《火影忍者》動漫中自來也死在第353話。
自來也在臨死前自己查出了佩恩六道及其本體的秘密，為了保證情報的安全，自來也將佩恩的情報用指刻封印寫在深作仙人的背上，托其帶回木葉村，自己獨自面對佩恩，最後自來也被佩恩五道殺死。自來也的死讓鳴人進壹步感受到了戰爭的殘酷，也更加堅定了要阻止戰爭的想法。
自來也兩次重傷
1、因偷窺女澡堂，被綱手打斷六根肋骨，雙手腕骨折，數處內臟破裂。
2、與鳴人修行途中，九尾封印被打開，鳴人出現四根尾巴而且喪失了意識，在盡量不傷害鳴人的前提下，自來也被尾獸化的鳴人打成重傷，但最後仍成功阻止了鳴人。（在火影忍者疾風傳特別版中可知，自來也保存著波風水門用四象封印封印九尾查克拉陽屬性的鑰匙，他用鑰匙將鳴人的四象封印的作用減弱，九尾查克拉外泄形成妖狐之衣攻擊自來也的事件）。