在洞窟裏可以數次碰見神秘的女忍者，當她被敵人堵截時克雷斯單槍匹馬上前幫助（被打敗了也無大礙，只是拿不到經驗和戰利品），當她觸電時克雷斯奮勇上前和她壹起被電……（寒……）洞窟內的主要謎題是用火精靈之戒向電纜噴射火炎讓電纜通電以打開前進的門，不過都有時間限制，而且有的需要先拉下墻上的開關。在壹個狹窄通道處可以向右穿墻進去踩下地上的機關打開通道，前面的電纜需要連續噴射數次火炎才能獲得較長的通電時間，再向裏有壹處電纜，似乎通電時間根本不夠沖進左上的門，其實右邊的墻是可以穿過去的，要連續噴射火炎數次，然後以最快速度穿過墻壁進到右上的門裏，這裏會發現走不到左邊去，因為有壹堵看不見的墻。拉下墻上的機關後再回來，左邊的墻被打開了，在裏面讓電纜通電就可以進左上的門，來到記憶點處，有左中右3串電纜，要先噴射右邊的電纜數次，然後立即噴射中間的電纜，使電流加大，再噴射左邊的電纜加大電流，就可以進門。在裏面遇到了暴躁的雷之精靈奧爾特，打敗他以後格拉斯利用紫電石的契約之力得到了雷精靈奧爾特的力量（格拉斯悟得了雷精靈召喚術），之後阿潔幫忙把左邊的2個寶箱拿了出來。
回到科學研究所地下室，奧爾特的力量終於使得飛行器“稀有之鳥”大功告成，研究員將飛行器縮小交給克雷斯人手壹份（真方便……），之後哈裏森乘飛行器先走壹步，克雷斯等人隨後也駕著飛行器出發去王都阿魯瓦尼斯塔。（飛行器的駕駛方法：在大地圖上按A鍵起飛，在不是海洋和山窩的地方按B鍵降落，在城市村莊和特殊地點上空降落就直接進入，在空中時用方向鍵的左右控制方向、上下控制飛行器下降和上升，按住A鍵飛行，而如果按住R鍵的話，就可以不用A鍵，直接用方向鍵前後左右平行飛行，而不會旋轉方向以及上升下降）
★拿到飛行器以後，去浸食洞，在港口上大家會野餐，之後阿潔獲得稱號，之後出去再進來，在港口再次野餐，敏特獲得稱號，另外在港口裏可以學會壹種料理。進入到浸食洞內部，可以得到咒文書“大漩渦”，最深處可以得到契約戒指天青石。另外在西之孤島迪米迪爾的公館最深處可以得到咒文書“風暴”。
飛到橄欖村南面的海洋上的壹個小島，可以發現“基斯的店”，裏面有相當棒的武器防具出售，價錢也很駭人，還能買到裝備後可以像格鬥遊戲那樣搓招的道具，買下來以後加上以前在莫利亞坑道得到的連擊計數器，就可以獲得壹個稱號，並得到收集品。另外，等以後有了象牙アイヴォリー這種交易品，就可以和上方的店員對話讓他把象牙做成麻將じゃんぱい，可以在戰鬥中使用攻擊敵人。
小事件：回到米蓋爾鎮南面的精靈之森，在最深處的大樹下會見到達奧斯！壹通對話後達奧斯便離開了。（這個事件在拿到永恒之劍以後就不會發生了）
精靈族長的戀愛事件之二：再次來到雕像家阿希亞的別墅，開門的竟然是布拉姆巴魯特族長，原來克雷斯走了以後，阿希亞還是將布拉姆巴魯特恢復了原樣，並把自己變成石像代替他。長壽的精靈族人布拉姆巴魯特壹直以來都陪在阿希亞的身旁，並想盡壹切辦法解救阿希亞，他相信自己的感情壹定能感化阿希亞，令她恢復原樣。之後布拉姆巴魯特將早已修好了的精靈之弓交給了切斯塔。
來到王都阿魯瓦尼斯塔，終於見到了身為半精靈而長生不老的宮廷魔術師隆格羅姆，他將眾人引見給新的國王，國王說達奧斯能夠利用時空轉移魔法任意穿梭於時間隧道裏，無法完全消滅他，必須找到能夠凍結時空，封鎖住達奧斯去路的利器。隆格羅姆說傳說中有壹把永恒之劍，可以停止時空的流逝，這把劍需要3件神器來打造。在王宮內的魔法研究所打聽到這3件神器分別是冰之劍、火之劍、契約戒指光鉆石，它們分別在以3位神的名字命名的古代都市裏，冰之劍在以雪狼芬尼爾的名字命名的地方，火之劍在以主神奧丁的名字命名的地方，契約戒指在以雷神多爾的名字命名的地方（這個已經得到），收齊3件神器後可以請求根源之精靈將他們制造成永恒之劍。同時，在市街正下方的入口處也打聽到了光之精靈存在於古代都市多爾裏（必須要打聽到）。
★在食材店裏可以學會壹種料理，在宿屋睡壹覺會看見切斯塔徹夜訓練，再次提升經驗和等級，王宮內有壹老壹小2個音樂家，和他們對話分別可令背景音樂放慢和加快，有趣。在某房屋房頂上和人對話可以再次打聽到忍者之裏的情報（必須要打聽到），這下3處情報都收集到了，接著便可以去觸發忍者之裏和鈴的事件並讓鈴加入成為同伴，具體參看後面的補完部分。
迷妳遊戲：以前的賽跑遊戲現在又可以玩了，換成切斯塔來跑，規則都壹樣，但是對手變強了，在賽道中途會突然加速，要小心，獲勝後可以得到壹個稱號，獎品也不錯，並且也只有3次機會。而PS版裏王宮內的取石子遊戲改成了考驗記憶力的遊戲，而GBA版取消了這個遊戲。
到西南方過去的愛德華德的家裏去，可以得到1件收集品。
來到海洋上的多爾，進到最深處的主電腦前，選擇第3項便可令光之精靈阿斯卡出現，格拉斯利用黃金石的契約之力得到了光精靈阿斯卡的力量（格拉斯悟得了光精靈召喚術）。
★多爾右下角記憶點旁邊的房間裏和機器人對話可以學會壹種料理，在右上角的房間裏原PS版的射擊迷妳遊戲也取消了，變成了NAMCO的廣告……
古代都市芬尼爾就在世界北部的冰天雪地裏，來到北部的冰之基爾鎮，打聽到教會裏隱藏著塵封的冰之洞窟，克雷斯等人便來到教堂，聽到了神秘的說話聲，之後在上方找到了入口。
★食材店2樓可以學會壹種料理，在宿屋睡覺時半夜會聽到狼叫聲，在宿屋中與壹人對話可以買到奧義書“獅子閃空破”，武器店裏與壹人對話可以買到卡片。
和PS版不同的是，在冰之洞窟裏不再需要火炎護戒來防止被寒氣所傷。進去後遇到墻上的開關要用火精靈之戒把冰融化再拉下，看見燭臺都點燃，某處左邊有空洞吹來寒風令燭臺無法點燃，要先融化下方石像上的冰，然後拖過來擋住風。之後來到壹片全是十字路口的地方可以拿到不少寶箱，其中左下角可以得到咒文書“洪水”，再往裏走要先拉下開關放走水，之後在另壹個地方踩下機關，就會使水凍結成冰，之後再回去把放走的水再放回來，就可以踩著結成的冰面進到最深處。打敗BOSS以後，BOSS化身成了冰之劍，同時克雷斯也悟得了特技“次元斬”。
來到沙漠上的橄欖村，可以打聽到在北面的火山裏有壹座炎之塔，那裏就是古代都市奧丁的所在地。但是，在塔裏很多地方都有炙熱的巖漿和熱流，如果冒然闖進去會飛速減血，並且全員HP減到0便立即GAME OVER，不會保持在HP1的狀態，解決的方法是收集4個冰凍護戒こおりのおまもり，給戰鬥角色人手裝備1個，就不會在巖漿裏減血了，冰凍護戒在先前的冰之洞窟裏戰鬥可以隨機得到，並且，在炎之塔裏沒有巖漿的地方多遇敵，可以隨機得到火炎護戒ほのおのおまもり，用魔力藥水ルーンボトル變化即可成為冰凍護戒。另外，PS版的隱藏BOSS奧丁在GBA版取消了，所以不用再傻傻的對著奧丁的石像研究來研究去了……
★在食材店門口可以學會壹種料理，另外隊中有鈴的話再次和廚師對話，鈴嘗了料理以後辣得到處亂竄最後掉進了河裏，並得到壹個稱號。
在橄欖村外東南方的綠洲裏可以買到奧義書“鳳凰翔破斬”，北面的綠洲裏可以與人交換卡片。
炎之塔裏的謎題並不復雜，先拉下左右的開關，然後從中間上去，最深處可以得到咒文書“核爆”。再原路返回到入口處，從右邊上去，某層左右各有壹個石像，只要將石像從特殊的地板上拖出來就能開門，最後打倒4個小BOSS以後就能開啟通往頂層的門。BOSS戰過後，BOSS化身為炎之劍，同時克雷斯也悟得了特技“虛空蒼破斬”。
★炎之塔完成以後，白樺林裏過去采掉的冬蟲夏草又都長出新的了，這東東在未來賣價不菲。
收齊了3件神器後，便要找尋根源之精靈，克雷斯想起了在過去水鏡之森裏的那個被根源精靈加護的石板，於是眾人便來到了水鏡之森，得知除了半精靈以外的人類都可以自由進出森林了，於是阿潔留在了入口處。精靈族部落裏正忙著舉辦收獲祭，但是族長的銷聲匿跡使民眾們都不太開心。克雷斯等人進入杜蘭特之森，向東面走，再次來到了石板前（阿潔也飛來了），見到了根源之精靈奧利津，她對好幾種屬性都有吸收效果，所以要避免使用這些屬性的攻擊，勝利以後格拉斯利用光鉆石的契約之力得到了根源精靈奧利津的力量（格拉斯悟得了根源精靈召喚術）。這時，奧利津將克雷斯收集的冰之劍和炎之劍分解並合成出了具有劃開時間空隙、凍結時間流逝的傳說武器永恒之劍，同時克雷斯也悟得了特技“空間翔轉移”和奧義“時空蒼破斬”、“轉移蒼破斬”（同時還能獲得2個稱號，這是遊戲固定劇情中最爽的地方）。
★在精靈族部落的食材店與廚師對話2次可以學會2種料理，在宿屋和店主--也就是阿潔的母親對話，她會托克雷斯將她的2樣東西帶給阿潔，這樣便會得到星之掃把和魔術手套。另，切斯塔修弓的事件改成了精靈族長的戀愛事件，所以PS版杜蘭特之森石板深處找尋神聖丸太的事件就取消了，當然杜蘭特之森裏從石板處可以去往的深處森林（會不斷消耗格拉斯TP）也取消了。
回到王都阿魯瓦尼斯塔，隆格羅姆說現在便是去找達奧斯決戰的時候了，調查隊已經查到達奧斯的城堡很可能就在大陸北部的常暗之鎮亞雷附近，於是，克雷斯等人乘飛行器來到了位於世界南端的常暗之鎮亞雷。到宿屋裏住宿，當晚大家都睡不著覺，對於明天就會迎來的最後決戰，格拉斯向根源精靈奧利津說出了自己的決心，鈴對死去的父母約定要覆滅達奧斯，切斯塔不再和阿潔鬧矛盾，而敏特與克雷斯也在屋外寒冷的星光下靜靜地談心，克雷斯將很久以前在地牢裏從敏特的母親那裏得到的耳環交給了敏特（敏特專用究級裝備品）。
★在酒館裏可以學會壹種料理，與酒館裏壹人對話可以買到奧義書“鳳凰天空破”，與酒館左下方的兵士對話可以得到1枚迪利斯徽章（這可是進入達奧斯城堡必須的裝備品，只能在達奧斯城堡裏戰鬥隨機得到，所以可別隨隨便便就賣了），在武具店裏和老人對話，同意回答他的問題後順序選擇2、3、4項就可以得到卡片。
第2天，調查隊的士兵來向克雷斯報告說在亞雷鎮西北面的礦山裏探測到達奧斯城堡的跡象，同時在鎮內還打聽到這附近存在著暗之精靈。克雷斯等人來到了亞雷鎮東南面的山洞裏，見到了暗之精靈影，格拉斯利用暗黑石的契約之力得到了暗精靈影的力量（格拉斯悟得了暗精靈召喚術）。和PS版不同的是，GBA版的暗之洞窟沒有了迷宮，直接就可以見到暗精靈。
來到西北面的礦山，走到懸崖壁上，克雷斯舉起永恒之劍，這時，在時間與空間的狹間裏，壹座巨大的城堡浮現在漆黑的空中。
★進去過最終達奧斯城以後，又可以去完成幾個究級任務（建議先在達奧斯城2層得到咒文書“隕石”）並發現不少小情節----
精靈族長的戀愛事件之三：再次來到雕像家阿希亞的別墅裏，布拉姆巴魯特向大家訴說了對阿希亞150年的戀情，並表達了自己決定拋開精靈族傳統的束縛，真正地去愛阿希亞。終於，感動上蒼的愛情令阿希亞恢復了原型，有情人終成眷屬，此事件正式結束。最後，布拉姆巴魯特將精靈之弓強化到最終形態交給了切斯塔。
海盜寶藏事件：具體參看後面的補完部分。
未來的莫利亞坑道增加到了地下21層，裏面蘊藏著大量稀有度數壹數二的東東，還包括壹個GBA版新增的格拉斯的召喚術，絕對是不可不去的寶庫。並且，GBA版在莫利亞坑道最底層還新增了9層的隱藏迷宮多沃夫神殿，裏面有壹個GBA版新增的最後的隱藏BOSS等著玩家。具體參看後面的補完部分。
當玩家去過遊戲中所有的城市村莊後，就可以在王都阿魯瓦尼斯塔的王宮1層見到Q版的遊戲主題曲的演唱者吉田由香裏小姐，可以再次欣賞她的演唱，只有1次機會哦~~
在冰之基爾鎮宿屋內壹名男子處可以打聽到伊修達爾傳說，並得知有9件物品散落在世界各地，將它們全部收齊後再和男子對話可以獲得壹個稱號，並得到1件收集品。這9個物品分別是：Bラインシールド、Rラインシールド、ゴールデンヘルム、Hガントレット、ブルーキャンドル在海盜寶藏裏得到，ゴールドアーマー、エクスカリバー在莫利亞坑道裏得到，BCロッド在忍者之裏周圍森林裏得到，ジェットブーツ用ルーンボトル將アイアンブーツ變化得到（這個可以批量獲得）。
回到米蓋爾鎮，在中間的橋上切斯塔回想起過去，之後獲得壹個稱號。
剛進入達奧斯城就遇到小BOSS，之後左下角黑漆漆的牢房先不用管，沒寶箱，開動機關後來到2層，在這壹層得到咒文書“隕石”，中間去3樓的樓梯看似被墻封閉，其實右邊的墻可以穿過去。3層那個擋路的魔法陣要裝備先前在亞雷得到的迪利斯徽章才能通過，否則必被送到1層左下的漆黑牢房，但是只有1個，所以給克雷斯裝備，之後他1個人在這層的寶箱裏再得到5個迪利斯徽章（另外，打壹種名叫DARKEYE？的獨眼圓球怪物也能隨機得到），註意這壹層上下左右都是循環相通的，後面也有類似的構造，大家不要轉迷糊了。當收到6個迪利斯徽章以後回到漆黑牢房，把同伴都救出來，每人裝備1個，就可以全員通過魔法陣繼續上行了。當上到5層時，地上會有壹些機關，從最左方開始順序踩機關踩到最右方，就可以開門。6層先進入鏡子裏的世界，在最深處打倒小BOSS，然後回到鏡子外，向右進入墻壁裏，可以找到上行的樓梯，註意在樓梯左邊的墻裏還有寶箱！（GBA版裏取消了那個躲在柱子背後可以花錢買經驗的死神了，所以不用找了）當上到背景音樂改變的時候，就不再有復雜的迷宮了，只有單壹的長長的路通往達奧斯所在地。終於開始了最後的決戰，達奧斯壹***有3種形態，個人感覺第2形態最難，克雷斯和鈴這樣的近身攻擊角色很難發揮作用，基本做肉盾，讓魔法師和弓箭手在遠處狂暗算BOSS，而達奧斯第1、3形態就比較簡單了，以前說過的無敵殺法—困住BOSS猛用守護方陣仍然特別有效，所以就不多說了，還是要看玩家自己喜歡的打法。
魔王達奧斯終於倒下了，城堡也隨即消失。精靈大樹在瑪娜的力量下又恢復了生機，同時世界也恢復了原來的和平安寧。屬於未來的鈴在大樹下依依不舍地向眾人告別了，而稍後屬於過去的格拉斯和阿潔也不得不與克雷斯、敏特和切斯塔分別，天下沒有不散的宴席，但是，只要大家曾經在壹起過，曾經***同面對永遠的敵人，曾經患難與***，那麽，就不會有那麽多的傷感了，更多的是快樂和回憶