姓名:不詳
性別:男
年齡:不詳
簡述："那位先生"即組織內成員對黑衣組織首領的稱呼。但那位先生的身份壹直是壹個謎，即使在漫畫中也從未以組織首領的身份露面。現在已知他所"寵愛的女人"(GIN語)是苦艾酒.此外,在425集曾提到,他下令苦艾酒協助暗殺任務.而且,組織的首領手機號碼由於苦艾酒的電話被竊聽,從而得知在鳥取縣,但因其危險性,所以柯南並沒有撥打此號碼.
初登場:未知,存有是否已登場的疑問
組織主要成員--琴酒GIN
性別：男
年齡：不詳
簡述：琴酒是組織中最早出現的人物，新壹就是被他從背後打倒，再灌下了毒藥APTX4869。他的身份是壹個謎。永遠都是壹身黑色長風衣和黑色的帽子。殘酷無情，極度冷靜,有著冷酷的眼神，左撇子。在組織裏似乎有極高的地位，主要負責很危險的暗殺和重要交易。和雪莉似乎有很深的關系，是個智能型的罪犯，和柯南多次交手都未曾吃虧。有壹輛從德國買來的黑色保時捷356A。
初登場：001 雲霄飛車殺人事件
組織主要成員--伏特加Vodka
性別：男
年齡：不詳
簡述：琴酒的助手，也是早期登場的人物,GIN的貼身助手兼司機。新壹當時便是目睹了他和不名男子的交易.Vodka長的非常壯，頭腦簡單，遇事沒有主見，做事稍嫌不細密，全聽琴酒的，尊稱琴酒為「大哥」。有幾次險些中了柯南的計而暴露組織的情況，幸由琴酒發現而得以彌補.
初登場：001雲霄飛車殺人事件
組織主要成員--苦艾酒Vermouth
年齡：？
簡述：組織重要人物之壹，長得漂亮，頭腦冷靜，判斷力強。公開身份是美國著名女演員，工藤有希子的好友。習慣於單獨行動。深受那位先生的寵愛。曾化裝成自己的母親莎朗以及小蘭學校的新出醫生，精通易容術、槍法高明。可能吃過APTX4869。在組織中負責收集重要的情報。但對柯南和小蘭又極力的保護，原因是在先前的事件中被小蘭和新壹救過壹次，而且發現柯南就是新壹，但並未告知琴。
初登場：176與黑暗組織的再會
組織主要成員--雪莉Sherry
姓名：宮野誌保
化名：灰原哀
年齡：18
簡述：組織科學家宮野厚司的次女。美國留學後在組織裏負責開發APTX4869，是組織裏的"紅人"。但在組織殺害她的姐姐宮野明美後放棄研制作為抗議。在被組織處決前服下APTX4869自殺，卻變回小孩並逃出組織。現在化名灰原哀住在阿笠博士家中，和柯南壹起生活並躲避組織的追殺。
初登場：TV 129 來自黑暗組織的女子
組織主要成員--基安蒂Chianti科恩Korn
代號：基安蒂Chianti
簡述：組織的優秀狙擊手，據說有狙擊600碼外目標的能力。因為苦艾酒的行動害死了卡爾瓦多斯，對她非常反感。
初登場：TV 425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間
代號：科恩Korn
簡述：組織的優秀狙擊手，和基安蒂是搭檔，射擊能力也與她不相上下。似乎和之前死去的卡爾瓦多斯關系很好。同樣反感苦艾酒
初登場：TV 425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間
姓名：赤井秀壹
年齡：不詳
簡述：神秘的FBI特工，宮野明美的男友。在組織待過三年，逐漸嶄露頭角成為重要骨幹成員，又因FBI卡邁爾的失誤被迫逃離組織，與黑組織的幾次交手都呈現較大的優勢，多次從槍口下救出灰原、柯南、毛利、JUDIE、JAMES等人，是壹個頭腦壹級，身手壹級，槍法壹級的人。平時總戴黑色針織帽，和GIN同為左撇子。為保護水無憐奈的臥底身份不被泄漏壯烈犧牲（？）。
初登場:230充滿謎團的乘客
組織其他成員--龍舌蘭Tequila(死亡)
簡述：組織人物之壹，關西口音的大漢，在壹次在和滿天堂公司職員交易的時候因拿錯箱子被誤炸而死。曾與電腦工程師板倉卓接觸過。
初登場：054 電玩公司殺人事件
組織其他成員--皮斯克Pisco(死亡)
姓名：枡山憲三
年齡：71歲
簡述：組織人物之壹，原名枡山憲三，身為汽車公司老板的他是經濟界的巨子,同時也是為組織長年工作的老成員。他是宮野誌保的父親宮野厚司的好友，所以經常能聽到壹些開發中的藥物的事情。與組織老大關系密切，封住有受賄嫌疑問題的政治家吞口重彥口的人。暗殺宮野誌保失敗。因過多的失敗，被琴酒所殺。
初登場：176與黑暗組織的再會
組織其他成員--卡爾瓦多斯Calvados(死亡）
簡述：組織人物之壹，似乎是苦艾酒的助手，是個槍法很準的狙擊手。所持來福槍、手槍、獵槍等各種武器。最喜歡用的是獵槍。頭次出場帶著3把槍，之後就被赤井秀壹打斷雙腿.然後在自己被捕前自殺了。真是個倒黴的家夥，連個面都沒露，連句話都沒說出來……不過在組織成員chianti和korn的回憶中出現過壹個剪影，大約是壹個戴眼鏡的瘦高個子。
初登場：345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件
組織其他成員--宮野厚司宮野艾理娜（死亡）
姓名：宮野厚司
簡述：宮野誌保的父親，科學家。以"被業界驅逐的瘋狂科學家"而知名。在發表會類的活動中遇到過阿笠博士，是個相當直爽的人。在組織中與妻子壹起進行"使死者復活的秘密藥物"的研究，在實驗中因事故死亡。
姓名：宮野艾理娜
簡述：宮野誌保的母親，可能是英國人。性格憂郁陰沈，寡言少語。雖然在組織中被稱為地獄的墜落天使，但是從留給女兒的錄音帶中可以了解到她其實很關心小哀。與丈夫壹同死亡。
組織其他成員--楠田陸道（死亡）
簡述：假裝頸椎扭傷潛伏在醫院的黑衣組織成員。深夜打算尋找組織同夥潛入了護士值班室。朱蒂等人雖打算進行抓捕，但是楠田趁亂逃走。隨後，楠田駕車逃跑途中，發覺被赤井跟蹤，遂自殺。
初登場：496 紅與黑的碰撞 入侵
組織外圍成員--宮野明美（死亡）
化名：廣田雅美
年齡：24-25
簡述：宮野誌保的姐姐，黑暗組織的基層成員，赤井秀壹的女朋友。和妹妹誌保不同，因為是基層成員，所以可以像正常人壹樣生活，但其實是在組織的監控下。為了自己和妹妹能夠脫離組織，參與了搶劫10億元的案件，最後被Gin殺死。
初登場：128 黑暗組織10億搶劫事件
組織外圍成員--邵淵己壹郎（死亡）
簡述：組織底層人物之壹，組織的壹員，是末端的末端的人物,制造了壹系列的連環殺人案。組織教他壹系列的殺人手法，以協助優秀的殺手作案。但是他達不到預期的培養效用， 就被送到宮野誌保處來作實驗對象。後來在作人體實驗前逃跑。最後被警察逮捕,並判了死刑。
初登場：118 浪花連續殺人事件
組織協助者--原佳明(死亡)
簡述：日本的遊戲工程師。因為入侵黑衣組織電腦而被GIN所殺害。
初登場:第五部劇場版——通往天國的倒數計時。
組織新成員--波本Bourbon
簡述：謎壹樣的組織成員，對他的認識之少可以說僅次於那位先生。最早的“登場”來自於水無憐奈在返回組織後給FBI的壹通電話中。水無憐奈提到組織派出新成員，他的代號就是波本。在隨後的漫畫中，可以感受到波本已經出現在柯南的周圍。有人認為赤井秀壹死後忽然出現的大學生沖矢昴就是波本，但他也可能是赤井秀壹假扮的。
初登場：存疑，也許是TV 509 紅白黃色與偵探團
組織之藥--aptx4869
[APTX4869]是[名偵探柯南]中登場毒藥的名字,主人公工藤新壹因為被強迫服食而變小。變小以後叫做江戶川柯南。在初登場時這個毒藥的名稱是未被公開的。受組織命令雪莉（灰員哀）開發壹種未知的毒藥,因為APTX4869在實驗階段就被組織使用和姐姐被殺的真正原因而中斷開發研究, 而被組織監禁, 後服食APTX4869而變小,現在確認有兩名因為APTX4869而變小的人分別是江戶川柯南（工藤新壹）、灰原哀（宮野誌保）。
組織之車--保時捷356A
保時捷356車身窄小，結構簡單。采用輕型風冷發動機、重心低、耐久性好，由於發動機中置，汽車前鼻可以做得很低，因此視野很好。車架采用了壹種新型的鋼管式結構，整備質量只有585公斤。
車子各種細節的設計也十分精致。緊湊、短粗的體型，較短的前後懸，簡潔明快的鋁制車身線條--多年後仍能引起人無限退想。由於動力強、車身輕及空氣動力性好，最高速度可以達到140公裏／小時
組織之槍--德制瓦爾特PPK
1．德制瓦爾特PPK（GIN，Pisco，Vermouth，宮野明美，灰原哀）圖
2．意大利伯萊達M92SB（GIN）
3．美國柯爾特colt 1908型微型手槍（Vermouth）
4．FN Special Police Rifle（Korn）
5．德國Heckler & Koch PSG-1（Chianti）
6．M4狙擊改型（GIN）
7.意大利BENELLI M3S散彈槍（Calvados）
組織之酒--GIN
Gin 琴酒杜松子酒
Calvados 卡巴度斯蘋果酒，法國北部出產的蒸餾白蘭地的壹種
Chianti 吉安地酒，意大利出產的紅葡萄酒
Kir 基爾，加了葡萄乾調味的白酒
Korn 柯倫，德國出產的蒸餾酒
Pisco 皮斯科，秘魯出產的白蘭地
Sherry 雪莉酒，西班牙地方出產的烈性白葡萄酒
Tequila 龍舌蘭酒，墨西哥出產的蒸餾酒，由墨西哥龍舌蘭釀造而成
Vermouth苦艾酒，意大利出產
Vodka 伏特加
組織之敵--FBI
美國聯邦調查局，英文全稱Federal Bureau of Investigation，英文縮寫FBI，中文簡稱聯邦調查局，是美國最早建立的現代大型情報警務機構，擁有世界上最先進的犯罪偵破技術實驗室。