利弊爭議
有很多對NASA持批評觀點的人認為國際空間站計劃是在浪費時間和金錢，並且抑制了其他更有意義的計劃。持有這種觀點的人列舉，花費在國際空間站計劃上的上千億美元和近乎壹代人的時間，可以用來實施無數的無人太空任務，或者將這些時間和金錢花在地球上的研究中，也要比國際空間站更有意義。
空間站的支持者認為對於空間站的批評是目光短淺而且帶有欺騙性的，支持者認為花費在載人空間探索上的巨額經費同樣會給地球上的每個人帶來切實的好處。有評估指出，國際空間站計劃所開發的載人航天相關技術的商業應用，會間接帶動全球經濟，其所帶來的收益是最初投資的七倍，也有壹些相對保守的估計則認為此種收益只是最初投資的三倍。還有壹些堅定的支持者認為，即便國際空間站在科學方面的意義為零，僅其發揮的推動國際合作的作用，也足以令這個計劃彪炳史冊。
躲避垃圾
2012年9月26日美國宇航局（NASA）表示，壹個俄羅斯廢棄衛星的碎片和壹艘印度火箭的殘骸27日將飛近國際空間站，存在撞擊空間站的可能。若有必要，國際空間站27日可能會做出移動。
國際空間站內三名航天員會借助對接在空間站上的歐洲補給宇宙飛船的動力來移動空間站。歐洲宇宙飛船本來應該已經離開，因為通訊故障，返航時間才被延誤。
2015年7月16日，國際空間站險遭太空垃圾（俄羅斯壹顆氣象衛星的殘片）襲擊。當時飛來的碎片離國際空間站只有3千米，三名宇航員被迫只能用半小時的時間躲進逃生艙，暫時停留在太空站附近的“聯盟號”宇宙飛船內避難，宇航員需要花壹個多小時才能返回國際空間站重新開始工作。這已是國際空間站建立16年來第四次發生類似的事件。據悉，國際空間站所在的軌道上有2.2萬塊由廢棄衛星、火箭殘骸、航天器爆炸和相撞過程中產生的碎片。這些碎片的直徑至少有10厘米，飛行速度為每小時28160千米，會給軌道中運行的飛行器帶來安全威脅。
退役之爭
國際空間站的命運在成為壹個新的討論話題。因為稍早些時候，俄羅斯航天署副署長維塔利·維多夫在電視節目中宣稱，國際空間站將於8年後即2020年墜入太平洋，結束自身使命。他同時表示，之所以選擇墜毀的方式，是由於國際空間站結構太復雜，體積也太大，如果滯留在太空，將會成為壹堆頗具威脅的太空垃圾。
然而，據美國國家地理雜誌在線版刊發的文章稱，俄航天署所作之結論並沒有得到各方的贊同。美國國家航空航天局（NASA）拿出很多支持的論調，意圖佐證國際空間站的使用壽命很有可能將超過2020年，因為俄羅斯方面所謂2020年墜落的判斷並不符合現實情況。
據美國國家地理在線文章稱，空間站的墜落將逃不出地面控制的手掌心。單就美國掌握的技術水平而言，已經有能力在低地球軌道（高於地球表面數百公裏）上同時跟蹤8000個籃球大甚至更大的物體，其中多數是廢棄的火箭和人造衛星，包括500多個航天器殘骸。因而抓住壹個空間站，並不能構成挑戰。
歐空局和另外壹些參與國也斷然不會輕易放棄使用權，而是想方設法地繼續讓這個基站停留太空中。NASA發言人凱利·漢弗萊斯還暗示，其他多個國際空間站參與國家的負責人已經就空間站的使用問題達成壹致，各方正在努力確保其壽命能夠延長到2028年以後。
2014年1月，美國國家航空航天局獲得白宮支持，將國際空間站的使用期再延長4年到2024年。
首位英籍宇航員
歐洲航天局20日宣布，英國人蒂姆·皮克將於2015年作為首位英籍宇航員進入國際空間站執行任務。
冷卻失靈
2013年12月12日，國際空間站在發現閥門問題導致冷卻系統發生故障後，國際空間站於11日關閉許多功能。空間站中的6名宇航員安全無恙。
美國宇航局發言人喬希·拜爾利證實稱，空間站兩套冷卻系統中的壹套發生故障，宇航員沒有危險。為了減少溫度控制設備壓力，空間站中許多系統已被關閉，生命維持系統、電力系統以及科學實驗設備則與另壹套完好冷卻系統相連。
宇航員們在冷卻系統故障後努力恢復冷卻系統壓力，確保關鍵系統維持正常溫度。這主要取決於空間站處於陽光照射下還是地球陰影中。發生故障的冷卻回路系統產生太多氨水，達到預設溫度最高極限而被關閉。宇航員們懷疑冷卻泵中流量控制閥出現問題。
2013年5月，國際空間站曾發生冷卻劑泄漏問題，2名宇航員曾進行太空行走進行修復。發生故障時空間站上有3名美國宇航員、2名俄羅斯宇航員、1名日本宇航員，他們的駐留期到2014年3月結束。
病毒感染
北京時間2013年11月12日早間消息，俄羅斯著名安全專家尤金·卡巴斯基披露，壹名俄羅斯宇航員攜帶的優盤已經導致國際空間站感染病毒，除此之外，臭名昭著的“震網”病毒也已經感染了俄羅斯的壹座核電廠。
卡巴斯基並未披露國際空間站因為病毒感染所受到的具體影響，也沒有透露受感染的日期。但外界猜測，有可能是在聯合太空聯盟2013年5月對國際空間站進行維護時發生的。他們當時將整個系統都更換成了Linux，使之更加“穩定而可靠”。
在此之前，國際空間站上有“數十臺筆記本”使用的是Windows XP，該系統比Linux更容易感染惡意軟件。
卡巴斯基表示，感染事件最初發生在科學家們使用的Windows筆記本上，後來由優盤攜帶到國際空間站。但在2013年5月更換成Linux前，國際空間站的控制系統就已經采用了各種版本的Linux。
據科技網站ExtremeTech報道，早在2008年，俄羅斯宇航員就攜帶壹臺被W32.Gammima. AG蠕蟲感染的Windows XP筆記本前往國際空間站，並很快感染了空間站內的其他Windows XP筆記本電腦。
卡巴斯基表示，這壹事件表明，不接入互聯網也不能讓妳逃避被病毒感染的風險。在另外壹起事件中，壹家未接入互聯網的俄羅斯核電廠同樣被感染了臭名昭著的“震網”病毒。
雖然並未對主流用戶產生太大影響，但“震網”已經成為有史以來最臭名昭著的病毒之壹。雖然美國和以色列政府從未承認，但外界普遍認為，“震網”是這兩國政府聯手開發的，目的是破壞伊朗核設施，阻止該國開發核武器。
由於伊朗納坦茲核反應堆也沒有接入互聯網，所以該病毒同樣是通過優盤傳播的。它可以令離心機的旋轉失去控制，導致工廠出現物理損壞。
卡巴斯基表示，震網、高斯、火焰和紅色十月等病毒都極其復雜，開發成本高達1000萬美元。
據俄羅斯地面飛行控制中心表示，2014年5月13日載人飛船“聯盟TMA-11M”號返回艙在哈薩克斯坦預定地點附近著陸，乘坐它從國際空間站返回地球的有：俄羅斯宇航員米哈伊爾·秋林、日本宇宙航空研究開發機構（JAXA）宇航員若田光壹和美國宇航員裏克·馬斯特拉基奧。
下壹期考察組成員5月28日將抵達國際空間站，在此之前俄羅斯宇航員亞歷山大·斯科沃爾佐夫、奧列格·阿爾捷米耶夫和美國人史蒂文·斯旺森繼續留在空間站工作。
外殼附浮遊生物
據俄媒20日報道，俄羅斯科學家稱，他們在對取自國際空間站窗戶和墻壁的樣本進行分析時發現，國際空間站的外殼上竟然附著著海洋浮遊生物。不過科學家稱，目前尚不清楚這些浮遊生物如何進入太空的。
報道稱，國際空間站俄羅斯任務組負責人拉基米爾 索洛夫耶夫(Vladimir Solovyev)稱，近期的研究證明，壹些生物能夠在國際空間站的外殼上生存。
索洛夫耶夫還稱，壹些研究甚至認為，這些生物能夠在真空、低溫、輻射等惡劣的航天條件下生長。
索洛夫耶夫表示，這壹實驗得出的結果非常獨特，科學家們在國際空間站的表面上找到了浮遊生物的痕跡，這將成為進壹步研究的課題。不過他指出，目前尚不清相互這些浮遊生物是如何進入太空的。
科學家稱，實驗中發現的浮遊生物可以在海洋中找到，但在國際空間站宇航員和貨物的升空地點、位於哈薩克斯坦的拜科努爾發射場卻不常見。
氨氣泄漏事故
2015年1月14日，美國宇航局證實國際空間站上發生氨氣泄漏事故。目前空間站上的宇航員安全，正在擬定解決問題的計劃。
氨氣泄漏發生在國際空間站的美國部分，有毒物質從冷卻系統進入了空間站的空氣中。宇航員已經疏散到了俄羅斯區域，人員安全。受汙染的單元已經被封鎖，空氣汙染物的水平在可接受範圍之內，人員暫時沒有進壹步疏散到“聯盟號”上的必要。
俄羅斯任務控制中心的負責人稱，進壹步的措施需要由位於美國休斯敦的美方控制中心擬定計劃 。