首先從醫院工作效率、消耗、醫療質量和經營狀況等方面經專家咨詢選出代表指標。效率指標包括：平均住院日，床位使用率，病床周轉率，每醫生年門診人次，人均業務工作量等；消耗指標包括：平均每門診人次費用，平均每住院病人費用，藥費占醫療收入的比例，萬元醫療收入衛生材料支出等；質量指標包括：院內感染發生率，術後感染率，入院三日確診率，出入院診斷符合率，危重病人搶救成功率，基礎護理合格率，治愈率，醫生占衛技人員比例，醫護比等；醫院經營狀況指標包括：人均業務收入，人均人員經費，人員經費占業務支出比，業務支出與業務收入比，資產負債率，藥品周轉天數等。
醫院的整體績效的提高與醫院對人力資源的重視程度關系密切，而且本身也承擔著教育和預防任務，所以指標同時包括預防、教育和科研項目。由於群體的預防任務主要有社區承擔，醫院著重於院內預防。
從醫院的業務水平、經營狀況和以病人為中心三個方面，根據調查醫院的數據，給予意義重大或三年內有明顯變化的指標較高的權重，進行計算。
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