最方便的方法是用U盤啟動 Windows PE 並格式化C盤後，將系統鏡像解壓，並使用 Win$Man 軟件來安裝。Win$Man會自動拷貝文件並設置啟動項，重啟後直接從硬盤啟動，選擇"Windows Server 2003 系統安裝"的啟動項即可。
需要註意的是，如果在 Windows PE 下直接使用安裝光盤中的 setup.exe 來執行安裝，則可能自動將系統安裝在當前作為啟動的硬盤的活動分區。例如使用U盤啟動PE時，可能會將系統默認安裝在U盤上（囧~）。此問題可以嘗試通過更改安裝過程中的"高級設置"中的選擇分區來解決，如果在硬盤上安裝了Windows PE，可以忽略此問題。利用虛擬光驅安裝的童鞋，也需要在“高級設置”中選擇“復制安裝源”，否則在重啟後會找不到安裝源。
版本是 Windows Server 2003 R2 Standard with SP2簡體中文32位版本，官方鏡像有兩張CD，使用CD1安裝之後是Windows Server 2003 SP2，CD2將系統升級到Windows Server 2003 R2 SP2。
需要註意的是，安裝完畢後還應安裝WindowsServer2003-KB958644補丁，否則以後配置好網絡以後，Server服務和Workstation服務運行壹段時間以後會自動停止，這是微軟早期操作系統的壹個著名的漏洞。該文件可在微軟下載中心下載，也可以從百度網盤下載適用於簡體中文32位操作系統的WindowsServer2003-KB958644-x86-CHS.exe文件。
關於“i8042prt無法加載”的錯誤
安裝完畢後首次啟動系統，會提示“i8042prt無法加載”，在事件管理器中查看到的詳細信：
下列引導或系統啟動驅動程序無法加載:i8042prt，問題大度是由於i8042prt 控制ps2的鍵盤和鼠標，如果使用USB鍵盤和鼠標安裝系統， 就可能出現此錯誤。Windwos Server 2003系統的發布年限較早，未兼容壹些驅動，裝了Intel的芯片組驅動就好了。