《急診科醫生》電視劇大結局是何建壹脫離危險晉升主任，江曉琪洗刷冤屈為愛留下。
警察和特警到達醫院，何建壹建議讓白百靈用手機給亮亮發信號，亮亮見到手機信號立刻癲癇，何建壹趁機進病房治療亮亮並找準時機拉開窗簾。狙擊手擊斃了鄭偉，但何建壹卻中了鄭偉壹槍並失去意識。
所有證據都指明亮亮犯了強奸罪，律師也無法翻案，目睹了何建壹舍命相救的亮亮被感動，決定認罪。搶救後脫離了生命危險的何建壹，想盡辦法挽留江曉琪。
江曉琪為了何建壹撕掉辭職申請書，決定留下來。趙老師的兒子趙四海最終得知事實真相，向江曉琪道歉並致謝。秦宇寧繼續研究溶栓藥物，基本解決了副作用的問題，他和殷翔的感情也在研究工作中更進壹步。錐子決定跟皓月壹起去西藏，眾人紛紛含淚告別。
劇集評價：
《急診科醫生》最值得稱道的是它把國產醫療劇中薄弱的專業環節做紮實做細致了。見多了國產醫療劇裏出現的類似9％的生理鹽水靜推、40ml的甲強龍、大失血時打針不綁壓脈帶，環甲膜穿刺不拔針芯這些低級錯誤，在劇中出現的諸多細節足見劇組的嚴謹。
沒有畫外音沒有旁白，通過急診科裏發生的各種搶救案例，把幾位主角之間的關系和人物性格勾勒完畢。醫療劇中的案例除了展示醫生的技術和專業知識科普外，通常還有更多的表達需求。
部劇巧妙在於，這些話題點到即止，故事和鏡頭並未刻意去煽情和拔高，也沒有直白的審判和批評，而是把思考交給觀眾，這種處理方式也就不會因為太煽情和狗血而招致觀眾的反感。