銑削刀具的選擇主要是銑刀類型和銑刀尺寸的選擇。銑刀類型應與工件表面形狀與尺寸相適應。加工較大的平面應選擇面銑刀；加工凹槽或者是較小的臺階及平面輪廓時應選擇立銑刀；加工曲面應選擇球頭銑刀；加工模具型腔或凸模成形表面等多選用模具銑刀；加工封閉的鍵槽選擇鍵槽銑刀；加工變斜角面應選用鼓形銑刀；加工各種直的或圓弧形的凹槽、斜角面、特殊孔等應選用成形銑刀。當粗銑或銑不重要的加工平面時，可使用粗齒銑刀；當精銑時，可選用密齒銑刀，用小進給量達到低的表面粗糙度；當銑材料較硬的金屬時，必須選用密齒銑刀，同時進給量要小，以防止振動。
銑刀尺寸也應與被加工工件的表面尺寸和形狀相適應。刀具直徑的選用主要取決於設備的規格和工件的加工尺寸，另外還要考慮刀具所需功率應在機床功率範圍之內。粗銑時銑刀直徑要小些，精銑時銑刀直徑要盡量大些，最好能夠包容整個加工寬度。表面要求高時，還可以選擇使用具有修光效果的刀片。
而孔加工刀具可分為鉆孔刀具、鏜孔刀具、擴孔刀具和鉸孔刀具。
（1）鉆孔刀具較多，主要有普通麻花鉆、可轉位淺孔鉆以及扁鉆。用加工中心鉆孔通常都會采用普通麻花鉆，普通麻花鉆主要由工作部分和柄部組成的。刀具柄部分為直柄和錐柄兩種。直柄工具的刀柄主要是彈簧夾頭刀柄，其具有自動定心、自動消除偏擺的優點，所以小規格的刀具最好選用該類型。而工作部分包括切削部分和導向部分，所示，麻花鉆的切削部分有2個主切削刃、2個副切削刃、1個橫刃。麻花鉆的導向部位起導向、修光排屑和輸送切削液作用。麻花鉆壹般用於精度較低孔的粗加工，由於加工中心所用夾具沒有鉆套定心導向，鉆頭在高速旋轉切削時容易會發生偏擺運動，而且鉆頭的橫刃長，所以在鉆孔時，要用中心鉆打中心孔，用以引正鉆頭。
（2）鏜削的主要特點是獲得精確的孔的位置尺寸，得到高精度的圓度、圓柱度和表面粗糙度，所以，對精度較高的孔可用鏜刀來保證。鏜刀按切削刃數量可分為單刃鏜刀和雙刃鏜刀，鏜削通孔、盲孔、階梯孔可采用單刃鏜刀來完成；加工大直徑孔時，可采用雙刃鏜刀。另外，還有壹種微調鏜刀，在加工中心上目前較多地選用微調鏜刀進行孔的精鏜，這種鏜刀調節方便且精度高。
（3）加工中心多采用擴孔鉆進行擴孔，也有用擴孔刀進行擴孔的，比如擴孔直徑較小時，可選用直柄式擴孔刀；擴孔直徑中等時，可選用錐柄式擴孔刀；擴孔直徑大時，可用套式擴孔刀。另外，還可用鍵槽銑刀或者立銑刀進行擴孔，它比用普通擴孔鉆進行可控的加工精度要高。因為立銑刀的圓柱表面和端面上都有切削刃，可以同時進行切削，也可單獨進行切削，且加工中心的刀具既能軸向進給，也可以像臥式銑床那樣做橫向進給。因此，在加工中心上用螺旋插補指令，采用立銑刀擴孔，只選用壹把刀具就可完成多個不同孔徑的加工。
（4）鉸孔壹般在加工的最後階段，大部分用於直徑小於Φ25mm孔的精加工。因為鉸孔的齒數多，導向好，容屑槽淺，剛性好，加工後孔的尺寸精度可達IT7～IT9級，表面粗糙度可達Ra1.6～0.8μm。普通標準鉸刀有直柄、錐柄和套式三種。小孔直柄鉸刀直徑為16mm，直柄交到直徑為6～20mm，錐柄鉸刀直徑為10～32mm，套式鉸刀直徑為25～80mm，加工時可根據需要選擇。