滾輪編碼器分為兩種，壹種是傳統的光柵式結構滾輪，另壹種是目前在鼠標上應用最為廣泛的機械式編碼器。這兩種編碼器的工作原理和結構都有所不同，因此它們並不能通用。
光柵式編碼器利用紅外線收發信號，滾輪工作時無實質性接觸，因此有良好的穩定性和長壽命。然而，由於其對鼠標主控編程具有壹定的要求，目前僅有少數幾家廠商使用光柵式滾輪。