《無間道》的故事是從王峻軒為了公報私仇毒死疑犯五折開始，而後五折的兄弟大陸警察江子丹來探望，但是沒想到迎接他的壹條死翹翹的屍體擺在眼前。
江子丹為了兄弟的清白親自查案，發現五折的死與壹個香港黑道社團有關，而後聯手與香港警察壹起行動抓拿販毒集團。
對於王峻軒和江子丹的認識過程是在大陸警察與香港警察聯手合作，由於兩地聯合部署行動，從深入黑社會當臥底，慢慢的發現該販毒集團正在以網絡的形式與外國販毒集團勾結。
籌劃開脫中國這個龐大的市場，最終通過王峻軒和江子丹的聯手壹起搗毀了這個販毒集團，還社會壹個安寧。
其實王峻軒與江子丹這兩人誰是臥底誰是黑警讓人猜測不定，王峻軒的種種行為已經出賣了他就是黑警，為了報仇而混進警隊為韓朗賣命。
而江子丹則為了找出真相，以證明好友五折的清白混入黑社會，和王峻軒兩人互鬥，最終聯手打敗了大反派韓朗。