自清雍正以來，樂家老店同仁堂被欽定為“禦藥供奉”，至樂家第八代已聲名大震。病家聞名紛紛求藥，而日本浪人小野勾結在樂家長大的曹化倫，蓄謀奪走密方藥譜。
曹化倫盜方被老東家樂闊海撞見，行兇縱火，燒毀樂家細料藥庫；又勾結禦藥房白太監扣押禦藥銀子，竟使老店雪上加霜，無錢制藥，無藥可售。王爺誤以為樂家“拿搪”，壹怒下令撤銷樂家禦藥供奉，另行招標。面對內外交困，樂闊海老人為保住二百年老字號，毅然隔代傳印，將堂印傳給孫子樂宏達。
樂宏達臨危受命，在妻子徐瑞珍幫助下，以海底撈月之功，奪回禦藥供奉。並得到光緒皇帝的賜匾。曹化倫又慫恿王爺，下令老店不得在民間售藥，只供宮廷。樂宏達體味到“進則為良相，退則為良醫”，“進而濟世，退而濟民”，“抗旨”賣藥。樂闊海力助孫子，利用大總管李蓮英的病情，壹藥回天。西太後終於開禁。
流落北京被樂家收留的女伶叢玉珠，暗戀樂宏達，然而為營救樂宏達出獄，舍身將自己嫁給曹化倫。
甲午戰爭，清軍赴朝鮮抗敵。樂宏達趕造出十萬包“諸葛行軍散”，贈送將士，卻被藥材商人借機擡價，欠下巨款。年關債主逼債，樂宏達借貸無門，憤而變賣祖宅。藥材商人得知贈藥原因，慨然放棄債權。老店又壹次絕處逢生。
丫頭蘭香之父胡七死裏逃生，被誣追捕。樂家掩護胡七，卻被曹化倫出賣。樂闊海將蘭香收為義孫女。在徐瑞珍的撮合下，蘭香與樂宏達喜結良緣。
八國聯軍炮轟大柵欄，老店店堂化於壹炬。樂闊海命樂宏達、徐瑞珍陪同懷有身孕的蘭香逃出京城，為樂家留下後代。小野率日本兵闖入樂家搜取密方，樂闊海以毒酒相酬，與之同歸於盡。
樂宏達潛回京城，痛不欲生。他找到了爺爺珍藏的秘方藥譜，將其藏入樂闊海的棺材。曹化倫有疑，趁夜開棺，徐瑞珍和義伶響九霄設計將曹嚇死。
老店在廢墟上重張，樂宏達卻因飽受摧殘離別人世。彌留之際，正值他的兒子樂同仁滿歲“抓周”。在滿桌的官帽、元寶、筆墨、綢緞之間，小同仁卻抓起了“同仁堂藥典”。