有機滲透型合作模式通常是校企雙方深層次上的合作，不拘於形式，只要使人才培養活動滲透到專業教育的全過程中。比如上海電力學院與華能上海石洞口第二廠、上海電力安裝第壹公司開展的以專業綜合改革為中心的產學研合作教育。其基本思路是以學校的專業教育改革為突破口，結合考慮學校教育教學規律及企業對人才的要求，重構教學計劃和專業課程體系，改革教學內容模塊，同時利用企業資源強化實踐性教學環節。這種模式實施的關鍵是企業參與有機滲透到專業教育改革的方方面面中，包括教育管理、教學活動、課程體系、思想教育等整個教育過程。這種模式不僅能提高學生的實踐能力，還能推動學校整體的教育教學改革，通常效果顯著，但是它涉及面比較廣，遇到的困難和問題也會較大。
2.改革教學計劃，突出技術應用性
首先，產學研聯合培養可以吸納企業理工技術人員組成專業顧問委員會，參與教學計劃的制訂，要從學生的知識、能力、素質結構三個方面構建教學計劃。理論課程體系按照公***課、專業課、專業方向課和選修課四個模塊構建。實踐教學體系要按照由易到難，逐步接近理工實踐的原則，從認識實習、基本技能訓練、崗位技能訓練和綜合技能訓練的線路來構建。其次，要強調實踐教學。以廣西工學院的機械理工及自動化專業為例。他們把企業現場實踐分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三個階段。
企業現場實踐Ⅰ為2周，目的是使學生初步了解我國機械制造業的現狀、技術進步、科技水平和現代管理方法。企業現場實踐Ⅱ為2周，目的是使學生加深對所學知識的理解，並為後續專業課程的學習提供必要的感性知識，直接了解本專業的實際生產過程和生產內容，具體了解模具設計及制造、數控編程操作的全過程。企業現場實踐Ⅲ為11周，目的是使學生進壹步加深對本專業知識的理解，拓寬知識面，以了解當前模具行業的新知識、新技術和現代化生產情況。
3.加強師資培養，提高教師理工能力
無論何種培養模式，教師都是關鍵因素。對其專業領域的企業生產和研發活動全然陌生，不能掌握現代技術的專業教師是難以勝任理工教育的教學任務的。因此，工科專業教師必須樹立正確的理工倫理觀念，具備突出的理工能力，必須熟悉理工實踐，並且精通企業產品研發中的壹種或多種技術。產學研合作利用企業資源，為教師提高理工能力提供了契機，比如聯合指導畢業設計。在產學研聯合培養理工專業人才的模式中，學生畢業設計的論文選題大多是來源於企業，結合實際的課題，與企業理工師聯合指導畢業設計對於提高教師的理工能力也具有很多幫助。
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