BW01.前往合眾地方!捷克羅姆的身影!!X/S/Z/R（修帝、艾莉絲、紅豆杉博士、阪木老大登場，修帝得到藤藤蛇，修帝與小智第壹次對戰，小智落敗） BW02.艾莉絲與牙牙!!X/S/Z/R（火箭隊原有神奇寶貝寄放在本部，艾莉絲同行，武藏收服滾滾蝙蝠，小智收服豆豆鴿） BW03.水水獺!黑眼鱷!危在旦夕!!S（小智得到水水獺） BW04.對戰俱樂部!神秘神奇寶貝現身!!R/D（東·喬治登場，小智得到暖暖豬） BW05.三曜道館!VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!!R（天桐登場） BW06.夢的遺址!食夢夢與夢夢蝕!!R/F（小智得到挑戰徽章，真菇博士博士登場，艾莉絲與天桐加入） 壹般系道館（7~16） BW07.藤藤蛇·迷人收服!?R（小智收服到藤藤蛇） BW08.火紅不倒翁與達摩狒狒!鐘塔的秘密!! BW09.蜈蚣王發飆!拯救牙牙!!R BW10.勁敵對戰!強敵輕飄飄!!X/R/D（富林多登場，修帝與小智第二次對戰，小智落敗） BW11.石居蟹!去奪回自己的房子吧!!R（天桐得到石居蟹） BW12.破破袋戰隊與秘密基地!?（小智得到神奇寶貝蛋） BW13.泡沫栗鼠有潔癖!?S/B（白露登場，白露收服泡沫栗鼠） BW14.七寶市!博物館大冒險!!R BW15.七寶道館賽!VS道館訓練家·蘆薈!!D BW16.再次挑戰七寶道館!新絕招爆發!!D（小智得到基礎徽章，暖暖豬學會火焰襲擊，水水獺學會噴射水柱） 蟲系道館（17~25） BW17.從蛋中孵出的小霸王!!R（小智的蛋孵化成滑頭小子，塞格博士登場） BW18.矢車森林!蟲寶包與亞堤!!（小智收服蟲寶包，並將豆豆鴿寄放在紅豆杉博士處) BW19.酒侍對決!石居蟹VS雙刃丸!!C（赤霞珠登場） BW20.皮卡丘VS黑眼鱷VS鴨寶寶!!（皮卡丘學會電球） BW21.天之箭橋與歌德小姐!S（豆豆鴿歸隊，並將蟲寶包寄放在紅豆杉博士處） BW22.飛雲市!結段蜈蚣恐慌!X/S/R（豆豆鴿進化成波波鴿） BW23.火箭隊VS等離子隊!（前篇）S/R/P/H（延期）（等離子隊登場） BW24.火箭隊VS等離子隊!（後篇）S/R/P/H（延期）（根據BW25，火箭隊的任務已結束，小智的蟲寶包歸隊，並將波波鴿寄放在紅豆杉博士處） BW25.飛雲道館賽!純情之心的蟲系神奇寶貝對戰!!（小智得到甲蟲徽章，蟲寶包進化成包衣繭並學會能源球；小次郎得到哭哭面具） 電氣系道館（26~?） BW26.飛雲市釣魚大會!釣魚酒侍天桐登場!!B BW27.可愛的臉要註意!被電飛鼠麻痹了!!B（艾莉絲得到電飛鼠） BW28.電飛鼠VS藤藤蛇!!閃電交替大混亂!!B（白露離隊） BW29.燭火鬼大宅的恐怖故事!!R BW30.通往龍系大師之道!牙牙VS赤惡龍!!（牙牙掌握龍之怒） BW31.消失的扇貝貝!水水獺最大的危機!! BW32.戀愛的棉花寶乘著風吧!!（小智的波波鴿歸隊，並將包衣繭寄放在紅豆杉博士處） BW33.利格雷與不明飛行物體!! BW34.勁敵對戰!雪花冰、木棒小子參戰!!X/N（赤楠在修帝回憶中登場，修帝與小智第三次對戰，平手） BW35.震音蟾蜍、瑪奇魚!水邊的戰鬥!!X（小智的包衣繭歸隊，水水獺掌握噴射水柱，小智收服震音蟾蜍並將其與波波鴿壹同寄放在紅豆杉博士處，天桐收服瑪奇魚） BW36.龍系克星登場!艾莉絲與龍頭地鼠!!（龍頭地鼠再次服從與信任艾莉絲並學會集氣彈） BW37.滾地球!發射光澤電炮!!（小智收服滾地球，並將某壹只神奇寶貝寄放在紅豆杉博士處）
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