DNF毀滅紀的原因是：
控制愛麗絲失敗的赫爾德教唆第壹使徒卡恩毀滅了阿拉德大陸，隨之轉移了魔界的各種魔物。冒險家們開始阿拉德的災後重建，並驅趕掉入侵阿拉德的魔界生物。
原先跟冒險家敵對的GBL教和暗黑城暗精靈，超能力者莫納亨(綠都)都冰釋前嫌跟冒險家聯手保衛阿拉德。這些盟友為失去家園的冒險家們提供棲息之 所。
另壹方面，天界戰爭中逃逸的吉賽爾博士又在蠢蠢欲動，黑鱗海賊團也想趁火打劫。天界的男女槍手要鏟除這些天界的潛在禍害。
斯曼工業基地上，現在策劃壹場行動把安徒恩的最大能量來源的索羅特發電廠全部破壞掉。切斷安徒恩的能量供給。
素楠這裏時空之門也出了問題，有種不明原因阿拉德以前的歷史事件受到幹擾，時空正在扭曲。玩家需要回到過去阻止幹擾事件。查明幕後黑手並維護好時光的秩序。