（二）在當時的中央人民政府組織系統中，政務院直接受中央人民政府主席的領導。這又同後來的國務院明顯不同。當時，中央人民政府對於下屬各機構經常性的領導，是集中由中央人民政府主席進行。周恩來對此明確指出：“根據我們民主集中制的組織系統，在人民代表大會閉幕期間的最高權力機關，是中央人民政府委員會，它是經民主方式產生的，而對工作的經常領導，又是集中在由民主方式產生出來的主席身上。”因此，這個時期國家最高行政領導人是中央人民政府主席，而不是政務院總理。1954年9月15日召開全國人民代表大會後，國家最高行政領導人改由國務院總理擔任。
（三）政務院的人員組成也與國務院不同。國務院由總理、副總理、各部部長、各委員會主任、秘書長組成。而政務院則由總理、副總理、秘書長、政務委員組成。因政務院下屬各部部長、各委員會主任並不都是政務委員，故並非都可成為政務院的組成人員。中央人民政府各下屬機構中，政務院的組建完成最早。1949年10月1日召開中央人民政府委員會第壹次會議，毛澤東任命周恩來為政務院總理兼外交部長。19日，中央人民政府委員會召開第3次會議，又任命董必武、陳雲、郭沫若、黃炎培為政務院副總理；任命譚平山等人為政務委員，任命李維漢為政務院秘書長。21日，周恩來宣布由以上21人組成的政務院正式成立。這時期的政務院，除以上人員組成外，其常設工作機構：下設秘書廳、人事局、預算室，由秘書長領導。在所屬政府機構中，有4個委員會和30個部、會、院、署、行等行政部門。
4個委員會是：
（1）財政經濟委員會，簡稱“中財委”；
（2）政治法律委員會，簡稱“政法委”；
（3）文化教育委員會，簡稱“文教委”；
（4）人民監察委員會，簡稱“監察委”。
其中，中財委、政法委、文教委為指導委員會，在政務院中列為壹級。各委員會主任分別由政務院副總理擔任。通過這三個指導委員會，政務院總理得對下屬30個政府行政部門進行領導。
三個委員會具體分工為：
（壹）政法委指導5個部門：內務部、公安部、司法部、法制委員會和民族事務委員會，並受毛澤東主席和周恩來總理的委托，實際指導與聯系最高人民法院、最高人民檢察署和人民監察委員會；
（二）中財委指導16個部門：財政部、貿易部、重工業部、燃料工業部、紡織工業部、食品工業部、輕工業部、鐵道部、郵電部、交通部、農業部、林墾部、水利部、勞動部、人民銀行和海關總署；
（三）文教委指導6個部門：文化部、教育部、衛生部、科學院、新聞總署和出版總署；另外，外交部、華僑事務委員會和情報總署，直屬政務院，由總理直接領導。
指導委員會與政府各部門的關系名為“指導”，實際上卻有領導之權。《中央人民政府組織法》雖稱，各指導委員會對所屬各部門“負有指導責任”，但同時又規定：“委員會得對其所屬各部、會、署、行和下級機關，頒發決議和命令，並審查其執行。”
董必武當時在解釋政府機構時明確指出：“各部的工作是受雙層領導，壹方面受政務院的領導，另壹方面又受其所隸屬的指導委員會的領導。”指導委員會與所屬各部門間之所以會有這種既是指導，又是領導的復雜關系，是由於指導委員會對所屬部門的領導，主要在工業、業務上，而在諸如大政方針制定、重要人事任免等方面，則只能為指導關系。在這些方面，指導委員會須聽命於政務院，乃至中央人民政府委員會及其主席，無權擅作決定。
政務院與所屬各指導委員會及各部門的關系，因同樣道理也是如此。毫無疑問，政務院與這些機構在工作方面是領導與被領導的關系。但是，《中央人民政府組織法》的有關條款卻不提“領導”，只稱政務院“聯系、統壹並指導各委、部、會、院、署、行及所屬其他機關的相互關系、內部組織和壹般工作.”這又與後來的國務院明顯不同。
政務院作為中央政府的壹個組成部分，本身尚處於中央人民政府委員會及其主席領導之下，因此，政務院對於政府各部門的關系從組織法角度而言，只能稱作聯系和指導。
政務院的工作運轉，主要由總理、副總理、政務委員和秘書長組成“政務會議”進行。
議程主要為：
（1）處理政務和決定政策，以及研究落實中央人民政府主席隨時交辦的任務；
（2）聽取、批準所屬政府各行政部門和各省人民政府的工作報告（包括口頭報告）；
（3）任命和批準任命。
政務會議每周召開壹次，由政務院總理主持。如有各委、部、會、院、署、行的主要負責人參加，則稱“政務院擴大會議”，討論壹般政策，報告工作。擴大會議做出的決定，須報請政務會議批準。
政務院在其存在的5年中，***開過224次政務會議。據不完全統計，會議通過和公布的重要法令和決定***有381項。其中，從1949——1952年的三年就有344項，占總數的90%。
這些法令和決定按內容可分為六大類：財政、政法、文教、監察、人事、編制，包括了國家生活的各個方面。充分反映出政務院作為當時國家政務的最高執行機關，所作大量卓有成效的工作。
中央人民政府委員會下屬機構中，除政務院外，還有人民革命軍事委員會，為國家軍事的最高統轄機關；最高人民法院，為國家最高審判機關；最高人民檢察署，為國家最高檢察機關。政務院與這三個機構為平行的國家機關，各司其職，互不統屬。四機構之間公文往來稱“函”或“轉發”，在壹起開會稱“聯席會議”，遇有重大軍政司法等問題，四個機構聯合辦公，聯合發布有關的法令和決定。