全德國乃至全世界最出名的標誌，據統計，大約有87％的德國人，89％的法國人，75％的英國人都知道這個標誌。拜仁從1921年開始使用隊徽，但是當時的標誌僅僅是字母F.C.B和M，後來逐漸演變成字母被代表勝利的月桂花環環繞著，隨著時間的變遷，代表勝利的桂冠取代了月桂花環。1954年起，俱樂部采用代表俱樂部顏色的紅底白字加蘭白方塊標誌作為隊徽，紅與白是俱樂部的顏色，而蘭白色的小方塊則是慕尼黑這座自由城市的象征，本來俱樂部後邊的E.V是代表協會的標誌，但是從2002年2月起，因為俱樂部被改組為股份公司，所以FC BAYERN MUNCHEN EV的最後兩個字母EV被取消了。