iPhone SE 配備了很多 iPhone 6s 和 6 中的零件，與 iPhone 5s 相比，最大的區別之壹就是 iPhone SE 搭載了 2GB 運行內存，而 iPhone 5s 只有 1GB。
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iPhone SE的處理器主頻和內存容量方面，該機的內存容量確實2GB。該機所配的A9處理器主頻為1.85GHz,和iPhone 6s的A9處理器主頻壹樣，並沒有就此性能有所縮水，而內存容量則為1.96GB，與安兔兔公布的2GB內存基本吻合。