基本操作
A鍵：發魔法，按住儲力（儲力的長短決定魔法的距離和力量）
B鍵：交談，拿東西，調查等，按住是悄悄的走。
L鍵：使用輔助物品。
R鍵：跳躍
START鍵：調出遊戲菜單。
遊戲菜單（R/L鍵：翻頁。A鍵：確定。B鍵：取消）
遊戲菜單裏有四個畫面：1：狀態。
2：巫師卡。
3：輔助物品和魔法術。
4：Items是 輔助物品的說明。
Spells是 魔法術的說明。
Tasks是 任務，任務完成會有個對號。
Owl Scrcolls是 貓頭鷹拿的信
Beasts 是怪物的圖鑒（遊戲後期會顯示）
Options 是設置遊戲
Quit Game 遊戲結束開關
哈利自從放假回家，壹直受到繼父家人的壓迫。壹天，小怪物多比突然出現在哈利的小屋裏，它告訴哈利 霍格華茲 魔法學校發生了怪事，希望不要回到學校。在哈利過生日的那天，好朋友容恩衛斯理和雙胞胎兄弟弗蘭德與喬治開著飛天車把哈利帶到了自己的家，離開了討厭的繼父家。在這哈利用魔法把自己變到了奇怪的地方，正好遇到了大胡子羅波特哈格德，壹起來到了對角巷。
書是記錄點，進入哈格德旁邊的格林銀行（很恐怖的銀行），打擊有的敵人必須儲滿魔法，打水晶的石頭裏有錢，礦車可以推。碰到了水晶球，在死後就可以從這兒開使。小矮人讓哈利找到五個三角形的石片，在狀態和任務裏會有提示。最後壹塊三角形的石片在圓形的石頭裏，利用大鐵塊砸碎石頭就可得到。交給小矮人門會打開，裏面是巨龜，打死它可得到壹本書，學會了火的魔法。用此魔法去打下邊的蜘蛛網，裏面是父母留給哈利的錢（多虧是金幣，要是紙幣早就成灰了），有錢了就GO吧。進入珍妮（容恩衛斯理的妹妹）身邊的房間，從老人手裏買到3個的試管（必須得買），用長方形的試管到中間大鍋裏可灌藥水，次藥水可加3格血，出門金妮給哈利壹張巫師卡。再進入小男孩身邊的房間，得到貓頭鷹拿的信。瓶子可以打碎，躲開那人的視線，在裏面拿到巧克力蛙。出門用魔發把打巧克力蛙打翻，就可得到。進入兩兄弟身邊的商店，商店裏有三種物品，不過沒啥大用。商店裏還能找到些錢，有意思的是摸墻上的畫，那畫裏的小醜會伸舌頭吐口水。進入最後的房間，吉德羅洛哈特與哈利照張像，再跟哈格德來到酒吧。碰酒吧門口的墻壁可進入地下存酒室，酒桶裏可找到點錢，在酒吧後院拿到魔法粉交給衛斯理 。開學那天沒敢上火車，只能和他坐著飛天車，由於汽油沒了，最終晃晃憂憂地撞到了霍格華茲魔法學校前的渾拼柳上。
史耐得教授在門前迎接了哈利，進入學校上到7樓，路上可吃5個紅色豆，見到了妙麗格蘭妮。進入右邊的壁畫，上邊是自己的臥室，在櫃裏，壁畫裏，瓶子裏***找到3個紅豆。用火魔法點燃兩個燭臺，裏邊有1張巫師卡。來到7樓左邊的房間有2個紅豆，在衛生間可以買 弗蘭德的東西（辛好不賣吃的東西）。向裏走有1個紅豆和1只巧克力蛙，與喬治談話，分別進入四個房間，只有吃滿裏面的豆子才可以出來，從他手裏可得4張巫師卡。熱身完後，回到臥室與衛斯理談話。
壹覺醒來，在房間衛斯理打個招呼。進入7樓左邊的壁畫，來到大廳右上的房間，這裏***有3張巫師卡和4個紅豆，分別在右邊的兩幅壁畫和鐵門裏，打開鐵門的重要開關在墻壁裏，中間的兩幅壁畫分別通往2樓和4樓。出門進入大廳右邊的食堂，各有2個紅豆，1張巫師卡和1只巧克力蛙。與衛斯理交談，得知積分會顯示在這裏（***四個學院，哈利他們是在格萊分多）。到大廳跟格蘭妮來到學校外面，在外面先可找到2只巧克力蛙2張巫師卡和9個紅豆,當有五只巧克力蛙時就會加壹個血格。用火魔法可把樹樁燒沒，來到右邊，與馬丁老師交談便可進入訓練飛行。很簡單，除了方向鍵，A鍵中速，B鍵加速（要加速必須得有左上的紅格，而穿過壹個圓圈就會加壹點），L和R分別是左右，在規定的時間裏穿過24個圓圈就行了。出來後獎勵25分，（若時間短可以得到1張巫師卡，沒得到可去下邊小屋得），下邊的小房以後就可以練習，有幾張巫師卡必須從這裏得到，而必須打破那個記路。先不管了，回到自己的房間先與衛斯理談話，然後去7樓左邊的房間裏找弗蘭德交談。大廳左上的鐵門開了，進入下面的房間，不要讓斯哥特看到，在下邊可以穿上隱身衣，不過是有時間的，在前邊會看到斯哥特的貓。在簾子的後面可以躲藏，有間屋子裏有口大鍋，用圓形的試管可灌這藥水，這藥水可以解毒。在前邊會遇到飛的怪物，讓它們碰到就會中毒。裏邊有個山怪，儲滿力量打它。最後得到了壹個重要的東東地圖，調出遊戲菜單，按下L鍵就會看到，穿上隱身衣飛快的跑出去吧。來到2樓，裏面傳出恐怖的聲音。進去壹看，那只可愛的小貓被吊起來了，斯哥特看到後非常生氣，幸好登不利多校長也過來了，讓哈利離開這裏。在這有2個紅豆，回到臥室與衛斯理道聲晚安。
在房間會遇到奧利德渥特，他會在大廳等著，與他到校外的柵欄裏。這次訓練抓蝴蝶，有點難度，先不要抓它。應多穿壹些圓圈，裏蝴蝶近時突然加速，靠近蝴蝶會出現壹只手，手移到 蝴蝶上按A就會抓到。出來後會得到25分（若時間短可以得到1張巫師卡，沒得到可去小屋得），此時那間小屋會出現抓蝴蝶的練習，這時 格蘭妮告訴哈利去2樓下邊的房間。跟她進去，在桌子上會得的書，學到新魔法可以移動那石頭。桌子上的瓶裏有個星，只有跳上凳子才可拿到。主要是吃星，不要忘了 調查墻上的壁畫。最終吃到了5個紅豆1張巫師卡和25顆星，得到45分。再去另壹間房間，裏邊可找到3個紅豆。在箱裏找到1張 巫師卡，這時第四排的五個巫師卡攢滿，就學會了新魔法，可以打開戴鎖頭的門和箱子。進入戴鎖頭的門，裏有2個紅豆，上面的機關可以睬石頭跳上去。再進2樓左邊的門，目標是地圖上畫叉的地方。在這裏吃到巧克力蛙又會加壹個血格，最終吃到5個紅豆在桌子上得到壹本書。出來再進2樓右邊的門，進入戴鎖頭的門，裏面有2個豆和1張巫師卡。再去6樓戴鎖頭的門裏，裏邊有15個紅豆，有1個在圓球東西的後面找，回到房間把書交給格蘭妮和衛斯理。
跟格蘭妮來到2樓右邊的房間，在衛生間的門前看到壹些蜘蛛。在裏邊看到了以死去的莫叮瑪得，再去最裏邊的房間會看到皮皮鬼，它躲到盔甲裏會加血，就打碎盔甲。打敗它得到壹本魔法書，魔法可以把門上的綠色黏液打掉。進去後被人看到會減分，到壹個四方形的地方上邊有座雕像，用那魔法可把雕像打走，在裏面得到壹本書，出來交給了格蘭妮。
現在所有綠色黏液的門都可進了，起床後到房間與格蘭妮談話，得知須須要四種物品配制新藥水。進右邊的綠色黏液門，裏邊有1個紅豆。再進入5樓的綠色黏液門，左邊的墻可以推開，裏面***有10個紅豆。進入2樓右邊房間裏的綠色黏液門，有1個紅豆。大廳上邊有1個紅豆，下邊的綠色黏液門得到蜘蛛。可以去1樓的房間了，進去看到了格蘭妮和巴裏教授。在桌子上找到壹本書，學到的魔法可以把上邊的女雕像變沒，也可以把石頭變沒，目地是吃另25顆星。在途中找到第二排的最後1張巫師卡，會得到裝在圓錐試管裏的藥水，此藥水可令哈利在短占的時間裏處於無敵，而且在這裏***有5個紅豆，會獎勵45分。出門時又遇到了奧利德渥特，他告哈利要去魁地奇球場比賽。先在外面的石頭和戴鎖頭的箱子裏找到4個紅豆，再去下邊的魁地奇球場。這次可是壹場真正的比賽，對手是馬份，比誰先抓到金探子，在右上方會顯示與金探子的距離，要不段的穿圓圈和加速，被黑球碰到會減速。最後哈利被黑球撞受傷了，進入了4樓的病房，在裏邊得到第二個配藥水的物品壹大瓶魔法水。進7樓左邊的房間，打裏面的兩個女雕像，在裏面得到2個紅豆和1張巫師卡。再回去打自己房間下邊的兩個女雕像，裏邊有1個紅豆，跟格蘭妮和衛斯理交談來到2樓右邊的房間。在衛生間裏格蘭妮告訴哈利應去大廳左邊的房間，裏面***有10個紅豆，在下邊救出柯林尼治得到1張巫師卡，裏邊有第三個配藥水的物品。舉起壹個瓶子摔碎，史耐得教授聽到聲音會從門進來，這樣哈利就可以從那門出去了出來去大廳的食堂，在裏邊與死敵馬份來場決鬥。出來後格蘭妮告哈利去植物室，在外邊下起了大雨（電影裏好像沒下過雨啊），在裏面看到了壹個很大的植物，用火魔法打它，它會越來越小，最終變為了壹片小葉子，也是最後配藥水的物品。
起床後在4樓碰到了哈格德，在3樓看到壹名學生倒在地上，進入巴裏教授打開的房間，吃到4個紅豆與登不利多校長來到了食堂。再回到3樓最裏面的房間找到了第壹排的最後1張巫師卡，得到了怪物的圖鑒，和第100個紅豆子(在標題菜單裏會出現壹個拼圖的小遊戲，拼完後會出現新的圖片）。去2樓右邊的房間把配料交給了格蘭妮，配制的新藥水哈利飲後長像變成了小胖子（馬份朋友的長像）。去1樓下邊的房間遇到馬份，從他口中得到些消息，在壹間屋裏的雕像可以打走，出來到大廳與衛斯理去2樓右邊的房間，從莫叮瑪得那得到壹本關於秘室書。哈利看完了書與衛斯理交談了壹會兒去外面，看到哈格德和登不利多校長掉了壹把鑰匙，此鑰匙可以打開上邊的門。來到了禁忌森林，跟著蜘蛛走，在最深處見到了大蜘蛛。哈利想問它些事情，但是小蜘蛛可餓的很，辛好衛斯理和飛天車把哈利救了。打開臥室的箱子，再與格蘭妮談話。
早上，和衛斯理交談後在2樓會看到巴裏教授，得知格蘭妮在4樓病房裏。在格蘭妮身邊發現了重要的線索，先不管線索啦，到外面的小屋裏有5張巫師卡要拿，都有些難度。必須在規訂的很短時間裏完成，多多的練習吧。當第三排的巫師卡滿時，（在標題菜單裏會出現兩個選項，壹個是玩小屋的遊戲，另壹個是玩魁地奇球場比賽的遊戲）。存個盤這回再去2樓右邊門裏的衛生間，看到了衛斯理和莫叮瑪得，找到了通向密室的入口。和衛斯理跳了下去，但是衛斯理被石頭擋住了，沒辦法自己前進吧。穿過管道來到了壹個兩邊都是蛇像的大廳，看的了湯姆和倒地的珍妮，打死地上全部的小蛇就可以來到最深處。壹條長得不像蛇的怪蛇艾爾魔，像蟲子似的亂爬，只要躲開上面的落石和它吐出的毒液打它就行，使用可以無敵的藥水就更輕松了。最後，哈利像切香腸似把怪蛇大卸八塊，與衛斯理救出了珍妮。
最後，霍格華茲魔法學校恢復了昔日的平靜，也取消考試。大家在宴會上***同的慶祝！！