《康熙微服私訪記3》分為三個單元。
第壹單元《鈴鐺記》、第二單元《錦袍記》、第三單元《食盒記》，每個單元獨立成章，該劇將沿襲壹、二部借古喻今、歡樂與憂傷結合的風格。不同的是《康》劇第三部節奏比前兩部更加緊湊，人物側重方面也有所變化，宜妃和三德子將作為主要人物演繹康熙私訪期間發生的故事。
《錦袍記》：康熙派三德子回老家查貪官，進宮後二十年沒回過家的大太監三德子回家中探親，沒想到其兄已為他娶了媳婦，還過繼了兒女。
當地貪官為借三德子這把大傘，早把他的窮家搞得奢華無比。三德子面對親情與公理該怎麽辦？隨後到來的康熙在處理三德子和貪官時又是如何思量……
《食盒記》：康熙偶去禦膳房，發現了壹只噶禮送“燒尾”的大食盒，食盒裏到底有什麽秘密？噶禮是宜妃的親戚，此時已被康熙派到杭州任職。
為了查清真相，康熙帶著宜妃壹行來到杭州。宜妃混進噶禮府做廚師會有什麽樣的遭遇？康熙在旅館裏愛上的女子又是什麽人？壹個大的陰謀就要揭開……
《鈴鐺記》：康熙厭倦了後宮爭寵，太子爭儲等煩事，獨自壹人離宮出走，想結結實實地當壹回老百姓。康熙年間的老百姓是那麽好當的嗎？
靠著墻根，餓得頭暈眼花的康熙總算明白了：做皇上不容易，做百姓更難。他跟著雜耍和盛班走江湖的經歷會是怎樣？地方惡勢力到底惡到什麽程度？出宮找他的宜妃最後的命運又是如何……