茵率領在左上方出現，分支A2則是當希羅被擊墜後，增援變為外星人的帝國指揮官維蕾塔（如果擊墜維蕾塔的話，可獲提升熟練度）。本話中可以讓迪奧去說得希羅，不過希羅是不會加入並繼續攻擊眾人的（當然還是先說得再攻擊他比較妥當）。
戰鬥結束後又見那老掉牙的劇情：莉莉娜在海邊與希羅相遇，然後發出絕對是神經不正常的宣言。
★第十四話 父との約束/與父親的約定
眾人回到極東支部，卻遇敵人襲擊基地，原來是BF團“十傑集”之壹阿爾貝特，只見他赤手空拳便將機器人擊倒（可惜這次沒有G GUNDAM出場，否則肯定會很熱鬧）。大作獲知這壹情況後，立刻駕駛著大鐵人出擊，銀鈴亦緊跟著以她專用的機器人援護。敵人並不是很強，只要註意不讓他們接近基地即可。如果在5回合內將其全部擊倒，便可提升熟練度。然後五飛與卡托魯在地圖上方登場，接著是亞加瑪前來增援。 戰鬥結束後，因為泰坦斯已占領了查布羅、控制了聯邦軍，所以岡長官任命亞加瑪成為第十三獨立艦隊隆德貝爾，避免遭受泰坦斯的討伐。
★第十五話 使徒、襲來
極東支部收到有不明生物往新東京去的消息，隆德貝爾艦隊便前去查看。壹開始的大段情節基本上與新世紀EVA相同，美裏前去接真嗣到Nerv，正遇第三使徒來襲，碇司令先讓淩波出擊，但是發生排斥反應。此時BF團的阿爾貝特突然出現，並向使徒發出挑戰。律子見到居然有人能赤手空拳與使徒戰鬥，壹時無法接受。接著是隆德貝爾艦隊出場，如果先前選擇“命令があり次第，出擊する”的話，雖然會遲些出戰，但能提升熟練度。使徒的A.T.FIELD防禦限界是4000，所以不難對付，只要讓兩個超級系的機器人用熱血+大技即可。
★第十六話 咆哮、EVA初號機
雖然擊倒了使徒，但它又馬上再生中，再加上碇司令那強硬態度，布拉度決定先行撤退，將此事交由Nerv負責。接著的戰鬥純粹是走過場的劇情展示，真嗣被迫乘上EVA初號機與使徒戰鬥，結果被打至暴走，然後輕而易舉地收拾了對方。
★第十七話 GR對GR2
泰坦斯的法克斯威脅岡長官，要他立刻解散隆德貝爾艦隊，被岡長官頂了回去。此時，BF團又在東京灣附近搗亂，大作急忙與大鐵人出擊，結果撞上了他的父親所做的GR的拷貝GR2。壹開始是大作的孤軍奮戰，第三回合時又會有敵增援在左下方出現。如果要提升熟練度的話，就不要先擊敗GR2，而是先收拾增援的格岡。我方增援則在第四回合登場。
★第十八話 紅い稻妻、空飛ぶマジンガ－/紅色閃電，飛翔的鐵甲萬能俠（超級系）
隨著接連的戰鬥，甲兒意識到不能飛翔的鐵甲萬能俠在戰鬥中太吃虧了，於是和主角暫時離開隊伍返回光子力研究所。鐵甲萬能俠的飛行翼即將制造完成時，阿修羅男爵突襲研究所，於是甲兒出擊迎戰，主角則因機體調整未能馬上出擊（如果選擇拒絕調整機體的話，能立刻出擊，但無法提升熟練度）。結果甲兒被機械獸引離研究所，並遭到飛行怪獸的圍攻，危急關頭波士以自爆來解圍。憤怒的甲兒裝載上飛行翼，與主角、以及第5回合來增援的R1、R2壹同擊退了阿修羅男爵。
戰鬥結束後，當甲兒哀悼波士時，卻發現他安然無恙地活著。主角找到隆聖，向他詢問有關英格拉姆的事情（選“イングラムのことを聞く”），獲悉對方乃是SRX的教官，以前亦是優秀的駕駛員。
★第十九話 激突！ゲッタ－ロボVSゲッタ－ロボG/激突！蓋塔VS蓋塔G（超級系）
鏡頭轉移到早乙女研究所，普洛肯男爵偷了蓋塔G與龍馬他們交手，為了拯救大家，武藏獨自壹人開著舊蓋塔與其同歸於盡。牟慶便代替武藏駕駛蓋塔G，第二回合時，主角他們就能來增援。但是，當敵人全倒後，普洛肯男爵把BF團從中國大陸蚩尤墓內偷的龍王機、虎王機派出來，主角從中感應到兩機體的痛苦思念波，於是上前說得兩機體離開。戰鬥結束後，眾人發現武藏並沒有死，只是受了重傷。
★第二十話 決戰、第2新東京市（***通）
眾人再度匯聚新東京市，並上街購物，還遇到了因受不了壓力出走的真嗣。平靜的時間沒過多久，第5使徒來襲，並以遠距離攻擊打倒了EVA。美裏想出了八之島作戰，英格拉姆幫助眾人實行這壹計劃，不過先要在5回合內確保初號機的安全，但偏偏機械獸又在此時來襲。所以，隆德貝爾艦隊要搶在5回合內將使徒以外的敵人消滅，方能提升熟練度。
戰鬥結束後，R-GUN正式加入（不要培養英格拉姆啊！），並出現第壹次三分支，隆德貝爾艦隊分為三小隊，壹隊由SRX、阿姆羅等人組成去迎接EVA貳號機（“EVA貳號機輸送艦隊と合流する”分支2A）；壹隊由獸戰機隊、EVA為主力留在極東支部（“極東地區に殘る”分支2B）；壹隊由高達為主力前往宇宙（“リガ·シリティア接觸し、宇宙へ行く”分支2C）。
★第二十壹話 聖戰士たち/聖戰士們
眾人在前往匯合點的途中，突然傳來壹陣沖擊波，接著就發現來到了壹個陌生的地方，眼前還出現許多昆蟲般的機器人，這便是海與地的狹縫、人類靈魂的歸屬地拜士淵洞了。最先出現在亞加瑪面前的乃是多雷克的母艦威爾維布斯，更令人驚訝的是多雷克的參謀、將機器人提升性能並量產化的薛特，以前乃是英格拉姆的部下！多雷克想說得眾人幫助他稱霸整個拜士淵洞，結果自然是遭到拒絕啦！接著尼和翔攻擊威爾維布斯，並逃向亞加瑪，於是壹場戰鬥就此展開。敵人中的托多按慣例是可以說得的，必須讓翔先和他打壹回合，這樣不僅可提升熟練度，也會出現說得選項，當然現在他是無法立即仲間的。
★第二十二話 エレの靈力/艾蕾的靈力
暫時擊退多雷克後，尼將此地的情況向眾人做了說明，大家便跟他壹同去找尋回到原來世界的方法。沒走多久就遇到多雷克派來的追兵，這壹版的過關條件是只要全員跑到地圖的右下方即可，不過我想大家都是執著於全滅的吧！當然若玩者在4、5回合內走完這版的話，熟練度是會增加的。在這關中最需註意的是不能攻擊托多（也不能還手），否則日後就無法說得他。
逃脫敵人追擊後，眾人在湖畔休息並遇到了艾蕾，她感應到英格拉姆心中十分迷茫。
★第二十三話 ナの國の女王/納國的女王
與艾蕾告別後，眾人正撞見納國的女王茜拉在與薛特對抗，於是上前援助。在此選擇讓古蘭加蘭防禦的話，便可提升熟練度，且過了兩個回合後茜拉會讓翔換乘翼霸。而在本關出現的托多，即便將其擊倒也沒關系。
★第二十四話 オ－ラロ－ド/奧拉之路
本話中提升熟練度的條件是在2回合內擊倒邦，當首批敵人全滅後，增援便會登場，接著卡拉麗婭懷著對翔的怨恨，其奧拉之力異常高漲，從而引起沖擊波，將眾人帶至地面上。
★第二十五話 東京上空
翔發現已回到地面上，同時附近只有卡拉麗婭，便說服她放棄戰鬥（不能攻擊對方）。之後阿修羅男爵帶著大量的機械獸出現，瑪貝爾他們和布拉度分別在兩個回合內出現。當敵人少於5部機體時，便會在下方出現幾頭頗強的機械獸，沙漠高達與重裝高達亦來湊熱鬧。
★第二十六話 紅いエヴァングリオン/紅色的EVA
兩分支內這壹關是無很大區別的，主要是接收明日香與EVA貳號機。提升熟練度的機會便是讓明日香在3回合內擊倒使徒。之後敵人的援軍中有巴尼存在，所以要讓克莉斯上前與他交手，然後說得。
戰鬥結束後，EVA正式加入隊伍。布拉度他們見到真嗣三人後，其平靜的態度讓美裏吃驚，她原以為大家應該對兩位駕駛員的年齡感到驚訝的，誰料布拉度卻告訴她們在隆德貝爾艦隊裏還有比真嗣他們更小的成員呢！電磁俠裏的日吉等人還是小學生哩！而且連妖精也有！這更讓美裏驚訝不已。
★第二十七話 マジン展開/MAZIN展開
戰前的選擇中，如果選往“南アタリア島”的話，可提升熟練度，反之會下降2點的！
眾人在前往南亞塔利亞島的途中，正撞見安藤正樹與拜士淵洞的比肖特交戰。大家都在奇怪，為何隔了這麽久，正樹還沒到日本找白河愁，結果發現原來他是個超級路癡！然後龍馬他們告訴正樹，白河愁現在在南亞塔利亞島。這令正樹將隆德貝爾艦隊亦視為敵人，幸好隆聖那個白癡機器人狂壹見到CYBASTER，就嚷著“好帥！”“我壹定會拼死保護CYBASTER的！”這讓正樹終於解除了戒心，同意暫時加入隆德貝爾艦隊。戰鬥中讓尼攻擊母艦蓋亞格林克的話，是會發生對話劇情的。另外，擊倒蓋亞格林克能夠提升熟練度，但需註意當它的HP低於50%是會撤退的。
★第二十八話 EOTの島（***通） 幾經辛苦後，隆德貝爾艦隊終於抵達了南亞塔利亞島，正趕上壹年戰爭時落下地球的神秘宇宙飛船“MACROSS”的升空儀式。當布拉度正與MACROSS的艦長古洛巴爾在談話時，第7使徒來襲。
此戰最初只能派3臺EVA上場，因為氣力值充足，所以很容易便擊倒使徒。但是使徒立刻壹分為二並擊倒了初號機與貳號機，這就需要派遣諸多超級系的機器人上場對付兩個使徒了。提升熟練度有兩種：壹是讓淩波來打倒第7使徒，可加1點；壹是讓布拉度打倒第7使徒，可加2點。當然後者難度較高，需要動用大量的精神指令來提升布拉度的氣力值、降低使徒的氣力值，特別是使徒的氣力值處於100以下時是無法使用A.T.FIELD的。
雖然擊倒了使徒，但它們又開始再生，所以眾人開始尋找其它有效的方法來徹底消滅這對孿生使徒。
★第二十九話 心に念じる見えない刃/心中默念看不見的刀刃
因為R-1、R-2以及格倫拜斯特貳式增添了新裝備和武器“計都瞬獄殺”，所以3人到附近的小島進行訓練。但是卻在那裏遇到了前ETO駕駛員伊路姆（第四次等前作的8位主角之壹）以及主角的戀人！伊路姆和主角戀人奪取了柯修拜斯特EX及柯修拜斯特MK2，背叛了ETO並意圖摧毀SRX計劃。奇怪的是主角的戀人似乎已不認識主角了，無論主角怎麽勸說都沒有用。本話中的關鍵就在於主角是否能說得其戀人，方法是連續向對方攻擊兩次，然後選擇說得，如此戀人便會因頭痛而離去。另外，如果為了提高熟練度的話，本話中其實沒有什麽經驗值可拿，因為無論殺死伊路姆抑或戀人，都會被倒扣熟練度！
★第三十話 瞬間、心がさねて/瞬間，心的重生
進入本話的條件是在先前的選擇中選“EVA2體による作戰を選ぶ”，這樣便由真嗣和明日香兩人合力在同壹回合內擊倒兩個使徒。所以要改造壹下兩臺EVA的武器，然後與使徒幹耗直至氣力值上升後，再配合精神指令將其擊倒。 壹波未平壹波又起，消滅了使徒後，新基奧軍的統帥基雷打算用衛星炮攻擊南亞塔利亞島，借此威脅DC投降。此時有兩種作戰方法可選擇：壹是“彈丸を擊ち落とす”，進入“ブ－ビ－·トラッブ”；壹是“彈丸をEVAで受け止める”，進入“奇跡の價值は”。
★第三十壹話 ブ－ビ－·トラッブ/傻瓜圈套
基本上兩分支在劇情上是相同的，只是戰鬥時敵我雙方機體配置有所不同。這壹關的目的是保護MACROSS不讓敵人接近並將敵人全滅，雖然因為敵人眾多而有些緊張，不過首次登場的MACROSS那些戰鬥機“女武神”是非常厲害的。除了裝甲低的缺點以外，其移動力、運動性很高，而且各個都有地圖炮。另外需註意的是，這壹關以及下壹關都不能讓所有機體壹擁而上，因為敵人會出現增援，需要留壹些人守侯在基地附近。待敵人全滅後，基雷亦向南亞塔利亞島發動攻擊，原先準備好的令R-GUN回擊或讓EVA張開絕對領域防禦都沒能派上用場，MACROSS居然自己變形並用主炮反擊。古洛巴爾方醒悟此乃過去異星人在MACROSS上設置的開關。
★第三十二話 カウント·ダウン/倒數
因為敵人的目標是MACROSS，所以古洛巴爾決定利用太空折疊，讓MACROSS升上太空。所以本話的主要目的就是保護MACROSS，支撐到它升空為止。這壹關的敵人非常多，幾乎打到手酸。而且敵人主要從左、右、下三個方向過來，只要消滅壹個隊伍就會有另壹隊伍登場，所以必須在MACROSS的三個方位都配置機體，並且每個方向都不能把機體全部放出去迎擊敵人，而是應該留兩臺以防不測，否則只要敵人走進基地就算輸了。
★第三十三話 トランス·フォ－メ－ション/變形
MACROSS使用了太空折疊後，雖然成功地來到了太空，但卻是在太陽系最遠的星球冥王星附近，而且還連周圍的東西也全部帶過去了。剛剛收容完畢後，天頂星人又追過來了。因為這些敵人的船艦有著極高的HP，且增援不斷。乍看似乎有難度，其實這只是個走過場的劇情。首先敵人在右下方那壹大堆皮糙肉厚的戰艦是不會動的，沒有必要去理睬他們，而且只要堅持到5回合後MACROSS就會變形過版。大家只要抓緊時間多多殺敵搶經驗值即可，但要註意的是到了第5回合，我方機體必須全部移動至MACROSS的後面或與它並列，否則是會壹炮打進的。
★第三十四話 隱された殺意/隱藏的殺意
英格拉姆提出要SRX小隊的3人進行合體訓練，隆聖聽了非常高興，他壹直盼望著能駕駛超級機器人。彩卻對此沒有信心，不過受到她壹直暗戀的英格拉姆的鼓勵後，終於還是下定了決心。主角跟著SRX小隊壹同前去訓練，可惜最後合體還是失敗了，彩還因為受到精神感應的強烈沖擊昏厥過去。就在這時，帝國指揮官蕾比·托拉與夏比洛來襲。眼見隆聖他們沒有想預料中那樣覺醒超能力的力量，英格拉姆終於露出他的真面目，原來他竟是異星人派來當臥底的！緊接著，英格拉姆更將彩的R-3給擊墜了！眾人大怒，遂開始反擊。要打倒英格拉姆和夏比洛並非難事，只要動用大量的精神力來輔助即可。蕾比的玖狄卡就非常困難，最佳方法是讓隆聖去攻擊她，這樣蕾比會因隆聖的精神感應而頭痛不已，最後更會離開戰場。接著加戈爾出現並放出新的合金獸，還揚言已破解了V型電磁俠的招式。不過在蕾比的命令下，還沒等他發揮能力就強制撤退了。
待敵人離去後，眾人找到了R-3的殘骸，彩雖僥幸揀回條命但卻負了重傷。隆聖亦受到很大的打擊，他萬萬沒有想到自己所信賴的教官會背叛他們（此時選第二項能提高熟練度）。
★第三十五話 サタン·ファイト/土星之戰
MACROSS來到土星附近，天頂星人又追了上來，不過這次的敵人大多是些小兵，不足為懼。當首批敵人全滅後，又有敵增援在右下方出現，更有敵人入侵至MACROSS內，此時要壹條輝選擇是去追擊抑或等待增援。選前者（第壹項）的話是可以提升熟練度的，但就會馬上結束這壹版面，或者的話雖沒有熟練度卻能將所有敵人消滅的機會，要熟練度還是要經驗值，全在大家自己。
★第三十六話 リン·ミンメイ/林明美
壹條輝追著敵人進入MACROSS內，然後獲得卡多魯的幫助。輝的主要目的就是在3回合內趕到林明美所處之地，然後因為MACROSS的變形壹同被卷入地下。接著是味方大量機體登場與敵增援部隊周旋。
★第三十七話 ジュピトリァン/朱比利特
這次的敵人乃是以V GUNDAM為主，其中卡狄吉娜是會沖向胡素並發動攻擊的，此時如果選擇“カテジナを擊たない”可加壹點熟練度。另外，讓正樹前去說得琉妮亦能提升熟練度。真實系的情況下，若將敵軍的初期配置消滅後，帝國軍的蕾比便會出場，最好在她氣力值可達使用“最終地獄”之前收拾她。
★第三十八話 帝國の女王
MACROSS到達木星圈後，古洛巴爾前去參見？帝國的女王，結果反被關押起來。布拉度就組織了壹個營救小隊，要在15回合內找到古洛巴爾被關押的地方。如果上壹話有說得琉妮的話，她就會告之正確位置（地圖最右方），並在正樹的勸說下，琉妮加入隊伍。能夠成為夥伴的還有兩人，那就是在第四回合內以NPC登場的希羅和特洛瓦，只要讓卡多魯與迪奧去說得即可。因為時間緊迫，所以大家要善用地圖炮來節約時間。當行至右方時，蕾比就會出現，讓隆聖去擋她兩次攻擊後，她就會再度頭痛並要眾人救她，但緊接著她又恢復“正常”，迅速離去。
★第三十九話 終末への前奏曲/往終末的前奏曲
好不容易脫離木星，壹條輝接到林明美的聯系，與她壹同駕駛著練習機外出遊玩，結果撞見了宇宙怪獸（真實系的話變為天頂星人）。當然憑壹條輝那架練習機是毫無作為的，所幸EXCELION出現在此宙域（真實系的話，輝會被四架敵機包圍，但因為敵人並不會做出主動攻擊，所以還是不要無謂地掙紮），且第三回合時主角和骷髏中隊趕過來，緩解了危機。超級系的話，味方在第七回合時還會有增援。此時，天頂星人突然將輝抓了去，於是主角、骷髏中隊以及末沙他們也急忙追了過去。
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