區別如下：
1、保護原則不同
軟件著作權是在軟件創作完成後自動產生的，也是自願進行軟件著作權登記，登記的目的是體現公證的效力，主要用於聲明著作權權屬，同時使後續維權時的證據力度更大。
軟件專利則必須向專利局提出申請才能獲得保護，因此必須要積極申請，且專利制度也是以“用公開換保護”為原則。
2、保護依據不同
軟件著作權保護依據是《著作權法》和《計算機軟件保護條例》。軟件專利保護依據是《專利法》，具體審查標準參見國家知識產權局專利《審查指南》第二部分第九章“涉及計算機程序的發明專利申請審查若幹問題”。
3、保護客體不同
軟件著作權申請提交的資料是源代碼及用戶操作手冊，所以軟件著作權保護的是表現形式，不保護思想。這樣就有可能出現競爭對手將妳的軟件進行研究，然後改變編程語言，達到的結果是壹樣的，但由於代碼不相同，所以不侵犯著作權。
軟件專利則不同，在申請時描述的是軟件的設計構思（註意壹定要以技術方案的形式表現，或者最好能夠結合硬件來表現），包含了軟件流程圖的內容，而不是主要說明采用哪種程序語言實現。壹旦獲權後，他人只要采用了軟件專利的設計構思或方案，就可能構成侵權。
4、通過率不同
軟件著作權實行的是登記制，壹般不需要經過實質審查，只要形式審查時提交的材料符合要求，並且不違反《著作權法》的規定即可獲權，登記通過率極高。
軟件專利需要經過形式審查和實際審查。壹般純軟件型的專利不易獲權，通過軟硬件結合的方式會提高其授權率，但總得來說通過率依然不高。
5、保護期限不同
民的作品，其法律規定的相關著作權保護期為作者有生之年加死亡後50年；法人及其它組織的作品，其法律規定的相關著作權的保護期為50年。
軟件專利只能申請發明專利，保護期限從申請日起算20年。