影片中的錫安(即觀眾認為的現實世界)並不是現實，只是另壹個虛擬空間，沒有人知道(包括NEO)。這個“錫安世界”是另壹個高於編程大師機器(影片中未示出)編造的虛擬世界的空間，用於NEO在《無限輪回》中所做的事情。這部電影中的NEO其實是第六代NEO(電影中明確提到，第壹部電影中也有暗示)。。。。。。
那麽為什麽要讓NEO cycle來做這些事情呢？這是讓機器永遠控制人類。影片中並沒有涉及真正的現實世界(但看起來像《錫安世界》，這是首席程序員的目的，讓這個虛擬世界更真實)。人類出生時，系統會給每個人分配壹個角色程序。99%的人接受這個角色程序，讓這個角色控制自己的大腦。所以，這些人與其說是人，不如說他們只有壹部分意識附著在生命體上，由系統控制。他們沒有獨立意識。相反，它們通過具有人類意識的程序來控制大腦。有些人願意接受任何分配給他們的角色，所以他們可以被代理人控制，被史密斯復制。另外，1%的人有很強的獨立潛意識，他們不願意接受系統分配的角色程序，能隱約感覺到不對勁，開始思考自己的存在方式。這種分配給系統的不相容的角色程序，如果不加以控制，會導致系統的不穩定和崩潰。所以寫了系統的主編程器，寫了另壹個不同於虛擬系統的系統模擬程序，其他角色寫給自主意識強的人。這些人指的是影片中的墨菲斯(戴墨鏡的黑人)和崔妮蒂(女主角)。
那麽NEO為什麽要做這些事情呢？這才是重點。NEO甚至和上面1%的人都不壹樣。他有壹個特殊的程序角色。是他帶領1%的人完成了轉世任務。從這三部電影中，我們可以得出結論，Neo與眾不同:他的特殊程序有偽裝代碼，而NEO壹開始並沒有意識到自己的核心代碼，所以電影中有壹個死後重生的過程。第壹集開始，Neo被編程大師機器寫的角色控制。在先知的指引下，墨菲斯等人找到了尼歐，並將其升級為第二層代碼(即與墨菲斯等人相同的覺醒者的代碼)。第壹集Neo死了，這層代碼就消失了，釋放了特殊程序的核心代碼。讓尼奧意識到他的超能力。這部分代碼已經存在很久了，只是現在才起作用，控制著Neo的大腦。這種再生可以說是特殊程序的覺醒，而不是人類自我意識的覺醒。所以Neo這個時候可以稱之為特殊的程序員。從人類的角度來看，作為節目生物載體的Neo，在第壹集和第二集裏還沒有喚醒自己的人類自主意識。但他有強烈的潛在人類自主意識，所以他能接受這種特殊的程序，同時又能影響它。所以在1和2集裏，他都在不斷思考自己的真實身份。在第二集的後半段，當他面對設計者(壹個設計虛擬世界的程序)時，他的人類意識已經覺醒了很多，但還沒有控制自己的大腦。當面臨壹個可能導致全人類滅絕的選擇時，Neo的人類意識會退縮(這種對人類的愛，正如設計者所說，是人類最強的地方，也是最弱的弱點)，他會完成輪回、格式化、升級系統的任務(即放棄並摧毀人類主城錫安)，讓覺醒的人類意識再次消失(否則系統崩潰，人類滅亡)。之後這個特別節目根據節目設定選出23人重建錫安，新壹輪循環開始。
也就是說，在虛擬世界中，總會有壹小部分人醒來，被喚醒的人會被像莫斐斯這樣的人從虛擬系統中帶到錫安(當然莫斐斯自以為是在做好事，其實是在幫助機器管理系統，隔離有問題的程序)，從而使系統穩定。慢慢的，人類的反抗程序越來越多，直到危及到主服務器的穩定性，需要使用安全衛士來清除錫安系統中的人類(也就是第三集人類主城錫安被機器人章魚攻擊的原因)。Neo是編程大師機器從Morpheus這樣的人中挑選出來的精英，目的是收集人類反抗意識的各種代碼，完成循環。
以下是影片的內容
影片講述了發生在第六代NEO身上，結束輪回的特殊經歷——他遇到了史密斯的錯誤程序，對女主角有著深深的愛，所以沒有選擇輪回。最後，他宣布，錫安的人類將與錫安的機器人保持和平，也就是說，不會發生讓主服務器癱瘓的戰爭，從而使錫安的人類免於被格式化。其實是指定的，最終人類還是生活在虛擬的世界裏。(所以以後不要輕易刪除電腦裏的程序，說不定就是屠殺。)
整個故事其實不是關於人類的，而是關於人工智能機器的進化，就像人類從猿人進化到文明人的歷程壹樣。當人類已經進化到了盡頭，被自己發明的智能機器毀滅的時候，智能機器就開始了自己的進化，壹切都有始有終。就像第三集重復這句話壹樣，人類文明有始有終，人類文明的終結就是機器文明的開始。他已經開始進化了，肯定有終點。他的終點是什麽？我想這大概是電影留給觀眾最大的思考吧。
有時間的話最好看看《黑客帝國》的動畫版。這就是黑客帝國的歷史。