擊敗海怪多年後，半神帕爾修斯拒絕宙斯請求至神界治理天下，反當漁夫與過世的妻子艾歐所生的十歲兒子西裏斯過平凡生活。壹晚，宙斯下凡探訪帕爾修斯，訴說著因人民不再祈禱，眾神的力量逐漸消失殆盡，且囚禁克羅諾斯地下囚牢將會崩毀，需要***同幫助以對抗即將到來的威脅，不過帕爾修斯拒絕參與。宙斯與其子戰神阿瑞斯及海神波塞頓來到囚牢會見冥王哈迪斯，並向哈迪斯表示要原諒過去的恩怨，聯合重築囚牢，但哈迪斯召喚魔獸攻擊宙斯，阿瑞斯趁機窩裏反，襲擊波塞頓並背叛宙斯奪走雷霆劍。哈迪斯與阿瑞斯早預謀侵取宙斯的神力來喚醒天神們的父親克洛諾斯，來換取永垂不朽。
冥界的崩毀，釋放出眾多怪物來到人界，其中魔獸喀邁拉襲擊了帕爾修斯的村落。斬殺魔獸後，擔憂的帕爾修斯帶著西裏斯來到已被遺忘的眾神之山，呼喚宙斯，卻是垂危的波塞冬下凡。虛弱的海神告知帕爾修斯，哈迪斯與阿瑞斯加入了克洛諾斯的陣營；前去會見安朵美達女王，及海神之子阿基諾以便找到火神赫淮斯托斯前往塔耳塔洛斯的入口。波塞冬將三叉戟註入神力給予柏修斯後，化為塵埃逝去。 帕爾修斯騎乘珀伽索斯來到安朵美達女王軍隊的營地，阿基諾因告白不成偷竊皇冠的鑲鉆而被女王囚禁。帕爾修斯斯需要阿基諾作為領航者，交換條件後阿基諾獲得釋放，並與安朵美達組成壹行軍隊出發航行尋找火神赫淮斯托斯。阿基諾解釋赫淮斯托斯為當年三大神的武器創造者：宙斯的雷霆劍、波塞頓的三叉戟、哈迪斯的雙叉矛，三大武器結合而成的弒神之矛正是擊倒克洛諾斯的關鍵。阿基諾使用三叉戟的力量找到火神居住之島，過程遭到獨眼巨人的襲擊。而後，帕爾修斯拿出三叉戟表明來意，老巨人帶著眾人來到火神住處。交涉後，赫淮斯托斯給予他過去所建築的迷宮地圖，可快速通往闇牢的捷徑。他帶著壹行人來到迷宮入口，卻因女兵向戰神祈禱，阿瑞斯現身滅殺殘余之人，赫淮斯托斯犧牲自我阻擋阿瑞斯，讓帕爾修斯、女王和阿基諾順利進入迷宮。 迷宮內，阿基諾運用地圖作為領導，但迷宮不僅會不停變幻，還會魅惑人心使人迷失方向，帕爾修斯意外地脫隊。在看見兒子西裏斯的幻影後，遭受到牛頭獸彌諾陶洛斯的襲擊，奮力擊倒後，三人會合之時也來到了闇牢的入口。同時，宙斯被擷取大多的神力將喚醒克羅諾斯，宙斯向哈迪斯道歉本求取他的原諒，哈迪斯動心並改變心意決定幫助宙斯，而阿瑞斯持續幹預，帕爾修斯趕到用三叉戟救出宙斯，眾人逃離之時，阿瑞斯射出雙叉矛擊中宙斯的背。 柏修斯、安朵美達和阿基諾帶著虛弱的宙斯來到女王軍隊山區的營地集合。柏修斯結合了三叉戟和哈迪斯的雙叉矛，仍還差阿瑞斯手中的雷霆劍。柏修斯向戰神祈禱，阿瑞斯接受他發出戰帖並約在眾神殿決鬥。來到眾神殿，阿瑞斯抓來柏修斯之子西裏斯，要他來目睹柏修斯的死亡。阿瑞斯壹面倒的揍擊柏修斯，在生死關頭西裏斯試圖幫忙攻擊，給予柏修斯趁機反擊的機會。最終，柏修斯成功擊敗阿瑞斯，取得閃電火將武器結合成昊天戟。 同時克羅諾斯蘇醒，安朵美達的軍隊不敵克羅諾斯的連體戰士軍團。哈迪斯傳輸部分神力給予宙斯，在軍團危急時刻，兩大主神聯手合力回擊。克羅諾斯沖破地表，以熔巖巨人的姿態開始毀滅大地，哈迪斯和宙斯盡最大神力持續攻擊，同時創造柏修斯射出昊天戟的機會。柏修斯騎乘珀伽索斯，躲過克羅諾斯的熔巖，將弒神之矛插入克羅諾斯的體內。克羅諾斯開始崩裂引發大規模爆炸，宙斯釋出最大力量保護哈迪斯，柏修斯成功擊倒克羅諾斯。 帕爾修斯與宙斯和哈迪斯會合，宙斯贊予他的勇氣，表示眾神的世代已經結束，語畢化為塵土逝去。哈迪斯神力耗盡，與壹般人無異，而後離去。大戰落幕，柏修斯回到營區，並親吻了安德梅多女王，並決定訓練西裏斯成為壹名軍人。