001 雲霄飛車殺人事件 對應漫畫： VOL.1 FILE.1 現代的福爾摩斯 耳朵還很大的新壹……整個故事的開端，被黑暗組織灌藥之前的原始新壹~~（這集也出現了當時還是路人甲乙丙丁的高木涉~步美元太光彥等人~~
新壹
~） 小蘭和新壹去遊樂園約會。沒想到就在新壹的身邊發生了壹起殺人事件，這個事件也是整個故事的開端。在雲霄飛車的隧道裏，吉田步美、圓谷光彥、小島園太三個人為了省錢而在隧道裏準備上車。不料，發生了殺人事件。在新壹的推理下殺人事件解開了。但是，再回來的路上，新壹看見了黑衣人在進行刻意的交易。不料，還有壹名黑衣男子從背後攻擊，給新壹吃了組織未完成的藥物，APTX4869。新壹化名為“江戶川柯南”就此，故事開始了…… 049 外交官殺人事件（後篇） 對應漫畫： VOL.10 FILE.4 東方的名偵探 FILE.5 東方的名偵探現身 FILE.6 渾身發熱 壹天，毛利偵探事務所來了壹個神秘人，這人就是關西的名偵探：服部平次。當時，服部平次還沒有察覺到柯南就是新壹。而且，服部平次帶來的中國酒：白幹，騙柯南喝了下去。在事件即將要結束時，工藤新壹卻出現在大家眼前，不過，眼前的新壹似乎有點異常。新壹挺著重感冒解決了整個事件。 最後，擔心他的蘭卻叫醫生來，當時，新壹徹底失去了知覺，從樓梯上跌了下來，躲在廁所裏，變回了柯南。 此時的服部已經有些察覺了…… 162 飛機空中密室！工藤新壹的首次的辦案 對應漫畫： VOL.21 FILE.4 最初的招呼 FILE.5 空中密室 FILE.6 最後的王牌 FILE.7 埋藏在內心深處 阿笠博士抽獎抽中了旅行券，小五郎、小蘭和偵探團去了沖繩，在飛機上小蘭夢見了以前和新壹去洛杉磯的飛機上發生的殺人事件。當時，新壹問小蘭有關XXX的問題時，小蘭還臉紅了呢。然後，新壹順利的解決了事件。那麽這就是最初的壹頁…… 危命的復活系列 對應漫畫： VOL.26 FILE.2 不速之客 FILE.3 被遮蔽的事實 FILE.4 冒死復活 FILE.5 休息片刻 FILE.6 平靜的時光 190 生死壹瞬間（危險的復活） 第三種選擇 柯南正在為是否告訴小蘭自己的真相而煩惱時，當天夜晚，灰原出現在了柯南的病房並把槍口對準了柯南~啪~~打出來壹朵紅花……把新壹嚇了個半死~~於是坦白計劃泡湯~~劇情得以繼續下去~~同時小蘭的學校正在準備文化節，柯南也去看了小蘭主演的話劇。但是觀眾中的壹個男子突然倒下死了。 191 生死壹瞬間（危險的復活）黑衣騎士 在小蘭主演的話劇的表演中，發生了殺人事件。目暮警官認為被殺害的蒲田的飲料中被他的同伴們下了毒，但是從現實情況來說準備斷定是自殺。此時出現了意外的人物！ 192 生死壹瞬間（危險的復活） 新壹回來了 借助哀利用白幹提取的物質制成的暫時解藥變回原來身體的新壹回到原來的生活的時候，在糀町中心大廈的瞭望餐廳邀請蘭吃晚餐。晚餐時聽說在餐廳的電梯裏發生了殺人事件的新壹對蘭說“馬上回來”，奔向了案發現場。 193 生死壹瞬間（危險的復活） 約定的場所 新壹明白了在米花町中心大廈的電梯裏殺害社長的犯人，但是身體開始發生變化，另壹方面小蘭在瞭望餐廳壹個人等著新壹的回來。結果破了案子，藥效到了~~他差點哭出來……柯南走到蘭跟前~“新壹哥哥走了~”，蘭開始哭~~“新壹哥哥說~……”“我不要聽……”~~“他說，希望妳等他，就算死，他也會回來……” 219 被召集的名偵探 工藤新壹 VS 怪盜基德 打算拿取鈴木財閥的黑珍珠BLACK STAR的怪盜基德，想起了以前關於鐘臺的壹個事件。(這裏有怪盜對新壹,但後面的不是新壹,而是以柯南的身份出現) 另壹方面，小五郎的事務所裏受到不明發信人的信函，而且裏面裝著支票。小五郎帶著小蘭、柯南壹起到了“黃昏之館”。“黃昏之館”是大富翁烏丸蓮耶的別墅，壹同被招待的還有其他名偵探。而後開始了在館中尋找財寶的遊戲。但偵探在壹個壹個消失。最後留下來的偵探是？召集偵探們的犯人的真實身份是？ 286 工藤新壹NY事件（事件篇） 287 工藤新壹NY事件（推理篇） 288 工藤新壹NY事件（解決篇） 對應漫畫： VOL.34 FILE.11 金蘋果① VOL.35 FILE.1 金蘋果② FILE.2 金蘋果③ FILE.3 金蘋果④ FILE.4 金蘋果⑤ 柯南解決了橫濱中華街的事件，但小蘭發起高燒病倒了。在意識恍惚中，小蘭的腦海中浮現了帶著黑帽子的男子赤井、新壹、及美國女演員莎朗·溫亞德的形象。小蘭想起了以前是在紐約，自己和新壹遇見莎朗.溫亞德並遭遇到事件的時候見過赤井。那是2人前去見住在美國的新壹父母時候的事情。新壹的媽媽有希子開著“美洲豹”疾馳在紐約的街頭。她拿到了在百老匯好評如潮的音樂劇《金蘋果》的入場券，正趕往劇場前去觀看。 （這也是毛利蘭開始對新壹有好感的開始，並且也為後來苦艾酒知道柯南就是新壹埋下了鋪墊 400 心存疑惑的小蘭（回憶） 回憶部分為動畫原創 近期小蘭越加懷疑柯南就是新壹。柯南放在那裏的手機被小蘭給看到，她想從手機的郵件確認自己的懷疑。小蘭在開機畫面中發現手機被鎖定了。正想解除密碼暗號的時候，外面有汽車喇叭的響聲，小蘭看到那車的號碼是46-49（yoroshiku），想起半年前與新壹約會的事情… 437 上戶彩和新壹 4年前的約定（回憶） 動畫原創 柯南、蘭與打掃工藤家書庫的園子，留意到壹張根據優作的著作而拍成了電視劇的“女高中生偵探YUKI的事件簿”的照片。照片上有與新壹、蘭同樣是16歲的上戶彩。聽蘭說，這是4年前首次擔任主角的彩來拜訪優作時拍的照片。 之後，壹名年輕女子來到了工藤家。那人正是上戶彩，原來她有事來拜托新壹…… 472 少年工藤新壹的冒險（前篇） （少年） 473 少年工藤新壹的冒險（後篇） （少年） 對應漫畫： VOL.55 FILE.6 月下 FILE.7 黎明 FILE.8 白晝 FILE.9 落日
兒時的守護
柯南等人正在帝丹小學的圖書室讀書。此時，小林老師在書架的空隙中發現了什麽。那是個破舊的皮革錢包，中間放有1張紙。柯南對這個錢包有種似曾相識的感覺…。10年前，小學壹年級的新壹和小蘭為了查明學校有妖怪出沒的流言的真偽，在滿月之夜潛入小學的圖書館中。在那裏，新壹從謎樣男子那裏得到了這個皮革錢包，並接受了解讀紙上記錄下的暗號的挑戰… 柯南在圖書館繼續訴說著對那個錢包的回憶。10年前，接受謎壹樣的男子挑戰的新壹與小蘭，阿笠博士壹起破譯了第1個和第2個暗號，第3個暗號“消除OKUHO的證據 用混濁的聲音緊咬住孤獨”。新壹破解出暗號的前半部分後前往奧穗郵局。由於前2次都是將暗號隱藏在紅色的東西上，所以新壹直奔紅色的郵筒而去，打算尋出端倪…… 490 服部平次vs工藤新壹 滑雪場的推理對決（中學） VOL.50 FILE.8 平次的回憶 FILE.9 雪女的計謀 FILE.10 擡起之謎 FILE.11 銀衣雪女傳說 VOL.51 FILE.1 風雪中的復仇 521 殺人犯 工藤新壹 對應漫畫： VOL.62 FILE.5 憎惡之村 FILE.6 失去的記憶 FILE.7 工藤新壹殺人 FILE.8 死羅神大人 柯南收到了壹個叫屋田成人寄的信，約他到森林中的小木屋見面。不料，出門前，誤食了藥，本來應該是普通的感冒藥，阿笠博士卻拿了灰原哀自己制作的APTX4869的解藥。在小木屋中的柯南即將要變回工藤新壹，在最後時刻，柯南跌入了湖中。讓蘭意想不到的是：眼前的新壹竟然失憶了！和葉說帶工藤去，沒準可以讓工藤恢復記憶。在壹年前的現場，新壹、小蘭、和葉、平次等人遇到的屋田成人的同級生：水川萌生，以及東都新聞報社記者：河口深裏。 次日，服部平次發現工藤新壹不見了，然後竟然在壹年前的案發現場找到了新壹。發現，新壹刺殺了河口深裏…… 522 新壹的真正身份和蘭的眼淚 對應漫畫： VOL.62 FILE.9 止不住的淚水 FILE.10 原型 FILE.11 真正想問的事 原來，真正的工藤新壹並不是殺人犯。而假的工藤新壹竟然是屋田誠人（日原誠人）整容的。工藤新壹在森林的小木屋中，穿上了死羅神的衣服，在事件現場和大家見面，並揭開了事件的真相。的在事件最後，工藤新壹意識到了自己要變回江戶川柯南了，最後灰原哀給了工藤新壹壹粒APTX4869的解藥，保住了秘密。在回來的高速公路，又遇見了壹起殺人案件…… 523 真正想問的事 對應漫畫： VOL.63 FILE.1 我的推理 FILE.2 推理的答案 新壹他們超過的壹輛車裏面有個很奇怪的人，仔細壹看，原來他死了！當新壹隨著平次要趕往命案現場時，小蘭的腦海裏顯出了他們去遊樂園的那次回憶……小蘭抓著新壹的衣服仿佛要說什麽，但什麽也沒說出來……在謎團解開之際，那粒APTX4869的解藥藥效卻只有4個小時，工藤新壹剛想在變回柯南之前逃開，小蘭卻抓住了新壹，幸好被灰原用麻醉針麻醉，結果自然是平安變回來了…… 616福爾摩斯的啟示錄（名偵探的弟子） 對應漫畫： VOL.71 FILE.3 名偵探的弟子 FILE.4 啟示錄 因為要去倫敦，柯南的護照是個問題……於是，哀幫柯南用藥變回新壹，藥效24個小時，到倫敦後用柯南的身份去見小蘭。在倫敦，柯南遇見了壹個小男孩阿波羅，他告訴柯南有壹個叔叔說將會有事發生…… 617福爾摩斯的啟示錄（LOVE is 0) 對應漫畫： VOL.71 FILE.4 啟示錄 FILE.5 令人心痛的愛 在小蘭給新壹打電話時，新壹泄露了在倫敦的事，在小蘭的追趕下，柯南吃了灰原給他的APTX4869（本來是讓回國用的）.兩人吵了幾句，蘭哭著跑開了，新壹追了過去...... 618福爾摩斯的啟示錄（撒旦） 小蘭和毛利小五郎通過犯人留下的暗號找到了寫著有關福爾摩斯的線索，於是小蘭打電話詢問新壹相關情況，正當新壹準備和小蘭壹起去破解暗號時…… 621福爾摩斯的啟示錄（0 is Start) 對應漫畫： VOL.71 FILE.11 女王真正的價值 VOL.72 FILE.1 棘手的困難事件 出現了新壹對小蘭表白的場景
未編入動畫的漫畫
FILE.750 真正的目標 FILE.751 女王真正的價值 FILE.752 棘手的疑難事件 犯人被柯南找到並且華麗的制服了犯人，工藤夫婦意外的出現，蘭發給草地女王的短信裏，暗含著新壹對蘭的......
劇場版
M4瞳孔中暗殺者 小蘭回憶和新壹壹起去遊樂園玩的時候。 M7 迷宮的十字路口 柯南、服部二人推測出綁架遠山和葉的地點。可是服部卻受傷了，柯南向灰原哀要APTX4869的解藥，恰好灰原哀沒有帶，所以，灰原哀說：先吃了阿笠博士做的藥（可以得重感冒），然後喝下白幹就可以了。最後，柯南變回了新壹。 M11 紺碧之棺 柯南把氧氣筒給了蘭，但是自己卻無法呼吸，在海下，蘭又把氧氣筒給了柯南。 上岸以後，柯南問蘭為什麽把氧氣筒給了他。蘭說，柯南的舉動和新壹很像。 記得在初二時，有壹天下雨，蘭急著要回家，新壹看見了，就把雨傘給了蘭。還對蘭說，我可是偵探啊，所以，又多帶了壹把傘。最後，新壹淋著雨回家了，還得了感冒。 M12戰栗的樂譜 順著戰栗的樂譜特典工藤新壹迷之墻和黑色拉布犬事件，蘭回想起當時的情況。當時在河岸邊唱歌的就是秋庭憐子老師，唱的是《天賜恩寵》（奇異恩典，英文名為 Amazing Grace）。 M12戰栗的樂譜特典 工藤新壹迷之墻和黑色拉布犬事件 時間回到工藤新壹初中時代，案件通過壹只吉他盒展開…… M13漆黑的追蹤者特典 新壹與蘭 麻將牌與七夕的回憶 講述了新壹小學時代的故事，他與同學齊心協力幫助蘭實現了見到媽媽的願望。 M14天空的遇難船 基德為不被小蘭發現化裝成工藤新壹······ ova2 16人的嫌疑犯 壹個秋日，在輕井澤，柯南和蘭散步，回想起三年前兩人打網球以及騎自行車到河邊賞景的情形……