1、PhyML：這是壹個用於構建最大似然進化樹的軟件。支持多種核苷酸和氨基酸模型，並提供了多種算法來優化樹的構建。
2、RAxML：這是壹個快速、高效的最大似然進化樹構建工具。支持多種數據格式，包括多序列比對、單序列、分子數據等。
3、MrBayes：這是壹個用於構建貝葉斯進化樹的軟件。使用馬爾科夫鏈蒙特卡羅（MCMC）方法來估計參數和樹的拓撲結構。