不知過了多長時間，他蘇醒了，9號。但是那棟它誕生的房子，已經毀的不堪入目，他發現了那個曾搭載過他的臺子上的接魂石，並塞到了自己的身體裏，他看見了倒在地上的那個科學家，他並不知道那就是制造他的人。9號只是壹個小小的機器人，與他的同伴壹樣。他用盡全身的力量，推開房子的窗戶，看到有壹個什麽東西在狂奔。他大聲叫喊，想問他這世界是怎麽回事，結果什麽也沒喊出來，現在，他心裏雜夾著許多心情，膽怯、迷茫、恐懼。他縱身壹躍，掉了下去，但是總覺得有只眼睛在看著他。他走進壹個小巷，發現裏面有燈光，趕緊躲了起來，他感覺到燈光離他越來越近，他拿起壹個鐵質的大螺絲，狠狠砸向離他最近的燈光，但他發現，燈光並不是什麽可怕的東西，而是壹個和自己很像的戴著帽子的機器人發出的，那個機器人告訴他自己是他的朋友，但是9號不能發聲，所以說不出話來，那壹個在壹個機器娃娃上找了零件，9號終於發出了聲音。那個機器人告訴9號自己是2號是同壹個人制造的。突然，壹陣響聲劃破了寂靜的夜空，2號拿好武器，讓9號躲到壹個罐頭筒裏，壹只機器的骨架跑了出來，拿走了接魂石，帶走了二號，向著壹個有三根煙囪的地方跑去。二號為了追趕，肩膀上裂開了壹道口子。另壹個獨眼龍機器人5號發現了9號，把他帶到了其他機器人避難的地方。那裏有1號、8號，1號是負責來管制的，8號是他的部下。1號看到5號帶來了9號，就詢問他有沒有出去，因為這裏面的機器人不允許出去，不然會引來怪物。5號沈默了。
等到看不見1號的時候。5號講起了自己的故事，那時戰火四濺，四處都是人類的屍骸，三只腳的機器人滿大街的跑，毒氣彌漫了整個星球。幾個機器人躲避著，他們是這個星球最後的拯救者，壹顆炮彈飛過來，炸到了5號，他的壹只眼瞎了，2號給他修補完，他就成了獨眼龍。並問他有沒有見到2號，他說被怪物抓走了。
他們現在正在這棟房子的“陽臺”上。突然，9號大喊：“那個豎著三個高高的東西的地方就是怪物抓住2號之後去的地方！”9號決定去救他，但是膽怯的5號卻說，妳會死的，還是不要去了，再說1號是我們的首領，我們必須遵從他。9號留下兩句話：“要是他錯了呢？如果妳是被抓走的，2號壹定不會見死不救。”5號決定了，他要跟著9號。對他說：“地圖可是不能少的。”9號和5號到達了目的地，結果壹陣大風刮走了地圖，5號發現了入口，9號發現了2號遺留的刀子，他們拿著刀子，走進了洞穴，裏面很黑，9號做了壹個點燈。後來7號突然出現，她手拿壹把長刀幫助他們解決了骷髏獸。救出了2號。但是剛出世不久的傻裏傻氣的9號歪打誤撞用接魂石激活了被封住的機器大腦，他帶走了2號的靈魂，2號死了。5、7、9號決定來到壹座教堂找3、4號兩個雙胞胎幫忙，9號畫下了那個吞噬了2號的儀器，5號回想起來6號——壹個以自我為中心的機器人經常畫。所以他們找到6號，他們又開始了探險的旅程，機器大腦可以制造機器，他知道機器大鳥來殺掉那些機器人，又造出骷髏蛇把人帶回來吸取靈魂，8號走了。7號僥幸逃脫。後來他們將機器大腦的基地炸了，他們以為機器大腦死了。其實沒有，他又把6號帶走了。最後，聽到了六號的遺言：“要找到科學家，9號又回到了科學家的家，他還是安詳的躺著，9號發現了壹些紙，是關於接魂石的設計圖，他又找到了壹個屬於自己的盒子，那是壹段錄像，他知道了怎樣操控接魂石，也知道了自己是科學家靈魂的壹部分。他決定去見2、8、6號了，他回去了，去找他的朋友，在9號要死的時候，1號醒悟了，他推開9號，9號完成了任務，摧毀了接魂石。