截至2014年12月，學校有4個省級科技創新團隊，24個省級以上重點實驗室及工程（技術）研究中心，建立了安徽省計算機中醫應用研究所、臨床醫學研究所、現代中藥研究中心、科研實驗中心、藥物研究所、中西醫結合研究所、新安醫學研究中心、中醫藥研究所、神經病學研究所等研究機構，此外該校還建立了安徽省中藥材科技產業戰略聯盟。
教育部重點實驗室：新安醫學教育部重點實驗室
安徽省重點實驗室：針灸基礎與技術安徽省重點實驗室、現代中藥安徽省重點實驗室、安徽省中藥研究與開發重點實驗室
安徽省工程技術研究中心：現代中藥安徽省工程技術研究中心
安徽省2011協同創新中心：安徽道地中藥品質提升協同創新中心
國家中醫藥管理局中醫藥科研實驗室（基地）：現代中醫內科應用基礎與開發研究實驗室、數字化影像技術實驗室、中藥藥劑實驗室、神經生物學（針灸）實驗室、免疫實驗室、細胞分子生物學（腦病）實驗室、慢性阻塞性肺疾病肺氣虛證重點研究室、國家中醫臨床研究基地 2009-2014年，學校***承擔各級各類項目1500余項，其中承擔國家“973”計劃、國家“863”計劃、國家科技支撐計劃、星火計劃重點項目、重大新藥創制專項、國家自然科學基金和社會科學基金等國家級項目136項，科研經費2億余元；取得研究成果300余項，獲得省部級以上科技獎勵27項（其中國家科技進步獎2項）。
在2015年度國家自然科學基金申請項目評審結果中，該校2015年度獲得立項資助項目23項，***批準直接經費947.9萬元（經費總額約1185萬元），超過了歷年的資助額度。 國家自然科學基金受資助項目序號負責人項目名稱項目類別1 張自品 基於介體型的Heme蛋白質中高氧化鐵的電化學和光譜電化學研究 青年科學基金項目 2 吳大強 魚腥草素鈉抑制銅綠假單胞菌Las菌群傳感調控系統的分子機制研究 青年科學基金項目 3 謝冬梅 基於競爭抑制原理的外來入侵蒼耳對中藥蒼耳子資源與化學品質的影響研究 青年科學基金項目 4 韓 嵐 基於血小板微顆粒信使作用研究桃紅四物湯對實驗性腦缺血血管新生調節機制 青年科學基金項目 5 艾文龍 肝豆片幹預Wilson病模型小鼠線粒體自噬的機制研究 青年科學基金項目 6 王婕瓊 基於單胺類神經遞質的COPD抑郁障礙與“肺主悲憂”理論的關聯機制研究 青年科學基金項目 7 縱瑞凱 基於FAK/Calpain為中心的信號轉導網絡調控血小板活化探討新風膠囊對AA大鼠作用機制 青年科學基金項目 8 蔡興慧 基於cAMP途徑探討針刺幹預海洛因復吸大鼠成癮記憶作用的分子機制研究 青年科學基金項目 9 何 璐 基於嗅覺通路探討艾煙對膝骨性關節炎大鼠鎮痛效應的分子機制 青年科學基金項目 10 彭華勝 基於“器官性狀-組織結構-化學成分”的關聯性揭示黃芪道地藥材“辨狀論質”的科學內涵 面上項目 11 胡容峰 定位釋藥膠囊型中藥滲透泵控釋制劑的構建及釋放與吸收相關性的研究 面上項目 12 陳光亮 基於TLR/MyD88/NF-kB受體信號通路和NALP3炎性體研究萆薢總皂苷治療痛風性關節炎的機制 面上項目 13 許 釩 基於腎病綜合征模型及AVP-NOS/NO-AQP2途徑研究當歸芍藥散活血利水作用機制及物質基礎 面上項目 14 汪長中 以pH通路為靶標研究白頭翁湯正丁醇提取物對白念珠菌VVC臨床株形態轉化及生物膜形成的抑制作用及機制 面上項目 15 黃金玲 基於Wnt信號通路調控胃癌細胞EMT的化痰通瘀解毒方抗胃癌侵襲轉移作用機制研究 面上項目 16 方朝暉 益氣活血法調控2型糖尿病大鼠內皮損傷狀態下血管新生的作用機制 面上項目 17 韓詠竹 基於LKB1-AMPK自噬調控通路的通腑養髓方對高銅誘導的多巴胺能神經元損傷的保護機制研究 面上項目 18 於慶生 健脾通裏中藥對胃切除大鼠腸黏膜上皮緊密連接的影響及其機制 面上項目 19 李偉莉 補腎安胎沖劑改善RSA小鼠母胎界面血管生成障礙的機制研究 面上項目 20 蔡 標 黃蒲通竅膠囊幹預Ca2+-CaMKIV信號通路抑制tau蛋白過度磷酸化在AD治療中的研究 面上項目 21 張慶萍 基於DTI探討白質超微結構改變在化瘀通絡灸幹預SIVD中的作用 面上項目 22 吳子建 HCN通道介導針刺心經保護急性心肌缺血致心律失常模型大鼠心室肌功能的相對特異性研究 面上項目 23 王 莖 艾灸調控mTOR信號通路抑制細胞自噬的心肌保護效應機制研究 面上項目 資料來源： 館藏資源 2010年6月，該校圖書館被國務院批準為“全國古籍重點保護單位”。
據2015年9月學校圖書館官網顯示，該校圖書館有中醫藥書庫、線裝書庫、樣本書庫、外文書庫、中文二線書庫等各類書庫和專業期刊閱覽室、過期報紙閱覽室等各類閱覽室、電子閱覽室、自修室等***計26個，此外，還建有安徽首家古籍修復室；館藏各類紙質文獻89.9萬冊（含教學院部5萬冊），訂閱中外文紙質期刊1521種，擁有《中國學術期刊全文數據庫》、中國優秀碩士、博士論文全文數據庫、萬方《數字化期刊數據庫》、萬方《中國學位論文數據庫》（博碩士論文），《中國生物醫學文獻數據庫》、《中國藥學文摘數據庫》、《中國中醫藥數據庫》、《銀符在線考試題庫》、《讀秀學術搜索》、《人大復印資料庫》、《萬方醫學視頻數據庫》、《ScienceDirect》、《Springer外文期刊全文數據庫》、《泉方外文期刊數據庫》等中外文數據庫27個，超星與中國數字圖書館、北大方正、書生之家、EBM等電子圖書***80.2萬余冊，並有部分網上免費資源，電子資源容量已達65.6T。已建立起系列服務器群，擁有了較完善的內部網絡信息服務平臺。 學術期刊 《安徽中醫藥大學學報》（原名《安徽中醫學院學報》）是由安徽省教育廳主管、安徽中醫藥大學主辦的綜合性中醫藥學術期刊，創刊於1981年12月。 該刊得到上級主管部門多次表彰和獎勵：1989年獲全省高校自然科學學報三等獎；1990年獲全國高等醫藥院校學報二等獎；1995年獲全國高校優秀自然科學學報三等獎，全省高校優秀自然科學學報二等獎，全省優秀科技期刊三等獎；1998年獲全省優秀科技期刊二等獎；1999年獲全國優秀高校自然科學學報三等獎，全省高校優秀學報壹等獎；2002年獲安徽省優秀科技期刊三等獎；2004年獲中國高等學校自然科學學報二等獎和安徽省高等學校自然科學學報二等獎；2005年獲安徽省優秀科技期刊二等獎；2008年獲第二屆中國高校優秀科技期刊獎；2009年獲全國高校科技期刊優秀編輯質量獎和安徽省高校優秀學報二等獎；2011年該刊編輯部獲“中國高校科技期刊優秀團隊”稱號；2012年獲第四屆中國高校優秀科技期刊獎；2013年獲第二屆中國高校優秀科技期刊網站獎及安徽省優秀科技期刊獎。另外，該刊編輯人員曾多次受到國家教育部、衛生部、新聞出版總署，省科技廳、教育廳的表彰和獎勵。 並連續被中國科學技術信息研究所列為《中國科技核心期刊（中國科技論文統計源期刊）》，並被《中國學術期刊綜合評價數據庫（CAJCED）》《中國期刊全文數據庫（CJFD）》《中國核心期刊（遴選）數據庫》《中國生物醫學文獻服務系統（SinoMed）》及美國《化學文摘》等數據庫收錄。