29——30話
愛麗絲學園，班長得到了優等生獎返家壹星期。
在這段時期，社會上出現了離奇的愛麗絲能力消失事件，原因不明，學園中人心惶惶。
蜜柑回到特力系，見到壹個陌生的學長，此人正是特力系的代表殿內明良，擁有增幅的愛麗絲。
壹個星期的假期結束，載班長回來的汽車在路上差點撞倒壹個女人，班長親切地將女人扶起。
班長帶了很多禮物，小瑩的企鵝出場，卷發讓班長使出愛麗絲嚇嚇幾個惡作劇的學生，發現班長的愛麗絲也消失了。經過調查，犯人是回程碰到的那個女人，那個女人擁有盜竊的愛麗絲，並與Z組織有關，聽到“Z組織”三個字，蜜柑瞬間想起抓走棗的那壹夥人，蜜柑詢問棗是不是知道什麽，棗不理她，蜜柑生氣。
流架在壹旁看出端倪，隱約感到棗對蜜柑的感情。而另壹方面，學園突然通知全校學生說Z組織的入侵者侵入學園了……
31——32話
小瑩駕著自己的天鵝飛車載著蜜柑趕到出事地點。入侵者是壹男壹女，女人在聽到小瑩喊蜜柑的名字時楞了……
正在這時，學園的保衛出現，小瑩為救蜜柑中彈昏迷。
打中小瑩的子彈含有致命病毒，短時間內找不到解毒方法，小瑩陷入危險。蜜柑在看到小瑩痛苦的樣子後十分自責。
殿帶蜜柑回到特力系，大家討論為什麽Z組織的成員可以潛入學園，殿說出隱藏在高中部的壹個傳說，傳說高等部曾經有壹名學生擁有扭曲空間的愛麗絲，穿越那個扭曲時空而產生的洞就可以不受結界影響地隨意進出學園，而洞穴就隱藏在高等部的某處……
33——34話
危險能力系開會，棗借故中途離開，偶然聽到老師們說小瑩的事情校長不會對蜜柑善罷甘休……
棗壹個人探望小瑩，借助讀心護士的愛麗絲，棗聽到了小瑩對他說的話，“棗，妳為什麽在這裏，妳現在該去的地方，不是蜜柑他們身邊嗎？”棗聽後動容。
在聽到殿關於洞穴的傳說後，蜜柑說出希望沿著洞穴出去追蹤Z組織為小瑩找尋特效藥的想法。流架和棗也願意幫忙，殿答應幫他們潛入高等部，企鵝從小瑩的包包中拿出格列弗糖果分給眾人……
格列弗糖果是壹種很奇特的糖果，服用者會隨著包裝上面的數字增加或減少幾歲。四人終於來到了高等部，新聞部部長說出他所知道的有關洞穴的消息，洞穴的確存在，而且在洞穴的疑是地點常常可以看到兩個幽靈的身影，其中壹人的樣貌和學園總代表櫻野很像。
35——36話
大家覺得傳說中的洞穴十有八九和櫻野總代表有關系，打定主意後壹行人悄悄潛入學生會室。
櫻野答應幫助他們，條件是有關於洞穴的事要嚴守秘密，四人終於借由洞穴得知了入侵者的行蹤，臨行前殿將自己的愛麗絲石交給蜜柑。
B班教室內，鳴海在得知四人的秘密行蹤後氣極……
四人從洞穴掉出後來到壹個森林，流架從動物們口中得知Z組織的壹行人的確來到這裏，四人沿途追去。
蜜柑打開備用食品包，發現小瑩的企鵝偷偷藏在包裏。
梅度莎石化愛麗絲的能力轉移到樹木上，這些擁有石化能力的樹木突然向四人發起攻擊，四人快速逃離，眼看流架將被石化，蜜柑激動地撲到流架的身上……
第37話
情急之中蜜柑引發了無效化愛麗絲，壹行人脫險。
蜜柑詫異於自己力量的增強，翼告訴蜜柑，是因為她身上所帶的殿的愛麗絲石的緣故。
晚上四人休息，湖邊，流架借著月光與蜜柑聊天，並說出自己有能力制造愛麗絲石的那壹天會將愛麗絲石送給蜜柑。原來愛麗絲學園有壹種說法，互相交換愛麗絲石的人會變成壹對情侶，蜜柑不知其中緣故，告訴流架她會很高興地收下流架的愛麗絲石，並承諾也會將自己的送給他，流架感動。
流架離開，壹旁的樹叢中，棗的身影顯露出來…
第38話
原來棗壹直隱藏在樹叢中，他聽到了流架和蜜柑的對話…
蜜柑想起有關愛麗絲結晶石的回憶，心中揣測也許最需要自己愛麗絲的人是棗，於是說出要將自己的愛麗絲石送給棗，棗吃驚…
入夜，蜜柑和流架都睡了，突然，棗在壹陣狂咳中醒來，並咳出了血，翼看到後大驚…
39——40話
翼驚訝地看著棗，棗警告他不準將自己的身體情況告訴別人。
四人終於找到了Z組織壹行人的行蹤，而他們也被Z組織的負責人發現…
潛入學園救同夥並偷走班長愛麗絲的女人終於露出了真面目，她叫安積柚香，擁有盜竊的愛麗絲，在看到蜜柑等人出現在屏幕上後，她吃驚地盯著蜜柑的臉…
四人終於找來到Z組織分部的入口，蜜柑不幸掉入蟻獅穴…
蜜柑被捉，柚香提出要親自調查蜜柑的愛麗絲…
棗、翼和流架繼續前行，三人來到大廳，面對著正等著他們的敵人…
柚香走在通往蟻獅穴的路上，回憶起塵封在心中多年的記憶…
41——43話
柚香認出蜜柑是自己10年前交給別人撫養的女兒，蜜柑的父親曾是特力系的導師，也是10年前學園大騷動的組織者。
柚香來到監牢，得知他們來到這裏的真正目的後將特效藥巧妙地給了蜜柑。蜜柑逃出與棗匯合，流架、翼及棗均受傷，四人成功從石化愛麗絲的魔掌中逃了出來，最後關頭企鵝為尋特效藥犧牲，四人返回…
44——45話
鳴海料定柚香看到蜜柑後壹定會到老師的墳前。
兩人重逢，並從柚香手中要回了被偷的學生的愛麗絲石，柚香問鳴海為什麽繼續留在學園，是否因為10年前的約定，鳴海沒有正面回答……
班長和小瑩都恢復了，大家壹起去接小瑩，小瑩與蜜柑開心地擁抱在壹起。
另壹方面，初等部校長對棗的行動以及鳴海的行為有了關註，意欲懲罰他們…
46——50話
聖誕節前，大家為棗補過了生日。聖誕晚會的籌備過程中，蜜柑認識了危險能力系的公主，擁有冰之愛麗絲的中等部學生野薔薇，兩人成為好友。
聖誕晚會中，為了讓想與bear 玩耍的小陽開心，蜜柑代替bear打掃會場。小陽感激地親了蜜柑的左臉，流架為蜜柑的善良打動，情不自禁地吻了蜜柑的右臉，並告訴蜜柑這是屬於兩人的秘密。
另壹方面，persona對鳴海的右手使用了他的愛麗絲，並傳達了校長的話（背叛者的下場，必會走上毀滅壹途。）
化妝舞會開始，蜜柑與流架相處尷尬，棗看出端倪，流架將棗與蜜柑推到壹起跳舞，蜜柑跌倒在棗的身上，兩人的唇碰到了壹起。
傳說在跳舞中，面具掉落會失去最重要的東西。舞會繼續，壹個看似與蜜柑年齡相仿的男孩邀蜜柑***舞，跳舞中蜜柑的面具掉落，男孩告訴蜜柑要小心不要失去重要的東西，蜜柑聽後情緒低落。
郁悶的蜜柑壹個人爬到了聖誕樹上與棗相遇，蜜柑激動之余向棗傾訴，棗以他的方式鼓勵蜜柑，並追問她與流架之間是否有事情並吻了蜜柑。
51——52話
在大掃除的日子裏蜜柑精神恍惚，流架和棗也產生芥蒂。神野將三人安排到壹起。停電了，黑暗中的蜜柑十分害怕，體貼的棗和流架坐在她的兩邊，悄無聲息地每人握住她的壹只手。在看到彼此的舉動後，兩人誤會消除。
心系蜜柑的野薔薇冒著大雪來到初等部，野薔薇告訴棗舞會那天她認出摘掉面具的人正是初等部的校長，提醒棗小心，另壹方面，鳴海老師手上的傷惡化…
53——56話
新年伊始，蜜柑過了壹個難忘的生日。小瑩得到了中等部校長的年會——花園會邀請函，中等部校長的身份是個謎，傳說她有壹個特殊的癖好，見到喜歡的女生就會禁錮起來，聽到這個消息後棗變色…
在翼的惡作劇下，流架抱著小陽和小瑩的身體粘在壹起，蜜柑也和棗粘在壹起。這時從蜜柑的紅包中掉出花園會的抽選球，原來蜜柑被選中將與小瑩壹同前往花園會。
身體粘在壹起的同學紛紛恢復原狀，可小瑩三人卻沒有分開。原本蜜柑和棗也分開了，但棗依舊抓住蜜柑的手威脅她說兩人粘在壹起，蜜柑吃驚！
鳴海詢問中等部校長是否還可以參加花園會的新年聚會，中等部校長同意，打扮好的壹行人來到花姬殿，野薔薇看到棗後立刻提醒蜜柑快帶棗離開。
57——58話
能夠參加花園會的女生被稱為花姬，小瑩、流架和棗均受到花姬們的熱情歡迎，但是其中兩名花姬不滿蜜柑和小陽來參加豪華高雅的花園會對蜜柑十分苛刻。首席花姬，技術系的總代表山之內靜音意欲加以提醒，卻被壹直冷眼旁觀的中等部校長攔住。
獨自的蜜柑十分寂寞，棗以他的方式安慰她。並趁中等部校長不在之際悄悄潛入了花姬殿的地下室…
蜜柑和小陽被兩名花姬騙到偏殿，小陽吃了前壹晚在小瑩處偷拿的格列佛糖果變成13歲模樣，眾人趕到，看到變大的小陽踹破門後大吃壹驚。
山之內靜音懲罰了兩名花姬並告訴四人這次抽選球以及讓棗來參加別有目的，並說出可能於persona有關，擔心棗安危的四人也追了上去…
59——61話
花姬殿地下，棗面前出現了同為危險能力系的懲罰部隊，詛咒愛麗絲的瑠依、能夠操縱空氣的颯以及蟲愛麗絲的八雲，奉persona的命令懲罰棗，原來棗有壹個妹妹，叫葵，壹直以來葵被初等部校長當作人質以此要挾棗，棗懷疑小葵就被關在花姬殿中，因此來參加花園會意圖尋找小葵，不想這正是persona的計策，persona壹早就知道棗的目的打算將他永遠囚禁在花姬殿中。
persona派颯去對付四人，棗壹邊擔心壹邊對戰。
颯在看到小瑩的容貌後對其壹見鐘情。瑠依趕到，眼看四人面臨大危機，關鍵時刻，翼出現並用影子愛麗絲救了眾人。
原來野薔薇在看到棗進入花園會後去找翼要他去幫助蜜柑。而翼臉上的詛咒標記正是當初瑠依的傑作，瑠依向眾人說出棗將受到永遠禁錮的懲罰，為了救棗，蜜柑、小瑩和流架先行離開。
三人繼續前行，流架向蜜柑和小瑩講述了他和棗的相遇以及為什麽會來到愛麗絲學園的經過。
62——66話
得知學園將小葵禁錮並以此要挾棗進入危險能力系工作的經過後，蜜柑和小瑩憤怒不已，誓要將棗救出，三人分頭尋找，蜜柑無意中見到小葵。小葵失去記憶，雙目失明，蜜柑將小葵帶出與棗匯合。
棗正與野薔薇對戰，原來野薔薇擁有雙重人格，平時溫柔的她只是性格的壹面，還有壹面就是戰鬥性格，在persona 的暗示下，她會變成沒有任何感情的玩偶。看到野薔薇冰冷模樣的蜜柑嚇了壹跳，恢復原樣的野薔薇丟下任務逃走，persona現身。
67——68話
現身後的persona 用自己的愛麗絲懲罰眾人，關鍵時刻小葵恢復記憶， 蜜柑使出自己的無效化不敵身受重傷。
小葵出面勸說persona，persona不聽勸告要將小葵也打倒，蜜柑再次使出無效化愛麗絲振碎了persona的耳環，這個耳環是蜜柑的父親送給persona的，persona臉上恢復了醜陋的面容。擊敗了瑠依和颯的翼和小陽趕到，在看到身受重傷的蜜柑後焦急地帶著眾人逃離。
69——70話
殿將眾人帶往高等部櫻野和小瑩哥哥的學生會室請求兩人幫忙。
第二天，初等部校長召集所有初等部教師下達追查蜜柑壹行人的命令，櫻野和小瑩哥哥將壹行人藏匿起來，大家決定將事件公開以獲得學生們的同情對學園施壓。小葵已經沒有愛麗絲，學園規定，沒有愛麗絲的學生是不能留在學園內的。此事壹出，引起了全校學生的熱烈反應，學生們聚集起來要求學園解釋，學園方面只得公開說明替小葵治療眼睛後就將其送回家裏，也保留了壹行人的處罰，事件逐漸平息。
小陽也被送進了醫院，原來在糖果的副作用下使他變成了可以隨意變大變小的體質。
71——76話
學園的生活恢復平靜，棗向流架說出自己決心保護蜜柑，流架也說出了自己喜歡蜜柑，並回憶起棗在見到蜜柑前過的痛苦日子，更加意識到是蜜柑讓棗看到了希望和光亮。
在全班試做愛麗絲石的課上，蜜柑制作出了自己第壹個愛麗絲石，並將它送給了棗。第二天清晨，蜜柑在自己的窗前發現了壹顆紅色的愛麗絲石，激動地左看右看。
情人節到了，女生們情緒激昂，男生則個個表情痛苦，蜜柑也將自己做的巧克力送給大家。
77——78話
自從放假以來，棗常常不在學園。新學生會長就任，是體制系的總代表五島聖，他公布了學園的新通知，學園決意成立風紀隊，對學生們日常言行加以嚴管，這都是初等部校長的意思。
流架找到了連日來壹直不見蹤影的棗，原來棗又回到了危險能力系，棗向初等部校長提出，自己願意繼續為他工作，但條件是不要懲罰蜜柑。
不知這壹切變化的蜜柑回到了特裏系的教室，他告訴殿，自己的班裏來了三個教育實習生，是櫻野、小瑩哥哥，以及三之內靜音，這使得殿非常驚訝，原來初等部校長找到殿，要他監視櫻野和小瑩哥哥，而蜜柑的班上也要轉來新的學生。
轉學生叫小泉月，十分柔弱，小泉告訴大家她是只要使用愛麗絲就會縮短壽命的類型博得大家的同情。
79——80話
鳴海提出讓小泉代替蜜柑成為棗的搭檔。蜜柑和大家壹起迎接體育祭，準備過程中突然出現騷動，小泉趁亂將蜜柑帶走並威脅她。
小泉誣陷蜜柑是騷動的禍首，蜜柑沈默，被風紀隊帶走，小瑩不顧鳴海的阻止去追蜜柑，流架和棗見狀也追了出去。
另壹個風紀隊員趕到將蜜柑帶走，無人處，隊員露出真實面目並提醒蜜柑小心，蜜柑驚訝地發現他正是現任學生會會長五島聖。
81——83話
五島告訴蜜柑，自己是奉命救她的，蜜柑困惑。其實對五島下命令保護蜜柑的是高等部校長。另壹方面，小瑩三人被半路碰到的翼攔住。原來翼已經秘密地轉入危險能力系，他和棗壹起為初等部校長的新任務行動。翼著力隱瞞是不想讓蜜柑覺得愧疚。他們在學園外搜查柚香的蹤跡，大家都知道柚香就是蜜柑的母親，只有蜜柑自己不知道。
84——86話
體育祭開始，中午休息時間，棗看到蜜柑和流架壹起吃便當心裏很難過，為了躲避，棗隨意拿起地上的面具遮住臉，卻不曾想被誤會成借物賽跑的跑者被抓去比賽。
在借物賽跑中棗再壹次表明心跡，看到天空中“喜歡的人”四個字，蜜柑呆呆地回味著棗的背影……
87——88話
最後的比賽騎馬打仗開始，大家突然都對蜜柑沖過來，情急之下蜜柑爆發愛麗絲使得大家恢復，這壹舉動立刻引起初等部校長的註意。
另壹方面柚香獲息，初等部校長為了引她利用蜜柑，柚香擔憂。柚香看到小泉的照片認出小泉就是當初與自己同班的吸魂愛麗絲，小泉不僅可以吸取對方少許的魂加以控制，還可以吸魂過量而導致對方死亡。
89——90話
班上的同學們知道了壹直以來是小泉在操縱大家誣陷蜜柑，紛紛同蜜柑握手言和。棗在班裏成了孤立狀態。
鳴海的傷越來越重，岬老師質問鳴海, 鳴海說出初等部校長給他的任務，讓蜜柑利用盜竊愛麗絲幫他取出身上的毒來證明蜜柑擁有盜竊愛麗絲。鳴海猜想當年柚香壹定是從初等部校長身上偷走了什麽東西，才使得校長這麽對年來壹直追查她，他怕校長會對利用玩後的柚香和蜜柑不利。
而蜜柑自己也察覺到自己身上潛伏著第二種愛麗絲……
在體育祭之後出現了壹些專找風紀隊麻煩的學生，在使用“隨機交換靈魂香薰”作弄風紀隊時，香薰飄進了B班教室，使得當時在場的大家靈魂均互換……
外表是蜜柑的小瑩碰到了小泉，小泉以為她是蜜柑，告訴她擁有盜竊愛麗絲的代價是身邊的壹個重要的人將要消失，這個人就是小瑩！
91——93話
大家陸續恢復，班長在棗的體內察覺棗的身體狀況，將自己的憂慮告訴蜜柑。
bear的靈魂沒有恢復，蜜柑碰到棗，迷糊地認為他體內就是bear的靈魂後將其銬住，並將自己對棗的擔憂告知，得知蜜柑擔心自己棗握住了蜜柑的手，蜜柑察覺，棗告訴蜜柑自己不會離開，蜜柑安心……
鳴海痛苦地從樹叢中現身，蜜柑吃驚，蜜柑將鳴海手上的傷治好，鳴海恢復，抱住蜜柑心五味陳雜……
蜜柑為鳴海治療的情景被bear 看到，盜竊愛麗絲曝光，在初等部校長的推波助瀾下，中等部的學生發起追趕蜜柑的行為，bear救了蜜柑，兩人成為好友!
94話——
初、中等部***同開設的遊泳課上，蜜柑看到獨自坐在壹旁的棗很擔心。
下課後，小瑩哥哥將不會遊泳的小瑩留下，其實小瑩會遊泳，只是在自己的腿上貼了旱鴨子貼布，小瑩坦言，就如同她知道哥哥有秘密壹樣，她也有秘密，也說出她其實知道哥哥的改變壹定有理由，小瑩哥哥問小瑩究竟發生了什麽事情，小瑩沒有回答，看著小瑩的背影，小瑩哥哥陷入沈思。
天空下著雨，看到蜜柑拿著雨傘依舊在等她，小瑩欣慰地笑了……
95——96話
蜜柑做了壹個預知的夢，夢裏小瑩被初等部的校長叫去，翼在執行任務的時候失蹤，柚香也悄悄潛入了學園……
沒想到第二天，她夢中的情景都變成了現實，這才知道翼轉到了危險能力系！
晚上，蜜柑回到自己的房間壹個人痛哭起來，棗從窗戶處出現，他告訴蜜柑感覺到她在哭泣來探望她，月光下，兩人擁抱在壹起，棗告訴蜜柑，自己壹定會將翼找回來！
偷潛入學園的柚香告訴高等部校長，為了不讓蜜柑走上和自己相同的路，自己要帶蜜柑走。
蜜柑被初等部校長陷害被風紀隊抓住，初等部校長告訴蜜柑，她將成為危險能力系的新成員。
鳴海得知後趕忙趕去，蜜柑當眾將小泉的愛麗絲以愛麗絲石的形式偷了出來，校長笑著說她這次是逃不掉了！
就在蜜柑陷入重重圍困時，壹直在身邊偽裝身份的棗現身了……
97——98話
關鍵時刻，野薔薇用冰困住了初等部校長壹行人，棗拉著蜜柑逃跑，大家都出來幫忙。
鳴海讓棗帶著蜜柑跑到花姬殿地下室，並告訴蜜柑他要帶她逃出學園。
棗緊握蜜柑的手，背對著問她是否會跟鳴海到外面去。棗告訴蜜柑，自己拖著她的手帶她來，不會把他握著的手交給別人。蜜柑眼泛淚光。
山之內靜音出現，並將他們帶到中等部校長的面前。中等部校長告訴他們她不會通知初等部校長，並說出初等部校長先前已決定把小瑩以特別研修生的身份派往外國研究所，要她無限期留在那兒，流架也已失蹤，蜜柑和棗聽後擔心不已。
神野幫助鳴海脫困並將他帶到高等部校長室。而另壹邊，颯從風紀隊員中救出小瑩，背著昏迷的小瑩也逃向花姬殿。
99——100話
山之內靜音出現，將小瑩和颯也帶到中等部校長的面前，蜜柑和小瑩匯合。
中等部校長察覺到蜜柑身上所帶的櫻野所送的愛麗絲石正在發光，告訴她這正是櫻野在召喚她，只要她願意，可以直接借用愛麗絲石的力量到達櫻野的面前。蜜柑照辦，帶著棗和小瑩壹起瞬間轉移，而櫻野所在的地方，正是高等部校長的辦公室。在那裏，高等部校長，櫻野，昂，鳴海老師，神野老師都在那裏等著他們。
野田老師帶著流架趕到，四人團聚。高等部校長告訴蜜柑，他其實是蜜柑的伯父，希望她能跟著親生母親柚香壹起逃出學園，蜜柑不允。
大家告訴蜜柑，初等部校長想得到她的偷竊愛麗絲，這是比什麽都嚴重的事情。棗對他們的建議提出質疑，他要他們解釋這壹切，而且要親自判斷蜜柑交給柚香是否合適。於是，高等部校長讓野田用愛麗絲帶四人回到過去