II的Programmer中，通過專門與EPCS連接的AS下載接口下載.pof文件到EPCS。不同之處在於將下載線連接到AS接口而不是JTAG接口，選擇編程文件時是*.pof而不是*.sof。
(2)在Quartus
II的Programmer中，使用JTAG接口通過FPGA中間通道間接對EPCS進行編程。
(3)使用Nios
II
IDE中的Flash
Programmer對EPCS進行編程。