區塊鏈存在以下幾個問題:
區塊鏈容量過大的問題。
隨著區塊鏈的發展，節點存儲的區塊鏈數據量會越來越大，存儲和計算的負擔也會越來越重。
以比特幣區塊鏈為例，其完整數據目前已達到約71GB。如果用戶使用比特幣核心客戶端進行數據同步，可能三天三夜都無法同步，而區塊鏈中的數據量仍在增加，這給比特幣核心客戶端操作帶來了很大的門檻。
區塊鏈數據的確認時間。
目前的區塊鏈系統，尤其是在金融區塊鏈系統中，存在數據確認時間長的問題。
以比特幣區塊鏈為例，當前比特幣交易的確認時間約為10分鐘，6次確認的情況下需要等待約1個小時。當然，對於2 - 3天的信用卡確認時間來說，比特幣已經取得了很大的進步，但離理想狀態還有很長的路要走。
處理交易頻率問題。
區塊鏈系統面臨著交易頻率過低的問題。
以比特幣區塊鏈為例，每筆交易的平均大小約為250字節(Byte)。如果塊大小被限制為1MB，那麽可以持有的事務數是4000。
按照每10分鐘生成壹個塊的速度，它每天可以生成144個塊，可以容納576000個事務。除以每天86400秒，比特幣區塊鏈每秒可以處理6.67筆交易。
目前，比特幣區塊鏈的實際日交易量已接近系統瓶頸(圖)。如果擴容問題不解決，可能會造成大量的事務擁塞延遲。
比特幣區塊的平均交易數量(來源:區塊美元)與Paypal在2013年第三季度的7.29億筆交易相比，平均每秒93.75筆交易。
根據世界上最大的支付款卡VISA的官方網站，VisaNet在2013年的測試中每秒處理47000筆交易。
與支付寶等主要支付網絡相比，比特幣區塊鏈在交易處理頻率上更像是壹個新生嬰兒。
當然，這也是中本聰早期精心設計的。比特幣塊大小被限制在1MB，以避免流氓礦工的惡意行為，對人們造成負面影響。比特幣區塊鏈支付網絡之所以能發展到今天數十億美元的規模，就是因為它的去中心化。
區塊鏈的發展受到現有體系的制約。
壹方面，區塊鏈去中心化和自治的特點淡化了國家監管的概念，對現行體系產生了沖擊。
例如，以比特幣為代表的數字貨幣不僅對國家貨幣發行權構成了挑戰，而且影響了貨幣政策的傳導效果，削弱了央行調控經濟的能力，這使得貨幣當局對數字貨幣的發展持謹慎態度。
另壹方面，監管當局對區塊鏈新技術也缺乏充分的理解和期望，法律制度的建立可能滯後，導致對使用區塊鏈的經濟活動缺乏必要的制度規範和法律保護。實際上增加了市場主體的風險。
將區塊鏈技術與現有系統集成的成本相對較高。